2phg

Model for VP16 binding to TFIIB

Method: SOLUTION NMR
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor IIB

Homo sapiens

UniProt Q00403

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Alpha trans-inducing protein × 1 (P06492) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF2B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–206; UniProt 112–316

Alpha trans-inducing protein

Herpes simplex virus (type 1 / strain 17)

UniProt P06492

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Transcription initiation factor IIB × 1 (Q00403) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATIN_HHV11
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–26; UniProt 465–490

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2phg
沉积日期 deposition_date2007-04-11
结构标题 titleModel for VP16 binding to TFIIB
关键词 keywordsTF2B, VP16, transcription, activator; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2phg__assembly_1__model_6

Assembly 1 · Model 6 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2phg__assembly_1__model_6 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2phg__assembly_1__model_6 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)18.62 Å
Rg(电子密度)17.56 Å
总 Rg18.64 Å
原子数1811
残基数232
排除体积32467 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2phg__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 2phg__assembly_1__model_2 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 2phg__assembly_1__model_3 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 2phg__assembly_1__model_4 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 2phg__assembly_1__model_5 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 2phg__assembly_1__model_6 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 2phg__assembly_1__model_7 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 2phg__assembly_1__model_8 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 9 2phg__assembly_1__model_9 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 10 2phg__assembly_1__model_10 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2phga1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.2 — Transcription factor IIB (TFIIB), core domain
结构域编号 domain_idd2phga2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.2 — Transcription factor IIB (TFIIB), core domain
结构域编号 domain_idd2phga3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2phgA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id2phgA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
▶

7. 引用文献 (1)