2r9p

Human mesotrypsin complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor(BPTI)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 130.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin-3

Homo sapiens

UniProt P35030

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 81–304 链 C; UniProt 81–304 突变:S195A Pancreatic trypsin inhibitor × 2 (P00974) SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;298 K;1.6M ammonium sulfate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 1.40 Å R-free 0.224
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 81–304 链 D; UniProt 81–304 突变:S195A Pancreatic trypsin inhibitor × 2 (P00974) SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;298 K;1.6M ammonium sulfate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 1.40 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–224; UniProt 81–304 作者链 B; PDB构建体 1–224; UniProt 81–304 作者链 C; PDB构建体 1–224; UniProt 81–304 作者链 D; PDB构建体 1–224; UniProt 81–304

Pancreatic trypsin inhibitor

物种未注明

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 36–93 链 G; UniProt 36–93 未记录 Trypsin-3 × 2 (P35030) SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;298 K;1.6M ammonium sulfate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 1.40 Å R-free 0.224
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 36–93 链 I; UniProt 36–93 未记录 Trypsin-3 × 2 (P35030) SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;298 K;1.6M ammonium sulfate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 1.40 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、264 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93 作者链 F; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93 作者链 G; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93 作者链 I; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2r9p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2r9p
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2r9p
沉积日期 deposition_date2007-09-13
结构标题 titleHuman mesotrypsin complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor(BPTI)
关键词 keywords;Human mesotrypsin, Serine protease, Bovine pancreatic trypsin inhibitor, BPTI, Alternative splicing, Calcium, Digestion, Hydrolase, Metal-binding, Secreted, Sulfation, Zymogen, Pharmaceutical, Protease inhibitor, Serine protease inhibitor, hydrolase-hydrolase inhibitor COMPLEX ;; hydrolase/hydrolase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.61
零角强度 I(0) i0265176000.00
分子量 molecular_weight124950.0 kDa
排除体积 excluded_volume153740 ų
包络体积 envelope_volume201600 ų
水化壳体积 shell_volume48236 ų
包络直径 envelope_diameter139.1
壳层 Rg shell_rg41.19
包络 Rg envelope_rg34.59
形状 Rg shape_rg34.56
总 Rg total_rg35.22
总原子数 total_atoms8720
残基数 n_residues1116
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.7
Rg (实空间) rg_real35.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.50
I(0) (实空间) i0_real2.6520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal265200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8460
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.5
偏度 Skewness skewness0.188
峰度 Kurtosis kurtosis-0.333
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha31820000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.676; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd2r9pa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd2r9pb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd2r9pc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd2r9pd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd2r9pe_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins
结构域编号 domain_idd2r9pf_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins
结构域编号 domain_idd2r9pg_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins
结构域编号 domain_idd2r9pi_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id2r9pA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2r9pA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2r9pB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2r9pB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2r9pC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2r9pC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2r9pD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2r9pD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2r9pE00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain
结构域编号 domain_id2r9pF00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain
结构域编号 domain_id2r9pG00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain
结构域编号 domain_id2r9pI00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)