2pvx

NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.8 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rubredoxin

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–54	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–54	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–54	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–54	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–54	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–54	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–54	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–54	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2PVX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQ8 Rubredoxin (Methionine Mutant) from Pyrococcus Furiosus 提交 1998-08-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion	分辨率 1.10 Å R-free 0.149
1BQ9 Rubredoxin (Formyl Methionine Mutant) from Pyrococcus Furiosus 提交 1998-08-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	突变：FMET INSERTED IN N-TERMINAL POSITION 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion	分辨率 1.20 Å R-free 0.166
1BRF Rubredoxin (Wild Type) from Pyrococcus Furiosus 提交 1998-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion	分辨率 0.95 Å R-free 0.162
1CAA X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED FORMS OF THE RUBREDOXIN FROM THE MARINE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEBACTERIUM PYROCOCCUS FURIOSUS 提交 1992-05-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1CAD X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED FORMS OF THE RUBREDOXIN FROM THE MARINE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEBACTERIUM PYROCOCCUS FURIOSUS 提交 1992-05-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1IU5 X-ray Crystal Structure of the rubredoxin mutant from Pyrococcus Furiosus 提交 2002-02-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	突变：W3Y, I23V, L32I	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；Na/K phosphate, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.50 Å R-free 0.203
1IU6 Neutron Crystal Structure of the rubredoxin mutant from Pyrococcus Furiosus 提交 2002-02-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	突变：W3Y, I23V, L32I	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；Na/K phosphate, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.60 Å R-free 0.228
1QCV RUBREDOXIN VARIANT (PFRD-XC4) FOLDS WITHOUT IRON 提交 1999-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	突变：C5L C8T C38A C41T	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）225mM；压力 1 NMR样品组成 1.5MM PFRD-XC4 ACETATE-D3 PH 6.3; 200MM NACL; 90/10 H2O/D2O	分辨率未提供
1RWD Backbone NMR Structure of a Mutant P. Furiosus Rubredoxin Using Residual Dipolar Couplings 提交 2003-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	突变：W3Y, I23V, L32I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 4.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate; 100 mM NaCl; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate ; 50 mM NaCl; pH 6.3; 7% Bicelle (3:1 DMPC:DHPC with 4% CTAB relative to DMPC) \| Bicelles in 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 4.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate; 100 mM NaCl; pH 6.3; PF1 phage sample \| Phage in 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
1VCX Neutron Crystal Structure of the Wild Type Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 1.5A Resolution 提交 2004-03-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 Macroseeding；pH 8；298 K；sodium dihydrogen phosphate, dipotassium hydrogen phosphate, pH 8.0, Macroseeding, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.217
1ZRP SOLUTION-STATE STRUCTURE BY NMR OF ZINC-SUBSTITUTED RUBREDOXIN FROM THE MARINE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEBACTERIUM PYROCOCCUS FURIOSUS 提交 1992-07-10	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3KYU X-ray crystal structure determination of fully perdeuterated rubredoxin at 100K 提交 2009-12-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.10 Å R-free 0.125
3KYV Denovo X-ray crystal structure determination of H-labeled perdeuterated rubredoxin at 100K 提交 2009-12-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.10 Å R-free 0.147
3KYW Xray crystal structure determination of H-labeled perdeuterated rubredoxin at 295K 提交 2009-12-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.10 Å R-free 0.165
3KYX Joint Xray/neutron crystal structure determination of fully perdeuterated rubredoxin at 295K 提交 2009-12-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	实验方法未声明 X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.68 Å R-free 0.197
3KYY Joint Xray/neutron crystal structure determination of H-labeled perdeuterated rubredoxin at 295K 提交 2009-12-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	实验方法未声明 X-ray结晶条件 3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.10 Å
3RYG 128 hours neutron structure of perdeuterated rubredoxin 提交 2011-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.200
3RZ6 Neutron structure of perdeuterated rubredoxin using 40 hours 1st pass data 提交 2011-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.238
3RZT Neutron structure of perdeuterated rubredoxin using rapid (14 hours) data 提交 2011-05-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.249
3SS2 Neutron structure of perdeuterated rubredoxin using 48 hours 3rd pass data 提交 2011-07-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9m sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4AR3 Near-atomic resolution neutron crystallography on the oxidised form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin. 提交 2012-04-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 D8U deuterium(1+) × 4 D3O trideuteriooxidanium × 4	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5	分辨率 1.05 Å R-free 0.237
4AR4 Neutron crystallographic structure of the reduced form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.38 Angstrom resolution. 提交 2012-04-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 D8U deuterium(1+) × 2 D3O trideuteriooxidanium × 4	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2	分辨率 1.38 Å R-free 0.226
4AR5 X-ray crystallographic structure of the oxidised form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin in D2O at 295K (in quartz capillary) to 1.00 Angstrom resolution. 提交 2012-04-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.00 Å R-free 0.119
4AR6 X-ray crystallographic structure of the reduced form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin at 295 K (in quartz capillary) to 0.92 Angstroms resolution. 提交 2012-04-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2	分辨率 0.92 Å R-free 0.136
4K9F Neutron structure of Perdeuterated Rubredoxin refined against 1.75 resolution data collected on the new IMAGINE instrument at HFIR, ORNL 提交 2013-04-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE sitting drop equilibrated against 3.8 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.241
5AI2 Anomalous Neutron phased crystal structure of 113Cd-substituted Perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.75A resolution at 295K 提交 2015-02-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 D8U deuterium(1+) × 3	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.286
5AI3 X-ray structure of 113Cd-substituted Perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.02A resolution at 295K in a quartz capillary 提交 2015-02-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；3.8 M NAH2PO4, 3.8M K2HPO4 IN MORE THAN 99.7 PERCENT PURE D2O, pH 6.5	分辨率 1.02 Å R-free 0.126
5NW3 The cryofrozen atomic resolution X-ray crystal structure of perdeuterated Pyrococcus furiosus Rubredoxin (100K, 0.59A resolution) 提交 2017-05-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；seeded 3.4M equimolar Na/K phosphate buffer	分辨率 0.59 Å R-free 0.146
5OME The cryofrozen atomic resolution X-ray crystal structure of the reduced form (Fe2+) perdeuterated Pyrococcus furiosus Rubredoxin in D2O (100K, 0.75 Angstrom resolution) 提交 2017-07-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；SEEDED 3.4M EQUIMOLAR NA/K PHOSPHATE BUFFER	分辨率 0.75 Å R-free 0.121
9BKL Cobalt substituted rubredoxin from Pyrococcus furiosus solved by Co/S-SAD 提交 2024-04-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.8M NaH2PO4, 3.8M K2HPO4 (1:1, v/v)	分辨率 1.70 Å R-free 0.183
9BKP Crystal structure of rubredoxin from Pyrococcus furiosus reconstituted with FeCl3 solved by Fe/S-SAD 提交 2024-04-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Tris pH 8.4, 2.2M ammonium sulfate, 30% MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.185
9BKT Crystal structure of rubredoxin from Pyrococcus furiosus reconstituted with FeSO4 solved by Fe/S-SAD 提交 2024-04-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M tris pH 8.4 2.2 M ammonium sulfate 30% MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.166
9XZU Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 100K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.82 Å R-free 0.148
9Y00 Zinc Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 140K, A2 Nterminus 提交 2025-08-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.83 Å R-free 0.140
9Y0Y Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 180K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.85 Å R-free 0.150
9Y0Z Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 200K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.86 Å R-free 0.149
9Y11 Zn Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 220K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.91 Å R-free 0.147
9Y1U Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 240K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.98 Å R-free 0.148
9Y28 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 260K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-31	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.01 Å R-free 0.143
9Y29 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 280K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-31	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.08 Å R-free 0.144
9Y2E Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 100K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.78 Å R-free 0.140
9Y2G Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 293K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.14 Å R-free 0.158
9Y2Y Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 393K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.68 Å R-free 0.243
9Y30 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 383K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.53 Å R-free 0.190
9Y32 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 373K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.47 Å R-free 0.173
9Y33 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 363K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.35 Å R-free 0.154
9Y37 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 353K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.84 Å R-free 0.253
9Y38 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 313K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.41 Å R-free 0.195

共 48 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUBR_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 B； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 C； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 D； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 E； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 F； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 G； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 H； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pvx
沉积日期 deposition_date	2007-05-10
结构标题 title	NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin
关键词 keywords	rubredoxin, chimeric, Pyrococcus furiosus, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.45 Å
零角强度 I(0) i0	43792600.00
分子量 molecular_weight	48790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59788 Å³
包络体积 envelope_volume	75804 Å³
水化壳体积 shell_volume	27232 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.09 Å
包络 Rg envelope_rg	23.00 Å
形状 Rg shape_rg	23.47 Å
总 Rg total_rg	24.19 Å
总原子数 total_atoms	6459
残基数 n_residues	431
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9144
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.053
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.538
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4606000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.997

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rubredoxin
分子量 formula_weight	6062.7 kDa
突变 mutation	A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7286

MKKWVCTVCGYIYDEDAGDPDNGISPGTKFEELPDDWVCPLCGVGKDQFEKLED

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	663

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2pvxa_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

结构域编号 domain_id	d2pvxb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

结构域编号 domain_id	d2pvxc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

结构域编号 domain_id	d2pvxd_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

结构域编号 domain_id	d2pvxe_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

结构域编号 domain_id	d2pvxf_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

结构域编号 domain_id	d2pvxg_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

结构域编号 domain_id	d2pvxh_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2pvxA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2pvxB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2pvxC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2pvxD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2pvxE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2pvxF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2pvxG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2pvxH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	45.260 Å
晶胞边长 b length_b	45.840 Å
晶胞边长 c length_c	95.080 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.040 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1390
R_work r_work	0.1390
R_free r_free	0.1800

fit	/app/data/saxs_computation/pv/2pvx/2pvx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pv/2pvx/2pvx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pv/2pvx/2pvx.dat