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2qpl

Crystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase complexed to a novel purine analogue

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Purine nucleoside phosphorylase

物种未注明

UniProt P55859

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 3–284 未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 BTY 4-amino-7-methylpyrazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-2(1H)-one × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；291 K；31-35% PEG-400 IN 100 MM HEPES OR TRIS BUFFER, PH 7.8-8.2; 100 MM MGCL2; 1% OCTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K 分辨率 2.10 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2QPL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A9O BOVINE PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH PHOSPHATE 提交 1998-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 31-35% PEG-400 IN 100 MM TRIS BUFFER, PH 7.8-8.2; 100 MM MGCL2; 1% OCTYL-BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE
分辨率 2.00 Å
1A9P BOVINE PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH 9-DEAZAINOSINE AND PHOSPHATE 提交 1998-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 9DI 9-DEAZAINOSINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 31-35% PEG-400 IN 100 MM HEPES OR TRIS BUFFER, PH 7.8-8.2; 100 MM MGCL2; 1% OCTYL-BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE
分辨率 2.40 Å
1A9Q BOVINE PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH INOSINE 提交 1998-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–282（282 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 HPA HYPOXANTHINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 31-35% PEG-400 IN 100 MM HEPES BUFFER, PH 7.8-8.2; 100 MM MGCL2; 1% OCTYL-BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE. CRYSTAL SOAKED IN ARTI- FICIAL MOTHER LIQUOR CONTAINING 7.3 MM INOSINE.
分辨率 2.00 Å
1A9R BOVINE PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH HYPOXANTHINE AND SULFATE 提交 1998-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–282（282 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 HPA HYPOXANTHINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 31-35% PEG-400 IN 100 MM HEPES OR TRIS BUFFER, PH 7.8-8.2; 100 MM MGCL2; 1% OCTYL-BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE
分辨率 2.00 Å
1A9S BOVINE PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH INOSINE AND SULFATE 提交 1998-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 NOS INOSINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 31-35% PEG-400 IN 100 MM HEPES BUFFER, PH 7.8-8.2; 100 MM MGCL2; 1% OCTYL-BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE. CRYSTAL SOAKED IN 12.8 MM INOSINE AND 12 MM SULFATE.
分辨率 2.00 Å
1A9T BOVINE PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH 9-DEAZAINOSINE AND PHOSPHATE 提交 1998-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 R1P 1-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose × 3 HPA HYPOXANTHINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 31-35% PEG-400 IN 100 MM HEPES OR TRIS BUFFER, PH 7.8-8.2; 100 MM MGCL2; 1% OCTYL-BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE
分辨率 2.00 Å
1B8N PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE 提交 1999-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IMG 1,4-DIDEOXY-1,4-IMINO-1-(S)-(9-DEAZAGUANIN-9-YL)-D-RIBITOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1B8N PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE 提交 1999-02-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 IMG 1,4-DIDEOXY-1,4-IMINO-1-(S)-(9-DEAZAGUANIN-9-YL)-D-RIBITOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1B8O PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE 提交 1999-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IMH 1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PEG-400, TRIS, MGCL2, K3PO4, pH 8.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.232
1B8O PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE 提交 1999-02-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 IMH 1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PEG-400, TRIS, MGCL2, K3PO4, pH 8.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.232
1FXU PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM CALF SPLEEN IN COMPLEX WITH N(7)-ACYCLOGUANOSINE INHIBITOR AND A PHOSPHATE ION 提交 2000-09-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GU7 2-AMINO-7-[2-(2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-ETHYL]-1,7-DIHYDRO-PURIN-6-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.04M Tris/HCl buffer, PEG 4000, 11-16%, 0.08M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
分辨率 2.20 Å R-free 0.244
1FXU PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM CALF SPLEEN IN COMPLEX WITH N(7)-ACYCLOGUANOSINE INHIBITOR AND A PHOSPHATE ION 提交 2000-09-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 GU7 2-AMINO-7-[2-(2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-ETHYL]-1,7-DIHYDRO-PURIN-6-ONE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.04M Tris/HCl buffer, PEG 4000, 11-16%, 0.08M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
分辨率 2.20 Å R-free 0.244
1FXU PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM CALF SPLEEN IN COMPLEX WITH N(7)-ACYCLOGUANOSINE INHIBITOR AND A PHOSPHATE ION 提交 2000-09-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 GU7 2-AMINO-7-[2-(2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-ETHYL]-1,7-DIHYDRO-PURIN-6-ONE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.04M Tris/HCl buffer, PEG 4000, 11-16%, 0.08M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
分辨率 2.20 Å R-free 0.244
1LV8 Crystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase in a new space group with full trimer in the asymmetric unit 提交 2002-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–289（289 aa）
链 B 1–289（289 aa）
链 C 1–289（289 aa）
链 D 1–289（289 aa）
链 E 1–289（289 aa）
链 F 1–289（289 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 9PP 2,6-DIAMINO-(S)-9-[2-(PHOSPHONOMETHOXY)PROPYL]PURINE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；298 K；HEPES, PEG400, CaCl2, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1LVU Crystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase in a new space group with full trimer in the asymmetric unit 提交 2002-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–289（289 aa）
链 B 1–289（289 aa）
链 C 1–289（289 aa）
链 D 1–289（289 aa）
链 E 1–289（289 aa）
链 F 1–289（289 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 10 9PP 2,6-DIAMINO-(S)-9-[2-(PHOSPHONOMETHOXY)PROPYL]PURINE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；286 K；PEG400, CaCl2, HEPES, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K
分辨率 2.05 Å R-free 0.244
1PBN PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE 提交 1995-07-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.270
1V48 Calf spleen purine nucleoside phosphorylase (PNP) binary complex with 9-(5,5-difluoro-5-phosphonopenthyl)guanine 提交 2003-11-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 HA1 9-(5,5-DIFLUORO-5-PHOSPHONOPENTYL)GUANINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；291 K；PEG 4000, Hepes, magnesium chloride, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.242
1V48 Calf spleen purine nucleoside phosphorylase (PNP) binary complex with 9-(5,5-difluoro-5-phosphonopenthyl)guanine 提交 2003-11-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 HA1 9-(5,5-DIFLUORO-5-PHOSPHONOPENTYL)GUANINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；291 K；PEG 4000, Hepes, magnesium chloride, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.242
1VFN PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE 提交 1996-10-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 4–284（281 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 HPA HYPOXANTHINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；16%(W/V) PEG 4000, 0.04M TRIS-HCL BUFFER PH 8.2-8.5, 0.08M MGCL2, pH 8.0
分辨率 2.15 Å
1VFN PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE 提交 1996-10-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 4–284（281 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 HPA HYPOXANTHINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；16%(W/V) PEG 4000, 0.04M TRIS-HCL BUFFER PH 8.2-8.5, 0.08M MGCL2, pH 8.0
分辨率 2.15 Å
2AI1 Purine nucleoside phosphorylase from calf spleen 提交 2005-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 3 P1G ((2R,4R,6R,6AS)-4-(2-AMINO-6-OXO-1,6-DIHYDROPURIN-9-YL)-6-(HYDROXYMETHYL)-TETRAHYDROFURO[3,4-D][1,3]DIOXOL-2-YL)METHYLPHOSPHONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；296 K；PEG2K MME, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.00 Å R-free 0.254
2AI1 Purine nucleoside phosphorylase from calf spleen 提交 2005-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 3 P1G ((2R,4R,6R,6AS)-4-(2-AMINO-6-OXO-1,6-DIHYDROPURIN-9-YL)-6-(HYDROXYMETHYL)-TETRAHYDROFURO[3,4-D][1,3]DIOXOL-2-YL)METHYLPHOSPHONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；296 K；PEG2K MME, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.00 Å R-free 0.254
2AI2 Purine nucleoside phosphorylase from calf spleen 提交 2005-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 3 P1D ((2S,3AS,4R,6S)-4-(HYDROXYMETHYL)-6-(4-OXO-4,5-DIHYDRO-3H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)-TETRAHYDROFURO[3,4-D][1,3]DIOXO L-2-YL)METHYLPHOSPHONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；296 K；PEG2K MME , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.70 Å R-free 0.231
2AI2 Purine nucleoside phosphorylase from calf spleen 提交 2005-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 3 P1D ((2S,3AS,4R,6S)-4-(HYDROXYMETHYL)-6-(4-OXO-4,5-DIHYDRO-3H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)-TETRAHYDROFURO[3,4-D][1,3]DIOXO L-2-YL)METHYLPHOSPHONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；296 K；PEG2K MME , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.70 Å R-free 0.231
2AI3 Purine nucleoside phosphorylase from calf spleen 提交 2005-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 3 P2G (2S,4R,6R,6AS)-4-(2-AMINO-6-OXO-1,6-DIHYDROPURIN-9-YL)-6-(HYDROXYMETHYL)-TETRAHYDROFURO[3,4-D][1,3]DIOXOL-2-YLPHOSPHONI C ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；296 K；PEG2K MME , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.70 Å R-free 0.253
3FUC Recombinant calf purine nucleoside phosphorylase in a binary complex with multisubstrate analogue inhibitor 9-(5',5'-difluoro-5'-phosphonopentyl)-9-deazaguanine structure in a new space group with one full trimer in the asymmetric unit 提交 2009-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–284（284 aa） 片段：residues 1-284
链 B 1–284（284 aa） 片段：residues 1-284
链 C 1–284（284 aa） 片段：residues 1-284
未记录 9D9 [5-(2-amino-4-oxo-4,5-dihydro-3H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)-1,1-difluoropentyl]phosphonic acid × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 AZI AZIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；33% PEG 400, 0.1M SODIUM AZIDE, 0.1M HEPES, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 1% OCTYL BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.45 Å R-free 0.199
3PNP THE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE SPLEEN PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE IN COMPLEX FORMS WITH PHOSPHATE AND 9-DEAZAINOSINE 提交 1998-03-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 1.60 Å R-free 0.232
4PNP THE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE SPLEEN PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE IN COMPLEX FORMS WITH PHOSPHATE AND 9-DEAZAINOSINE 提交 1998-03-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.1；pH 8.1
分辨率 1.80 Å R-free 0.248

共 20 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PNPH_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–282； UniProt 3–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2qpl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2qpl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2qpl
沉积日期 deposition_date2007-07-24
结构标题 titleCrystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase complexed to a novel purine analogue
关键词 keywordsPurine Nucleoside Phosphorylase, Acetylation, Glycosyltransferase, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.85 Å
零角强度 I(0) i016242800.00
分子量 molecular_weight29860.0 kDa
排除体积 excluded_volume37151 ų
包络体积 envelope_volume42336 ų
水化壳体积 shell_volume19498 ų
包络直径 envelope_diameter61.1 Å
壳层 Rg shell_rg24.45 Å
包络 Rg envelope_rg18.14 Å
形状 Rg shape_rg17.86 Å
总 Rg total_rg18.76 Å
总原子数 total_atoms2097
残基数 n_residues266
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.0 Å
Rg (实空间) rg_real18.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16240000.0000
解质量估计 total_estimate0.8904
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.7 Å
偏度 Skewness skewness0.175
峰度 Kurtosis kurtosis-0.365
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha4104000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.996
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2qpla_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2qplA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)