2rl0

Crystal structure of the fourth and fifth fibronectin F1 modules in complex with a fragment of staphylococcus aureus fnbpa-5

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibronectin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin-binding protein × 1 （P14738） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin-binding protein × 1 （P14738） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin-binding protein × 1 （P14738） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin-binding protein × 1 （P14738） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin-binding protein × 1 （P14738） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin-binding protein × 1 （P14738） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FINC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–89； UniProt 184–272 作者链 B； PDB构建体 1–89； UniProt 184–272 作者链 D； PDB构建体 1–89； UniProt 184–272 作者链 F； PDB构建体 1–89； UniProt 184–272 作者链 I； PDB构建体 1–89； UniProt 184–272 作者链 K； PDB构建体 1–89； UniProt 184–272

Fibronectin-binding protein

物种未注明

UniProt P14738

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin × 1 （P02751） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin × 1 （P02751） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin × 1 （P02751） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin × 1 （P02751） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin × 1 （P02751） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fibronectin × 1 （P02751） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FNBA_STAA8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–18； UniProt 638–655 作者链 E； PDB构建体 1–18； UniProt 638–655 作者链 G； PDB构建体 1–18； UniProt 638–655 作者链 H； PDB构建体 1–18； UniProt 638–655 作者链 J； PDB构建体 1–18； UniProt 638–655 作者链 L； PDB构建体 1–18； UniProt 638–655

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rl0
沉积日期 deposition_date	2007-10-18
结构标题 title	Crystal structure of the fourth and fifth fibronectin F1 modules in complex with a fragment of staphylococcus aureus fnbpa-5
关键词 keywords	;FIBRONECTIN, 4F15F1, BETA ZIPPER, STAPHYLOCOCCUS AUREUS, Acute phase, Alternative splicing, Cell adhesion, Extracellular matrix, Glycoprotein, Heparin-binding, Phosphorylation, Pyrrolidone carboxylic acid, Secreted, Sulfation, Cell wall, Peptidoglycan-anchor, Virulence ;; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rl0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rl0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rl0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.64 Å
Rg（电子密度）	16.30 Å
总 Rg	17.02 Å
原子数	833
残基数	106
排除体积	14342 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2rl0__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2rl0__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2rl0__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2rl0__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2rl0__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2rl0__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fibronectin
分子量 formula_weight	10137.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,F,I,K
原子数 atom_count	5338

EKCFDHAAGTSYVVGETWEKPYQGWMMVDCTCLGEGSGRITCTSRNRCNDQDTRTSYRIGDTWSKKDNRGNLLQCICTGNGRGEWKCER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	PICHIA PASTORIS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fibronectin-binding protein
分子量 formula_weight	2014.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,C,E,H,J,L

GQVTTESNLVEFDEESTK

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	462

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2rl0a1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0a2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0b1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0b2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0d1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0d2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0f1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0f2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0i1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0i2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0k1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

结构域编号 domain_id	d2rl0k2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamily	g.27.1 — FnI-like domain
家族 Family family	g.27.1.1 — Fibronectin type I module

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2rl0A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0K01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	2rl0K02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

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晶胞边长 a length_a	85.580 Å
晶胞边长 b length_b	85.580 Å
晶胞边长 c length_c	230.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	28.160 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2660

Crystal structure of the fourth and fifth fibronectin F1 modules in complex with a fragment of staphylococcus aureus fnbpa-5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibronectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fibronectin-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rl0__assembly_1__model_1

2rl0__assembly_1__model_1 | I(q)

2rl0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the fourth and fifth fibronectin F1 modules in complex with a fragment of staphylococcus aureus fnbpa-5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibronectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fibronectin-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rl0__assembly_1__model_1

2rl0__assembly_1__model_1 | I(q)

2rl0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)