2pf4

Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small T antigen × 1 （Q9W9P1） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small T antigen × 1 （Q9W9P1） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small T antigen × 1 （Q9W9P1） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small T antigen × 1 （Q9W9P1） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	2AAA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–589； UniProt 1–589 作者链 B； PDB构建体 1–589； UniProt 1–589 作者链 C； PDB构建体 1–589； UniProt 1–589 作者链 D； PDB构建体 1–589； UniProt 1–589

Small T antigen

Simian virus 40

UniProt Q9W9P1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （Q76MZ3） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （Q76MZ3） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （Q76MZ3） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （Q76MZ3） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9W9P1_SV40
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 F； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 G； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 H； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pf4
沉积日期 deposition_date	2007-04-03
结构标题 title	Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit
关键词 keywords	PP2A, SV40, small t, DnaJ, Aalpha subunit, HYDROLASE REGULATOR-VIRAL PROTEIN COMPLEX; HYDROLASE REGULATOR/VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pf4__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pf4__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pf4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.25 Å
Rg（电子密度）	36.01 Å
总 Rg	36.40 Å
原子数	5707
残基数	727
排除体积	102840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2pf4__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2pf4__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2pf4__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2pf4__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
分子量 formula_weight	65392.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	22802

MAAADGDDSLYPIAVLIDELRNEDVQLRLNSIKKLSTIALALGVERTRSELLPFLTDTIYDEDEVLLALAEQLGTFTTLVGGPEYVHCLLPPLESLATVEETVVRDKAVESLRAISHEHSPSDLEAHFVPLVKRLAGGDWFTSRTSACGLFSVCYPRVSSAVKAELRQYFRNLCSDDTPMVRRAAASKLGEFAKVLELDNVKSEIIPMFSNLASDEQDSVRLLAVEACVNIAQLLPQEDLEALVMPTLRQAAEDKSWRVRYMVADKFTELQKAVGPEITKTDLVPAFQNLMKDCEAEVRAAASHKVKEFCENLSADCRENVIMTQILPCIKELVSDANQHVKSALASVIMGLSPILGKDNTIEHLLPLFLAQLKDECPEVRLNIISNLDCVNEVIGIRQLSQSLLPAIVELAEDAKWRVRLAIIEYMPLLAGQLGVEFFDEKLNSLCMAWLVDHVYAIREAATSNLKKLVEKFGKEWAHATIIPKVLAMSGDPNYLHRMTTLFCINVLSEVCGQDITTKHMLPTVLRMAGDPVANVRFNVAKSLQKIGPILDNSTLQSEVKPILEKLTQDQDVDVKYFAQEALTVLSLA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small T antigen
分子量 formula_weight	20519.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MDKVLNREESLQLMDLLGLERSAWGNIPLMRKAYLKKCKEFHPDKGGDEEKMKKMNTLYKKMEDGVKYAHQPDFGGFWDATEVFASSLNPGVDAIYCKQWPECVKKMSTNCICLLCLLRMKHENRKLYRKDPLVWVDCYCFDCFRMWFGLDLCEGTLLLWCDIIGQTTYRDLKL

来源 Source

来源生物 organism	Simian virus 40
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10633
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2pf4a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

结构域编号 domain_id	d2pf4b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

结构域编号 domain_id	d2pf4c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

结构域编号 domain_id	d2pf4d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	2pf4A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2pf4B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2pf4C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2pf4D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2pf4E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DnaJ domain

结构域编号 domain_id	2pf4E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 — Small t-antigen, unique domain

结构域编号 domain_id	2pf4F01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DnaJ domain

结构域编号 domain_id	2pf4F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 — Small t-antigen, unique domain

结构域编号 domain_id	2pf4G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DnaJ domain

结构域编号 domain_id	2pf4H01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DnaJ domain

结构域编号 domain_id	2pf4H02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 — Small t-antigen, unique domain

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晶胞边长 a length_a	94.711 Å
晶胞边长 b length_b	105.501 Å
晶胞边长 c length_c	111.937 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	115.64 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	94.11 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.3040

Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small T antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pf4__assembly_2__model_1

2pf4__assembly_2__model_1 | I(q)

2pf4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small T antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pf4__assembly_2__model_1

2pf4__assembly_2__model_1 | I(q)

2pf4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)