2pf4

Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 140.8 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–589	未记录	Small T antigen × 1 （Q9W9P1） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.304
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–589	未记录	Small T antigen × 1 （Q9W9P1） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.304
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–589	未记录	Small T antigen × 1 （Q9W9P1） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.304
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–589	未记录	Small T antigen × 1 （Q9W9P1） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2PF4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 0–588（589 aa）片段：Aalpha subunit	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 0–588（589 aa）片段：Aalpha subunit	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
3FGA Structural Basis of PP2A and Sgo interaction 提交 2008-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 2–589（588 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；295 K；0.2 M SCTD, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
6EF4 Crystal structure of mouse PP2A Aalpha P179R mutant 提交 2018-08-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–589（589 aa）	突变：P179R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.40 Å R-free 0.235

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	2AAA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–589； UniProt 1–589 作者链 B； PDB构建体 1–589； UniProt 1–589 作者链 C； PDB构建体 1–589； UniProt 1–589 作者链 D； PDB构建体 1–589； UniProt 1–589

Small T antigen

Simian virus 40

UniProt Q9W9P1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–174	未记录	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （Q76MZ3） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.304
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–174	未记录	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （Q76MZ3） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.304
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–174	未记录	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （Q76MZ3） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.304
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–174	未记录	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （Q76MZ3） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9W9P1_SV40
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 F； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 G； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 H； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pf4
沉积日期 deposition_date	2007-04-03
结构标题 title	Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit
关键词 keywords	PP2A, SV40, small t, DnaJ, Aalpha subunit, HYDROLASE REGULATOR-VIRAL PROTEIN COMPLEX; HYDROLASE REGULATOR/VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.31 Å
零角强度 I(0) i0	1482650000.00
分子量 molecular_weight	326150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	410940 Å³
包络体积 envelope_volume	582040 Å³
水化壳体积 shell_volume	99773 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.7 Å
壳层 Rg shell_rg	55.23 Å
包络 Rg envelope_rg	44.78 Å
形状 Rg shape_rg	46.34 Å
总 Rg total_rg	46.55 Å
总原子数 total_atoms	22802
残基数 n_residues	2904
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.8 Å
Rg (实空间) rg_real	46.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1483000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8869
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.008
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.510
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	178100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.855

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
分子量 formula_weight	65392.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	22802

MAAADGDDSLYPIAVLIDELRNEDVQLRLNSIKKLSTIALALGVERTRSELLPFLTDTIYDEDEVLLALAEQLGTFTTLVGGPEYVHCLLPPLESLATVEETVVRDKAVESLRAISHEHSPSDLEAHFVPLVKRLAGGDWFTSRTSACGLFSVCYPRVSSAVKAELRQYFRNLCSDDTPMVRRAAASKLGEFAKVLELDNVKSEIIPMFSNLASDEQDSVRLLAVEACVNIAQLLPQEDLEALVMPTLRQAAEDKSWRVRYMVADKFTELQKAVGPEITKTDLVPAFQNLMKDCEAEVRAAASHKVKEFCENLSADCRENVIMTQILPCIKELVSDANQHVKSALASVIMGLSPILGKDNTIEHLLPLFLAQLKDECPEVRLNIISNLDCVNEVIGIRQLSQSLLPAIVELAEDAKWRVRLAIIEYMPLLAGQLGVEFFDEKLNSLCMAWLVDHVYAIREAATSNLKKLVEKFGKEWAHATIIPKVLAMSGDPNYLHRMTTLFCINVLSEVCGQDITTKHMLPTVLRMAGDPVANVRFNVAKSLQKIGPILDNSTLQSEVKPILEKLTQDQDVDVKYFAQEALTVLSLA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small T antigen
分子量 formula_weight	20519.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MDKVLNREESLQLMDLLGLERSAWGNIPLMRKAYLKKCKEFHPDKGGDEEKMKKMNTLYKKMEDGVKYAHQPDFGGFWDATEVFASSLNPGVDAIYCKQWPECVKKMSTNCICLLCLLRMKHENRKLYRKDPLVWVDCYCFDCFRMWFGLDLCEGTLLLWCDIIGQTTYRDLKL

来源 Source

来源生物 organism	Simian virus 40
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10633
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2pf4a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

结构域编号 domain_id	d2pf4b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

结构域编号 domain_id	d2pf4c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

结构域编号 domain_id	d2pf4d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	2pf4A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2pf4B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2pf4C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2pf4D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2pf4E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DnaJ domain

结构域编号 domain_id	2pf4E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 — Small t-antigen, unique domain

结构域编号 domain_id	2pf4F01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DnaJ domain

结构域编号 domain_id	2pf4F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 — Small t-antigen, unique domain

结构域编号 domain_id	2pf4G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DnaJ domain

结构域编号 domain_id	2pf4H01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DnaJ domain

结构域编号 domain_id	2pf4H02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 — Small t-antigen, unique domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	94.711 Å
晶胞边长 b length_b	105.501 Å
晶胞边长 c length_c	111.937 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	115.64 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	94.11 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.3040

fit	/app/data/saxs_computation/pf/2pf4/2pf4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pf/2pf4/2pf4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pf/2pf4/2pf4.dat

Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small T antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)