2rf4

Crystal structure of the RNA Polymerase I subcomplex A14/43

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4 × 1 （P50106）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4 × 1 （P50106）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4 × 1 （P50106）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPA43_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–172； UniProt 2–172 作者链 A； PDB构建体 173–214； UniProt 210–251 作者链 C； PDB构建体 2–172； UniProt 2–172 作者链 C； PDB构建体 173–214； UniProt 210–251 作者链 E； PDB构建体 2–172； UniProt 2–172 作者链 E； PDB构建体 173–214； UniProt 210–251

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P50106

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4 × 1 （P46669）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4 × 1 （P46669）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4 × 1 （P46669）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPA14_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–52； UniProt 1–52 作者链 B； PDB构建体 53–87； UniProt 78–112 作者链 D； PDB构建体 1–52； UniProt 1–52 作者链 D； PDB构建体 53–87； UniProt 78–112 作者链 F； PDB构建体 1–52； UniProt 1–52 作者链 F； PDB构建体 53–87； UniProt 78–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rf4
沉积日期 deposition_date	2007-09-28
结构标题 title	Crystal structure of the RNA Polymerase I subcomplex A14/43
关键词 keywords	;Transferase DNA/RNA, DNA-binding, Phosphorylation, RNA Polymerase I, Pol I, PolI, RPolI, Nuclear Protein, Nucleolar Protein, Transcription, Transferase, DDRP, Rpb4/7, Ribosome biogenesis, DNA-directed RNA polymerase, Nucleus ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rf4__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rf4__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rf4__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.21 Å
Rg（电子密度）	20.41 Å
总 Rg	21.22 Å
原子数	1853
残基数	232
排除体积	33133 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2rf4__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2rf4__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2rf4__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4
分子量 formula_weight	24223.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	5530

MSQVKRANENRETARFIKKHKKQVTNPIDEKNGTSNCIVRVPIALYVSLAPMYLENPLQGVMKQHLNPLVMKYNNKVGGVVLGYEGLKILDADPLSKEDTSEKLIKITPDTPFGFTWCHVNLYVWQPQVGDVLEGYIFIQSASHIGLLIHDAFNASIKKNNIPVDWTFVHNDGNRSLGHWVDSNGEPIDGKLRFTVRNVHTTGRVVSVDGTLIS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4
分子量 formula_weight	9675.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MMKGSRRTGNNTATTLNTPVVIHATQLPQHVSTDEVLQFLESFIDEKENIIDIDTNLSSSISQLKRIQRDFKGLPPAQDFSAAPIQV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d2rf4a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.230 — Dodecin subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	d.230.1 — N-terminal, heterodimerisation domain of RBP7 (RpoE)
家族 Family family	d.230.1.2 — RNA polymerase I subunit A43, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2rf4a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d2rf4b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.98 — RNA polymerase I subunit A14-like
超家族 Superfamily superfamily	g.98.1 — RNA polymerase I subunit A14-like
家族 Family family	g.98.1.1 — RNA polymerase I subunit A14

结构域编号 domain_id	d2rf4c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.230 — Dodecin subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	d.230.1 — N-terminal, heterodimerisation domain of RBP7 (RpoE)
家族 Family family	d.230.1.2 — RNA polymerase I subunit A43, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2rf4c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d2rf4d_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.98 — RNA polymerase I subunit A14-like
超家族 Superfamily superfamily	g.98.1 — RNA polymerase I subunit A14-like
家族 Family family	g.98.1.1 — RNA polymerase I subunit A14

结构域编号 domain_id	d2rf4e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.230 — Dodecin subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	d.230.1 — N-terminal, heterodimerisation domain of RBP7 (RpoE)
家族 Family family	d.230.1.2 — RNA polymerase I subunit A43, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2rf4e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d2rf4f_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.98 — RNA polymerase I subunit A14-like
超家族 Superfamily superfamily	g.98.1 — RNA polymerase I subunit A14-like
家族 Family family	g.98.1.1 — RNA polymerase I subunit A14

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2rf4A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2rf4A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2rf4B01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3390 —

结构域编号 domain_id	2rf4C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2rf4C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2rf4D01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3390 —

结构域编号 domain_id	2rf4E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2rf4E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2rf4F01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3390 —

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晶胞边长 a length_a	229.857 Å
晶胞边长 b length_b	63.942 Å
晶胞边长 c length_c	65.395 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2524
R_free r_free	0.2854

Crystal structure of the RNA Polymerase I subcomplex A14/43

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rf4__assembly_3__model_1

2rf4__assembly_3__model_1 | I(q)

2rf4__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the RNA Polymerase I subcomplex A14/43

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rf4__assembly_3__model_1

2rf4__assembly_3__model_1 | I(q)

2rf4__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)