SAXSdb — 2v1n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN KIN HOMOLOG

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 51–160	片段：RESIDUES 51-160	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50MM PHOSPHATE , 150MM NACL NMR测量条件：pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50MM PHOSPHATE , 150MM NACL NMR样品组成：90%WATER / 10%D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2V1N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CKK High resolution crystal structure of the human kin17 C-terminal domain containing a kow motif 提交 2006-04-20	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–393（126 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 268-393	未记录	IOD IODIDE ION × 12 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；290 K；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP 10% ETHYLENE GLYCOL, 27% PEG 6000, 500 MM LICL, 100 MM SODIUM ACETATE PH 6.3 290 K	分辨率 1.45 Å R-free 0.175
7ABH Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion) 提交 2020-09-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 7 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7ABI Human pre-Bact-2 spliceosome 提交 2020-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 7 1–393（393 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.00 Å
8I0P The cryo-EM structure of human pre-Bact complex 提交 2023-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric	链 K 1–393（393 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9COJ SH3-like tandem domain of human KIN protein 提交 2024-07-16	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–393（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298.4 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaPi, 100 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] SH3-like tandem domain of human KIN protein, 0.5 mM PMSF, 3 mM EDTA, 0.02 % v/v sodium azide, 0.33 mM 98% 2H DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O60870_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–111； UniProt 51–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2v1n
沉积日期 deposition_date	2007-05-27
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF THE REGION 51-160 OF HUMAN KIN17 REVEALS A WINGED HELIX FOLD
关键词 keywords	KIN17, NUCLEAR PROTEIN, WINGED HELIX MOTIF; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.76 Å
零角强度 I(0) i0	393601000.00
分子量 molecular_weight	163770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	203870 Å³
包络体积 envelope_volume	48170 Å³
水化壳体积 shell_volume	19384 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.84 Å
包络 Rg envelope_rg	23.07 Å
形状 Rg shape_rg	15.69 Å
总 Rg total_rg	16.43 Å
总原子数 total_atoms	22848
残基数 n_residues	1332
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	42.8 Å
Rg (实空间) rg_real	14.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	393600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6822
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	18.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.287
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.271
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.8880
最高正则化参数 α highest_alpha	369200.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.009; Oscil: 0.974; Stabil: 0.983; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2v1nA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 — DNA/RNA-binding protein Kin17, conserved domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	PROTEIN KIN HOMOLOG
分子量 formula_weight	13686.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	22848

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

SOLUTION STRUCTURE OF THE REGION 51-160 OF HUMAN KIN17 REVEALS A WINGED HELIX FOLD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN KIN HOMOLOG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/v1/2v1n/2v1n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v1/2v1n/2v1n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v1/2v1n/2v1n.dat