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2ro0

Solution structure of the knotted tudor domain of the yeast histone acetyltransferase, Esa1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 67.0 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase ESA1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08649

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–89 片段：Residues 1-89 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；295 K；压力 AMBIENT NMR样品组成：0.35mM CHROMODOMAIN [U-99% 13C; U-99% 15N], 200mM potassium phosphate, 5mM D-DTT, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.35mM CHROMODOMAIN [U-99% 13C; U-99% 15N], 200mM potassium phosphate, 5mM D-DTT, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 2RO0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FY7 CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN COMPLEXED WITH COENZYME A 提交 2000-09-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：ACETYLTRANSFERASE DOMAIN
未记录 NA SODIUM ION × 1 COA COENZYME A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；amonium phosphate, cacodylate,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1FY7 CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN COMPLEXED WITH COENZYME A 提交 2000-09-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：ACETYLTRANSFERASE DOMAIN
未记录 NA SODIUM ION × 3 COA COENZYME A × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；amonium phosphate, cacodylate,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1FY7 CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN COMPLEXED WITH COENZYME A 提交 2000-09-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 160–435（276 aa） 片段：ACETYLTRANSFERASE DOMAIN
未记录 NA SODIUM ION × 6 COA COENZYME A × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；amonium phosphate, cacodylate,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1MJ9 Crystal structure of yeast Esa1(C304S) mutant complexed with Coenzyme A 提交 2002-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN (Residues 160-445)
突变：C304S NA SODIUM ION × 1 COA COENZYME A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.255
1MJ9 Crystal structure of yeast Esa1(C304S) mutant complexed with Coenzyme A 提交 2002-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN (Residues 160-445)
突变：C304S NA SODIUM ION × 3 COA COENZYME A × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.255
1MJ9 Crystal structure of yeast Esa1(C304S) mutant complexed with Coenzyme A 提交 2002-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 160–435（276 aa） 片段：HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN (Residues 160-445)
突变：C304S NA SODIUM ION × 6 COA COENZYME A × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.255
1MJA Crystal structure of yeast Esa1 histone acetyltransferase domain complexed with acetyl coenzyme A 提交 2002-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：Histone acetyltransferase domain (Residues 160-445)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） COA COENZYME A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.26 Å R-free 0.224
1MJA Crystal structure of yeast Esa1 histone acetyltransferase domain complexed with acetyl coenzyme A 提交 2002-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：Histone acetyltransferase domain (Residues 160-445)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） COA COENZYME A × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.26 Å R-free 0.224
1MJA Crystal structure of yeast Esa1 histone acetyltransferase domain complexed with acetyl coenzyme A 提交 2002-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 160–435（276 aa） 片段：Histone acetyltransferase domain (Residues 160-445)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） COA COENZYME A × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.26 Å R-free 0.224
1MJB Crystal structure of yeast Esa1 histone acetyltransferase E338Q mutant complexed with acetyl coenzyme A 提交 2002-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：Histone acetyltransferase domain (Residues 160-445)
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACO ACETYL COENZYME *A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
1MJB Crystal structure of yeast Esa1 histone acetyltransferase E338Q mutant complexed with acetyl coenzyme A 提交 2002-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：Histone acetyltransferase domain (Residues 160-445)
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACO ACETYL COENZYME *A × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
1MJB Crystal structure of yeast Esa1 histone acetyltransferase E338Q mutant complexed with acetyl coenzyme A 提交 2002-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 160–435（276 aa） 片段：Histone acetyltransferase domain (Residues 160-445)
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACO ACETYL COENZYME *A × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
2RNZ Solution structure of the presumed chromodomain of the yeast histone acetyltransferase, Esa1 提交 2008-03-01 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 17–89（73 aa） 片段：Residues 17-89
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；295 K；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.1mM CHROMODOMAIN [U-99% 13C; U-99% 15N], 200mM potassium phosphate, 5mM D-DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.1mM CHROMODOMAIN [U-99% 13C; U-99% 15N], 200mM potassium phosphate, 5mM D-DTT, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3TO6 Crystal structure of yeast Esa1 HAT domain complexed with H4K16CoA bisubstrate inhibitor 提交 2011-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 160–435（276 aa） 片段：UNP residues 160-435
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.10 Å R-free 0.232
3TO7 Crystal structure of yeast Esa1 HAT domain bound to coenzyme A with active site lysine acetylated 提交 2011-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：UNP residues 160-435
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） COA COENZYME A × 1 CAD CACODYLIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3TO7 Crystal structure of yeast Esa1 HAT domain bound to coenzyme A with active site lysine acetylated 提交 2011-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：UNP residues 160-435
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） COA COENZYME A × 3 CAD CACODYLIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3TO9 Crystal structure of yeast Esa1 E338Q HAT domain bound to coenzyme A with active site lysine acetylated 提交 2011-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：UNP residues 160-435
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） COA COENZYME A × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 2 CAD CACODYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
3TO9 Crystal structure of yeast Esa1 E338Q HAT domain bound to coenzyme A with active site lysine acetylated 提交 2011-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 160–435（276 aa） 片段：UNP residues 160-435
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） COA COENZYME A × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 SO4 SULFATE ION × 6 CAD CACODYLIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5J9Q Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
分辨率 3.25 Å R-free 0.273
5J9Q Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
分辨率 3.25 Å R-free 0.273
5J9Q Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 I 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
分辨率 3.25 Å R-free 0.273
5J9T Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM HEPES (pH 7.5), 6% 1,6-Hexanediol, 7% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 10mM DTT.
分辨率 2.70 Å R-free 0.219
5J9T Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM HEPES (pH 7.5), 6% 1,6-Hexanediol, 7% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 10mM DTT.
分辨率 2.70 Å R-free 0.219
5J9T Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM HEPES (pH 7.5), 6% 1,6-Hexanediol, 7% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 10mM DTT.
分辨率 2.70 Å R-free 0.219
5J9U Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；298 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
分辨率 2.95 Å R-free 0.246
5J9U Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；298 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
分辨率 2.95 Å R-free 0.246
5J9U Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；298 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
分辨率 2.95 Å R-free 0.246
5J9W Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACO ACETYL COENZYME *A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 9% PEG 20000, 8% glycerol, 7% 2-Propanol, 10% 1,6-Hexanediol, 10 mM DTT
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
5J9W Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 9% PEG 20000, 8% glycerol, 7% 2-Propanol, 10% 1,6-Hexanediol, 10 mM DTT
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
5J9W Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 141–445（305 aa） 片段：UNP residues 141-445
突变：E338Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACO ACETYL COENZYME *A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 9% PEG 20000, 8% glycerol, 7% 2-Propanol, 10% 1,6-Hexanediol, 10 mM DTT
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 8.80 Å

共 13 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ESA1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–92； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ro0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ro0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ro0
沉积日期 deposition_date2008-03-01
结构标题 titleSolution structure of the knotted tudor domain of the yeast histone acetyltransferase, Esa1
关键词 keywords;Esa1, HAT, chromodomain, tudor domain, RNA binding, Activator, Chromatin regulator, Transcription, Transcription regulation, Transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.66 Å
零角强度 I(0) i0656451000.00
分子量 molecular_weight215080.0 kDa
排除体积 excluded_volume268770 ų
包络体积 envelope_volume46566 ų
水化壳体积 shell_volume17739 ų
包络直径 envelope_diameter71.7 Å
壳层 Rg shell_rg29.10 Å
包络 Rg envelope_rg25.31 Å
形状 Rg shape_rg16.64 Å
总 Rg total_rg17.03 Å
总原子数 total_atoms30160
残基数 n_residues1840
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.0 Å
Rg (实空间) rg_real17.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real6.5650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.4280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal656400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7087
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.1 Å
偏度 Skewness skewness0.659
峰度 Kurtosis kurtosis-0.134
角度范围 angular_range— – 0.4500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha399100.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.340; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.198; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)