2qux

PP7 coat protein dimer in complex with RNA hairpin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

Pseudomonas phage PP7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 1	RNA (25-MER) × 1 GLYCEROL × 4 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 1	RNA (25-MER) × 1 GLYCEROL × 3 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 1	RNA (25-MER) × 1 GLYCEROL × 3 water × 3	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 1	RNA (25-MER) × 1 GLYCEROL × 4 water × 3	与全部聚合物一致
5	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 1	RNA (25-MER) × 1 water × 3	与全部聚合物一致
6	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 1	RNA (25-MER) × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q38062_BPPP7
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 A； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 B； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 B； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 D； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 D； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 E； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 E； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 G； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 G； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 H； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 H； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 J； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 J； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 K； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 K； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 M； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 M； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 N； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 N； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 P； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 P； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128 作者链 Q； PDB构建体 4–70； UniProt 1–67 作者链 Q； PDB构建体 73–125； UniProt 76–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qux
沉积日期 deposition_date	2007-08-06
结构标题 title	PP7 coat protein dimer in complex with RNA hairpin
关键词 keywords	Bacteriophage coat protein, RNA-protein complex, Capsid protein, Structural PROTEIN-RNA COMPLEX; Structural PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qux__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qux__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qux__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.68 Å
Rg（电子密度）	19.71 Å
总 Rg	20.66 Å
原子数	2389
残基数	264
排除体积	40776 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qux__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2qux__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2qux__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2qux__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2qux__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2qux__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA (25-MER)
分子量 formula_weight	8053.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R
原子数 atom_count	15026

GGCACAGAAGAUAUGGCUUCGUGCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coat protein
分子量 formula_weight	13616.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E,G,H,J,K,M,N,P,Q

GGSMSKTIVLSVGEATRTLTEIQSTADRQIFEEKVGPLVGRLRLTASLRQNGAKTAYRVNLKLDQADVVDSGLPKVRYTQVWSHDVTIVANSTEASRKSLYDLTKSLVATSQVEDLVVNLVPLGR

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas phage PP7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12023
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	512

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d2quxa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2quxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxg1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2quxh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxj1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2quxk1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2quxm_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxn_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxp_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

结构域编号 domain_id	d2quxq_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamily	d.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family family	d.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2quxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

结构域编号 domain_id	2quxQ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MS2 Viral Coat Protein

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晶胞边长 a length_a	174.970 Å
晶胞边长 b length_b	145.388 Å
晶胞边长 c length_c	109.655 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	122.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	33.800 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	0.1750
R_free r_free	0.2360

PP7 coat protein dimer in complex with RNA hairpin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qux__assembly_6__model_1

2qux__assembly_6__model_1 | I(q)

2qux__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

PP7 coat protein dimer in complex with RNA hairpin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qux__assembly_6__model_1

2qux__assembly_6__model_1 | I(q)

2qux__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)