2oo8

Synthesis, Structural Analysis, and SAR Studies of Triazine Derivatives as Potent, Selective Tie-2 Inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiopoietin-1 receptor

Homo sapiens

UniProt Q02763

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 808–1124 片段:Kinase domain RAJ N-{3-[3-(DIMETHYLAMINO)PROPYL]-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL}-4-METHYL-3-[(3-PYRIMIDIN-4-YLPYRIDIN-2-YL)AMINO]BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;14-18 % (w/v) PEG 3350, and 0.2 M tri-Potassium Citrate (pH 6.5-7.5), and 2% (v/v) isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.20 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIE2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–317; UniProt 808–1124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2oo8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2oo8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2oo8
沉积日期 deposition_date2007-01-25
结构标题 titleSynthesis, Structural Analysis, and SAR Studies of Triazine Derivatives as Potent, Selective Tie-2 Inhibitors
关键词 keywordsKinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.59
零角强度 I(0) i014608000.00
分子量 molecular_weight28929.0 kDa
排除体积 excluded_volume36243 ų
包络体积 envelope_volume42598 ų
水化壳体积 shell_volume19129 ų
包络直径 envelope_diameter67.0
壳层 Rg shell_rg24.98
包络 Rg envelope_rg19.03
形状 Rg shape_rg18.58
总 Rg total_rg19.56
总原子数 total_atoms2039
残基数 n_residues259
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.0
Rg (实空间) rg_real19.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real1.4610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14610000.0000
解质量估计 total_estimate0.8156
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.8
偏度 Skewness skewness0.203
峰度 Kurtosis kurtosis-0.395
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3786000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2oo8x_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2oo8X01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2oo8X02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)