SAXSdb — 2rfk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA pseudouridine synthase B

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 3	guide RNA 1 × 1 guide RNA 2 × 1 target RNA × 1 Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） Small nucleolar rnp similar to gar1 × 1 （Q8U029） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRUB_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–334； UniProt 5–338

Ribosome biogenesis protein Nop10

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U1R4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 3	guide RNA 1 × 1 guide RNA 2 × 1 target RNA × 1 Probable tRNA pseudouridine synthase B × 1 （Q7LWY0） Small nucleolar rnp similar to gar1 × 1 （Q8U029） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOP10_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–53； UniProt 3–55

Small nucleolar rnp similar to gar1

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U029

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 3	guide RNA 1 × 1 guide RNA 2 × 1 target RNA × 1 Probable tRNA pseudouridine synthase B × 1 （Q7LWY0） Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U029_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rfk
沉积日期 deposition_date	2007-09-30
结构标题 title	Substrate RNA Positioning in the Archaeal H/ACA Ribonucleoprotein Complex
关键词 keywords	;PROTEIN-RNA COMPLEX, Archaeal H-ACA Ribonucleoprotein Complex, Isomerase, tRNA processing, Ribosome biogenesis, rRNA processing, Isomerase-RNA COMPLEX, Structural Genomics, Southeast Collaboratory for Structural Genomics, SECSG, PSI-2, Protein Structure Initiative ;; Isomerase/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rfk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rfk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rfk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.04 Å
Rg（电子密度）	28.30 Å
总 Rg	28.97 Å
原子数	5005
残基数	522
排除体积	85434 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2rfk__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	guide RNA 1
分子量 formula_weight	6797.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	5005

GGGCUCCGGAAACCGCGGCGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	guide RNA 2
分子量 formula_weight	8229.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GCGCUUCGCUCCCGGAGCCCACACUA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	target RNA
分子量 formula_weight	4535.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGAGCGUGCGGUUU

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Probable tRNA pseudouridine synthase B
分子量 formula_weight	37862.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.-
突变 mutation	D85A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EVRRILPADIKREVLIKDENAETNPDWGFPPEKRPIEMHIQFGVINLDKPPGPTSHEVVAWIKKILNLEKAGHGGTLAPKVSGVLPVALEKATRVVQALLPAGKEYVALMHLHGDVPEDKIIQVMKEFEGEIIQRPPLRSAVKRRLRTRKVYYIEVLEIEGRDVLFRVGVEAGTYIRSLIHHIGLALGVGAHMSELRRTRSGPFKEDETLITLHDLVDYYYFWKEDGIEEYFRKAIQPMEKAVEHLPKVWIKDSAVAAVTHGADLAVPGIAKLHAGIKRGDLVAIMTLKDELVALGKAMMTSQEMLEKTKGIAVDVEKVFMPRDWYPKLWEKRD

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein Nop10
分子量 formula_weight	6352.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

FRIRKCPKCGRYTLKEVCPVCGEKTKVAHPPRFSPEDPYGEYRRRWKREVLGI

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Small nucleolar rnp similar to gar1
分子量 formula_weight	8515.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2rfka1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2rfka2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.265 — Pseudouridine synthase
超家族 Superfamily superfamily	d.265.1 — Pseudouridine synthase
家族 Family family	d.265.1.2 — Pseudouridine synthase II TruB

结构域编号 domain_id	d2rfkb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.16 — Nop10-like SnoRNP
家族 Family family	g.41.16.1 — Nucleolar RNA-binding protein Nop10-like

结构域编号 domain_id	d2rfkc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.5 — Gar1-like SnoRNP

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2rfkA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PUA domain

结构域编号 domain_id	2rfkA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pseudouridine synthase

结构域编号 domain_id	2rfkB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10

结构域编号 domain_id	2rfkC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Probable tRNA pseudouridine synthase domain

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晶胞边长 a length_a	96.561 Å
晶胞边长 b length_b	96.561 Å
晶胞边长 c length_c	240.978 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.870 Å
最低分辨率 resolution_low	42.520 Å
R 因子 r_factor	0.2503
R_work r_work	0.2478
R_free r_free	0.3004

Substrate RNA Positioning in the Archaeal H/ACA Ribonucleoprotein Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA pseudouridine synthase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein Nop10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nucleolar rnp similar to gar1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rfk__assembly_1__model_1

2rfk__assembly_1__model_1 | I(q)

2rfk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)