2oed

GB3 solution structure obtained by refinement of X-ray structure with dipolar couplings

Method: SOLUTION NMR Dmax: 40.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein G

;Streptococcus sp. 'group G' ;

UniProt P19909

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 444–497 片段:THIRD IGG-BINDING DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.5;300 K;离子强度(mmCIF原始值)0.05;压力 ambient NMR样品组成:25 MM NAH2PO4/NA2HPO4, 0.2 MG/ML NAN3, 1.5 MM GB3 PROTEIN AND ALIGNING MEDIA, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 76 个其他 PDB 条目、116 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPG2_STRSG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–56; UniProt 444–497

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2oed

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2oed
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2oed
沉积日期 deposition_date2006-12-29
结构标题 titleGB3 solution structure obtained by refinement of X-ray structure with dipolar couplings
关键词 keywordsimmune system, residual dipolar couplings; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.72
零角强度 I(0) i0925987.00
分子量 molecular_weight6206.0 kDa
排除体积 excluded_volume7742 ų
包络体积 envelope_volume8632 ų
水化壳体积 shell_volume7269 ų
包络直径 envelope_diameter36.7
壳层 Rg shell_rg15.70
包络 Rg envelope_rg11.06
形状 Rg shape_rg10.63
总 Rg total_rg12.34
总原子数 total_atoms862
残基数 n_residues56
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.1
Rg (实空间) rg_real12.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real9.2600e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2890e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal926000.0000
解质量估计 total_estimate0.8731
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.7
偏度 Skewness skewness0.218
峰度 Kurtosis kurtosis-0.237
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha163500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.970

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2oeda2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.7 — Immunoglobulin-binding domains
家族 Family familyd.15.7.1 — Immunoglobulin-binding domains
结构域编号 domain_idd2oeda3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2oedA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)