2rdk

Five site mutated Cyanovirin-N with Mannose dimer bound

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyanovirin-N

Nostoc ellipsosporum

UniProt P81180

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 1 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 1 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CVN_NOSEL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–101; UniProt 1–101 作者链 B; PDB构建体 1–101; UniProt 1–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2rdk
沉积日期 deposition_date2007-09-24
结构标题 titleFive site mutated Cyanovirin-N with Mannose dimer bound
关键词 keywordsCyanovirin-N, sugar binding protein, anti HIV, Antiviral protein, Protein synthesis inhibitor; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rdk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rdk__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rdk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)15.21 Å
Rg(电子密度)14.18 Å
总 Rg15.15 Å
原子数783
残基数101
排除体积13705 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2rdk__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2rdk__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2rdka1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.89 — Cyanovirin-N
超家族 Superfamily superfamilyb.89.1 — Cyanovirin-N
家族 Family familyb.89.1.1 — Cyanovirin-N
结构域编号 domain_idd2rdka2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2rdkb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.89 — Cyanovirin-N
超家族 Superfamily superfamilyb.89.1 — Cyanovirin-N
家族 Family familyb.89.1.1 — Cyanovirin-N

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2rdkA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology60 — HIV-inactivating Protein, Cyanovirin-n
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyanovirin-N
结构域编号 domain_id2rdkB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology60 — HIV-inactivating Protein, Cyanovirin-n
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyanovirin-N
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7. 引用文献 (2)