2p2l

Rac1-GDP-Zinc Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–184 链 B; UniProt 1–184 链 C; UniProt 1–184 未记录 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;100mM MES pH6.0, 15mM ZnSO4, 10% PEGMME 550., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.90 Å R-free 0.208
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–184 链 B; UniProt 1–184 链 C; UniProt 1–184 未记录 ZN ZINC ION × 16 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;100mM MES pH6.0, 15mM ZnSO4, 10% PEGMME 550., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.90 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、101 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–188; UniProt 1–184 作者链 B; PDB构建体 5–188; UniProt 1–184 作者链 C; PDB构建体 5–188; UniProt 1–184

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2p2l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2p2l
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2p2l
沉积日期 deposition_date2007-03-07
结构标题 titleRac1-GDP-Zinc Complex
关键词 keywordsRho Family GTPase, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.71
零角强度 I(0) i061532500.00
分子量 molecular_weight60812.0 kDa
排除体积 excluded_volume75992 ų
包络体积 envelope_volume92744 ų
水化壳体积 shell_volume29999 ų
包络直径 envelope_diameter87.2
壳层 Rg shell_rg32.92
包络 Rg envelope_rg25.64
形状 Rg shape_rg25.71
总 Rg total_rg26.50
总原子数 total_atoms4233
残基数 n_residues533
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.5
Rg (实空间) rg_real26.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real6.1530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.6530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.22
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61530000.0000
解质量估计 total_estimate0.9086
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.9
偏度 Skewness skewness0.189
峰度 Kurtosis kurtosis-0.527
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12480000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.970

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2p2la_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd2p2lb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd2p2lc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2p2lA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2p2lB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2p2lC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)