SAXSdb — 2ocs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 9–91	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 3350, 0.20M KSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2OCS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 310–337（28 aa）片段：residues 310-337	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 310–337（28 aa）片段：residues 310-337	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 310–337（28 aa）片段：residues 310-337	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 310–337（28 aa）片段：residues 310-337	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2HE4 The crystal structure of the second PDZ domain of human NHERF-2 (SLC9A3R2) interacting with a mode 1 PDZ binding motif 提交 2006-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 147–232（86 aa）片段：PDZ 2 Domain (Residues 147-230)	突变：D229G	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.45 Å R-free 0.180
4P0C Crystal Structure of NHERF2 PDZ1 Domain in Complex with LPA2 提交 2014-02-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–90（82 aa）片段：UNP Q15599 residues 9-90; UNP Q9HBW0 residues 347-351	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 1.34 Å R-free 0.177

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NHRF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–84； UniProt 9–91

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ocs
沉积日期 deposition_date	2006-12-21
结构标题 title	The crystal structure of the first PDZ domain of human NHERF-2 (SLC9A3R2)
关键词 keywords	STRUCTURAL PROTEIN, STRUCTURAL GENOMICS, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.25 Å
零角强度 I(0) i0	2105980.00
分子量 molecular_weight	9267.0 kDa
排除体积 excluded_volume	11347 Å³
包络体积 envelope_volume	13232 Å³
水化壳体积 shell_volume	9482 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.8 Å
壳层 Rg shell_rg	17.59 Å
包络 Rg envelope_rg	12.77 Å
形状 Rg shape_rg	12.24 Å
总 Rg total_rg	13.51 Å
总原子数 total_atoms	652
残基数 n_residues	85
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.5 Å
Rg (实空间) rg_real	13.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1060e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4620e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2106000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8133
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	0.116
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	369100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.537; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.972

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF2
分子量 formula_weight	9785.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	762

MPRLCRLVRGEQGYGFHLHGEKGRRGQFIRRVEPGSPAEAAALRAGDRLVEVNGVNVEGETHHQVVQRIKAVEGQTRLLVVDQEDTSV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	85

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2ocsa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d2ocsa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ocsa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ocsA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	26.556 Å
晶胞边长 b length_b	39.867 Å
晶胞边长 c length_c	37.278 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	35.660 Å
R 因子 r_factor	0.1541
R_work r_work	0.1519
R_free r_free	0.1983

fit	/app/data/saxs_computation/oc/2ocs/2ocs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oc/2ocs/2ocs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oc/2ocs/2ocs.dat

The crystal structure of the first PDZ domain of human NHERF-2 (SLC9A3R2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction