2qfd

Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
10	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 802–925	片段：Regulatory domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QFD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LWD Solution structure of second CARD of human RIG-I 提交 2012-07-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 95–190（96 aa）片段：CARD 2 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient NMR样品组成 300 uM [U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LWE Solution structure of mutant (T170E) second CARD of human RIG-I 提交 2012-07-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 95–190（96 aa）片段：CARD 2 domain	突变：T170E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient NMR样品组成 300 uM [U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 802–925（124 aa）片段：Regulatory domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2RMJ Solution structure of RIG-I C-terminal domain 提交 2007-10-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–925（134 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.25 NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RIG-I, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YKG Structural insights into RNA recognition by RIG-I 提交 2011-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 230–925（696 aa）片段：RESIDUES 230-925	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M BICINE, PH 9.0, 22.5 % POLYETHYLENE GLYCOL 6,000	分辨率 2.50 Å R-free 0.273
3LRN Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 14 bp GC 5' ppp dsRNA 提交 2010-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 803–923（121 aa）片段：human RIG-I CTD 链 B 803–923（121 aa）片段：human RIG-I CTD	突变：C829S 突变：C829S	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；15% PEG 3,350, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.282
3LRR Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 12 bp AU rich 5' ppp dsRNA 提交 2010-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 803–923（121 aa）片段：RIG-I CTD (UNP residues 803 to 923) 链 B 803–923（121 aa）片段：RIG-I CTD (UNP residues 803 to 923)	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 3,350 (15%) plus ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.228
3NCU Structural and functional insights into pattern recognition by the innate immune receptor RIG-I 提交 2010-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 792–925（134 aa）片段：residues 792-925 链 B 792–925（134 aa）片段：residues 792-925	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；27% (v/v) polyethylene glycerol 3350 (PEG 3350), 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.1 M KCl, and 10 mM MgCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.55 Å R-free 0.229
3OG8 Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 14-bp blunt-ended dsRNA 提交 2010-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 802–925（124 aa）片段：C-terminal domain 链 B 802–925（124 aa）片段：C-terminal domain	突变：C829S 突变：C829S	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；27% PEG MME 550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.278
3ZD6 Snapshot 1 of RIG-I scanning on RNA duplex 提交 2012-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 185–880（696 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；pH 9	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3ZD7 Snapshot 3 of RIG-I scanning on RNA duplex 提交 2012-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 185–880（696 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；pH 9	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
4AY2 Capturing 5' tri-phosphorylated RNA duplex by RIG-I 提交 2012-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 239–925（687 aa）片段：RESIDUES 239-925	未记录	ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
4BPB STRUCTURAL INSIGHTS INTO RNA RECOGNITION BY RIG-I 提交 2013-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 230–925（696 aa）片段：RESIDUES 230-925	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M BICINE, PH 9.0, 22.5 % POLYETHYLENE GLYCOL 6,000	分辨率 2.58 Å R-free 0.255
4NQK Structure of an Ubiquitin complex 提交 2013-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–200（200 aa）片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200 链 B 1–200（200 aa）片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200 链 C 1–200（200 aa）片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200 链 D 1–200（200 aa）片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.2 M Tri-Li Citrate, 3% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.70 Å R-free 0.285
4ON9 DECH box helicase domain 提交 2014-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–793（564 aa）片段：UNP residues 230-793	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；1:1 RIG-I SF2 (60mg/ml) : reservoir solution (100mM HEPES pH=6.8, 100mM ammonium sulfate, 6.7%(v/v) Isopropanol, 9%(v/v) PEG4000), 4days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.71 Å R-free 0.258
4ON9 DECH box helicase domain 提交 2014-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 230–793（564 aa）片段：UNP residues 230-793	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；1:1 RIG-I SF2 (60mg/ml) : reservoir solution (100mM HEPES pH=6.8, 100mM ammonium sulfate, 6.7%(v/v) Isopropanol, 9%(v/v) PEG4000), 4days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.71 Å R-free 0.258
4ON9 DECH box helicase domain 提交 2014-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 230–793（564 aa）片段：UNP residues 230-793 链 B 230–793（564 aa）片段：UNP residues 230-793	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；1:1 RIG-I SF2 (60mg/ml) : reservoir solution (100mM HEPES pH=6.8, 100mM ammonium sulfate, 6.7%(v/v) Isopropanol, 9%(v/v) PEG4000), 4days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.71 Å R-free 0.258
4P4H Caught-in-action signaling complex of RIG-I 2CARD domain and MAVS CARD domain 提交 2014-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 A 1–201（201 aa）链 B 1–201（201 aa）链 C 1–201（201 aa）链 D 1–201（201 aa）链 E 1–201（201 aa）链 F 1–201（201 aa）链 G 1–201（201 aa）链 H 1–201（201 aa）	突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Tri-Li Citrate, PEG 3350, Cr(III) Cl3	分辨率 3.40 Å R-free 0.240
5E3H Structural Basis for RNA Recognition and Activation of RIG-I 提交 2015-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 232–925（694 aa）片段：UNP residues 232-925	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% w/v PEG3350, 0.25 M sodium thiocyanate, 100 mM MOPS, pH 7.8, 3% v/v 2,2,2-trifluoroethanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
5F98 Crystal structure of RIG-I in complex with Cap-0 RNA 提交 2015-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric	链 A 232–925（694 aa）链 C 232–925（694 aa）链 E 232–925（694 aa）链 G 232–925（694 aa）链 I 232–925（694 aa）链 K 232–925（694 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8), 3.5% (v/v) 2,2,2-trifluoroethanol	分辨率 3.28 Å R-free 0.277
5F9F Crystal structure of RIG-I helicase-RD in complex with 24-mer blunt-end hairpin RNA 提交 2015-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric	链 A 187–880（694 aa）链 C 187–880（694 aa）链 E 187–880（694 aa）链 G 187–880（694 aa）链 I 187–880（694 aa）链 K 187–880（694 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ETF TRIFLUOROETHANOL × 4 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% (w/v) PEG 3350, 0.3 M NaSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8)	分辨率 2.60 Å R-free 0.259
5F9H Crystal structure of RIG-I helicase-RD in complex with 24-mer 5' triphosphate hairpin RNA 提交 2015-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric	链 A 232–925（694 aa）链 C 232–925（694 aa）链 E 232–925（694 aa）链 G 232–925（694 aa）链 I 232–925（694 aa）链 K 232–925（694 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% (w/v) PEG 3350, 0.25 M KSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8)	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
6GPG Structure of the RIG-I Singleton-Merten syndrome variant C268F 提交 2018-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 232–925（694 aa）	突变：C268F	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M MOPS pH 7.5, 17.5 % (w/v) PEG 3350, 0.25 M NaSCN, 3 % (v/v) 2,2,2 trifluoroethanol	分辨率 2.89 Å R-free 0.260
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 242–922（681 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 D 242–922（681 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 F 242–922（681 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 H 242–922（681 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 J 242–922（681 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 L 242–922（681 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
7BAH Structure of RIG-I CTD bound to OH-RNA 提交 2020-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 802–925（124 aa）链 B 802–925（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；283.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0 0.2 M NaCl 18% PEG 3350	分辨率 1.89 Å R-free 0.224
7BAI Structure of RIG-I CTD (I875A) bound to p-RNA 提交 2020-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 802–925（124 aa）链 B 802–925（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.2 M thiocyanate pH 8.4 20% PEG 3350 10% ethylene glycol 10% MPD	分辨率 3.40 Å R-free 0.273
7BAI Structure of RIG-I CTD (I875A) bound to p-RNA 提交 2020-12-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 802–925（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.2 M thiocyanate pH 8.4 20% PEG 3350 10% ethylene glycol 10% MPD	分辨率 3.40 Å R-free 0.273
7JL1 Cryo-EM structure of RIG-I:dsRNA in complex with RIPLET PrySpry domain (monomer) 提交 2020-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 159–880（722 aa）片段：UNP residues 159-880	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7JL3 Cryo-EM structure of RIG-I:dsRNA filament in complex with RIPLET PrySpry domain (trimer) 提交 2020-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 159–880（722 aa）片段：UNP residues 159-880 链 C 159–880（722 aa）片段：UNP residues 159-880 链 E 159–880（722 aa）片段：UNP residues 159-880	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7MK1 Structure of a protein-modified aptamer complex 提交 2021-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 801–925（125 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；285.15 K；30% PEG3350, 0.01 M Na acetate pH 4.8	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
7MK1 Structure of a protein-modified aptamer complex 提交 2021-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 801–925（125 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；285.15 K；30% PEG3350, 0.01 M Na acetate pH 4.8	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
7TNX Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p3dsRNA 提交 2022-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
7TNY Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p2dsRNA 提交 2022-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7TNZ Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p1dsRNA 提交 2022-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
7TO0 Cryo-EM structure of RIG-I in complex with OHdsRNA 提交 2022-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7TO1 Cryo-EM structure of RIG-I bound to the end of p3SLR30 (+ATP) 提交 2022-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
7TO2 Cryo-EM structure of RIG-I bound to the internal sites of p3SLR30 (+ATP) 提交 2022-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8DVR Cryo-EM structure of RIG-I bound to the end of p3SLR30 (+AMPPNP) 提交 2022-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8DVS Cryo-EM structure of RIG-I bound to the end of OHSLR30 (+ATP) 提交 2022-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8DVU Cryo-EM structure of RIG-I bound to the internal sites of OHSLR30 (+ATP) 提交 2022-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8G7T Cryo-EM structure of Riplet:RIG-I:dsRNA complex (end-end) 提交 2023-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–925（925 aa）链 C 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8G7U Cryo-EM structure of Riplet:RIG-I:dsRNA complex (end-semi-closed end) 提交 2023-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–925（925 aa）链 C 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8G7V Cryo-EM structure of Riplet:RIG-I:dsRNA complex (end-inter) 提交 2023-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–925（925 aa）链 C 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8SCZ Cryo-EM structure of 14aa-GS RIG-I in complex with p3SLR30 提交 2023-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8SD0 Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p3SLR14 提交 2023-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9KTW Cryo-EM structure of wild type RIG-I with 5'p-RNA 提交 2024-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–925（925 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9KU4 Cryo-EM structure of E373A mutant RIG-I with 5'p-RNA 提交 2024-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–925（925 aa）	突变：E373A	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å

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UniProt名称	DDX58_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925 作者链 B； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925 作者链 C； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925 作者链 D； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925 作者链 E； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925 作者链 F； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925 作者链 G； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925 作者链 H； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925 作者链 I； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925 作者链 J； PDB构建体 22–145； UniProt 802–925

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qfd
沉积日期 deposition_date	2007-06-27
结构标题 title	Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg
关键词 keywords	;Zinc Finger, Alternative splicing, Antiviral defense, ATP-binding, Helicase, Hydrolase, Immune response, Innate immunity, Interferon induction, Nucleotide-binding, Polymorphism, RNA-binding, Ubl conjugation ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.33 Å
零角强度 I(0) i0	300963000.00
分子量 molecular_weight	143820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	180100 Å³
包络体积 envelope_volume	279200 Å³
水化壳体积 shell_volume	54239 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.6 Å
壳层 Rg shell_rg	48.95 Å
包络 Rg envelope_rg	41.09 Å
形状 Rg shape_rg	43.32 Å
总 Rg total_rg	43.67 Å
总原子数 total_atoms	9990
残基数 n_residues	1210
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	301000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8829
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.054
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.724
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.989; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.507

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
分子量 formula_weight	16853.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	10092

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKECFVSRPHPKPKQFSSFEKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATGVQTLYSKWKDFHFEKIPFDPAEMSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d2qfda_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qfdb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qfdc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qfdd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qfde_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qfdf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qfdg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qfdh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qfdi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qfdj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.88 — Mss4-like
超家族 Superfamily superfamily	b.88.2 — RIG-I C-terminal-like
家族 Family family	b.88.2.1 — RIG-I C-terminal domain-like

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2qfdA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

结构域编号 domain_id	2qfdB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

结构域编号 domain_id	2qfdC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

结构域编号 domain_id	2qfdD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

结构域编号 domain_id	2qfdE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

结构域编号 domain_id	2qfdF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

结构域编号 domain_id	2qfdG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

结构域编号 domain_id	2qfdH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

结构域编号 domain_id	2qfdI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

结构域编号 domain_id	2qfdJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	150 — Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.150 Å
晶胞边长 b length_b	76.540 Å
晶胞边长 c length_c	137.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.07 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2530
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/qf/2qfd/2qfd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qf/2qfd/2qfd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qf/2qfd/2qfd.dat