2vdc

THE 9.5 A RESOLUTION STRUCTURE OF GLUTAMATE SYNTHASE FROM CRYO-ELECTRON MICROSCOPY AND ITS OLIGOMERIZATION BEHAVIOR IN SOLUTION: FUNCTIONAL IMPLICATIONS.

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN

AZOSPIRILLUM BRASILENSE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] SMALL CHAIN × 6 （Q05756） S-DIOXYMETHIONINE × 6 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 6 2-OXOGLUTARIC ACID × 6 FE3-S4 CLUSTER × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 12 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLTB_AZOBR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1472； UniProt 37–1508 作者链 B； PDB构建体 1–1472； UniProt 37–1508 作者链 C； PDB构建体 1–1472； UniProt 37–1508 作者链 D； PDB构建体 1–1472； UniProt 37–1508 作者链 E； PDB构建体 1–1472； UniProt 37–1508 作者链 F； PDB构建体 1–1472； UniProt 37–1508

GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] SMALL CHAIN

AZOSPIRILLUM BRASILENSE

UniProt Q05756

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN × 6 （Q05755） S-DIOXYMETHIONINE × 6 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 6 2-OXOGLUTARIC ACID × 6 FE3-S4 CLUSTER × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 12 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLTD_AZOBR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–456； UniProt 27–482 作者链 H； PDB构建体 1–456； UniProt 27–482 作者链 I； PDB构建体 1–456； UniProt 27–482 作者链 J； PDB构建体 1–456； UniProt 27–482 作者链 K； PDB构建体 1–456； UniProt 27–482 作者链 L； PDB构建体 1–456； UniProt 27–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vdc
沉积日期 deposition_date	2007-10-04
结构标题 title	THE 9.5 A RESOLUTION STRUCTURE OF GLUTAMATE SYNTHASE FROM CRYO-ELECTRON MICROSCOPY AND ITS OLIGOMERIZATION BEHAVIOR IN SOLUTION: FUNCTIONAL IMPLICATIONS.
关键词 keywords	;OXIDOREDUCTASE, AMIDOTRANSFERASE, AMMONIA ASSIMILATION, NADP, IRON, ZYMOGEN, NADPH-DEPENDENT GLUTAMATE SYNTHASE, IRON SULPHUR FLAVOPROTEIN, GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE, GLUTAMATE BIOSYNTHESIS, AMINO-ACID BIOSYNTHESIS ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vdc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vdc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vdc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	74.35 Å
Rg（电子密度）	73.64 Å
总 Rg	73.71 Å
原子数	89598
残基数	11568
排除体积	1587700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vdc__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN
分子量 formula_weight	161615.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.1.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	89598

CGVGFIAAIDGKPRRSVVEKGIEALKAVWHRGAVDADGKTGDGAGIHVAVPQKFFKDHVKVIGHRAPDNKLAVGQVFLPRISLDAQEACRCIVETEILAFGYYIYGWRQVPINVDIIGEKANATRPEIEQIIVGNNKGVSDEQFELDLYIIRRRIEKAVKGEQINDFYICSLSARSIIYKGMFLAEQLTTFYPDLLDERFESDFAIYHQRYSTNTFPTWPLAQPFRMLAHNGEINTVKGNVNWMKAHETRMEHPAFGTHMQDLKPVIGVGLSDSGSLDTVFEVMVRAGRTAPMVKMMLVPQALTSSQTTPDNHKALIQYCNSVMEPWDGPAALAMTDGRWVVGGMDRNGLRPMRYTITTDGLIIGGSETGMVKIDETQVIEKGRLGPGEMIAVDLQSGKLYRDRELKDHLATLKPWDKWVQNTTHLDELVKTASLKGEPSDMDKAELRRRQQAFGLTMEDMELILHPMVEDGKEAIGSMGDDSPIAVLSDKYRGLHHFFRQNFSQVTNPPIDSLRERRVMSLKTRLGNLGNILDEDETQTRLLQLESPVLTTAEFRAMRDYMGDTAAEIDATFPVDGGPEALRDALRRIRQETEDAVRGGATHVILTDEAMGPARAAIPAILATGAVHTHLIRSNLRTFTSLNVRTAEGLDTHYFAVLIGVGATTVNAYLAQEAIAERHRRGLFGSMPLEKGMANYKKAIDDGLLKIMSKMGISVISSYRGGGNFEAIGLSRALVAEHFPAMVSRISGIGLNGIQKKVLEQHATAYNEEVVALPVGGFYRFRKSGDRHGWEGGVIHTLQQAVTNDSYTTFKKYSEQVNKRPPMQLRDLLELRSTKAPVPVDEVESITAIRKRFITPGMSMGALSPEAHGTLNVAMNRIGAKSDSGEGGEDPARFRPDKNGDNWNSAIKQVASGRFGVTAEYLNQCRELEIKVAQGAKPGEGGQLPGFKVTEMIARLRHSTPGVMLISPPPHHDIYSIEDLAQLIYDLKQINPDAKVTVKLVSRSGIGTIAAGVAKANADIILISGNSGGTGASPQTSIKFAGLPWEMGLSEVHQVLTLNRLRHRVRLRTDGGLKTGRDIVIAAMLGAEEFGIGTASLIAMGCIMVRQCHSNTCPVGVCVQDDKLRQKFVGTPEKVVNLFTFLAEEVREILAGLGFRSLNEVIGRTDLLHQVSRGAEHLDDLDLNPRLAQVDPGENARYCTLQGRNEVPDTLDARIVADARPLFEEGEKMQLAYNARNTQRAIGTRLSSMVTRKFGMFGLQPGHITIRLRGTAGQSLGAFAVQGIKLEVMGDANDYVGKGLSGGTIVVRPTTSSPLETNKNTIIGNTVLYGATAGKLFAAGQAGERFAVRNSGATVVVEGCGSNGCEYMTGGTAVILGRVGDNFAAGMTGGMAYVYDLDDSLPLYINDESVIFQRIEVGHYESQLKHLIEEHVTETQSRFAAEILNDWAREVTKFWQVVPKEMLNRLEVPVHL

来源 Source

来源生物 organism	AZOSPIRILLUM BRASILENSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	192
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] SMALL CHAIN
分子量 formula_weight	49367.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.1.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

QDFAEIYARFSDERANEQANRCSQCGVPFCQVHCPVSNNIPDWLKLTSEGRLEEAYEVSQATNNFPEICGRICPQDRLCEGNCVIEQSTHGAVTIGSVEKYINDTAWDQGWVKPRTPSRELGLSVGVIGAGPAGLAAAEELRAKGYEVHVYDRYDRMGGLLVYGIPGFKLEKSVVERRVKLLADAGVIYHPNFEVGRDASLPELRRKHVAVLVATGVYKARDIKAPGSGLGNIVAALDYLTTSNKVSLGDTVEAYENGSLNAAGKHVVVLGGGDTAMDCVRTAIRQGATSVKCLYRRDRKNMPGSQREVAHAEEEGVEFIWQAAPEGFTGDTVVTGVRAVRIHLGVADATGRQTPQVIEGSEFTVQADLVIKALGFEPEDLPNAFDEPELKVTRWGTLLVDHRTKMTNMDGVFAAGDIVRGASLVVWAIRDGRDAAEGIHAYAKAKAEAPVAVAAE

来源 Source

来源生物 organism	AZOSPIRILLUM BRASILENSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	192
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-DIOXYMETHIONINE
分子量 formula_weight	181.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d2vdca1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.4 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain
家族 Family family	b.80.4.1 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2vdca2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vdca3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

结构域编号 domain_id	d2vdcb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.4 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain
家族 Family family	b.80.4.1 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2vdcb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vdcb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

结构域编号 domain_id	d2vdcc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.4 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain
家族 Family family	b.80.4.1 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2vdcc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vdcc3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

结构域编号 domain_id	d2vdcd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.4 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain
家族 Family family	b.80.4.1 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2vdcd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vdcd3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

结构域编号 domain_id	d2vdce1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.4 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain
家族 Family family	b.80.4.1 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2vdce2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vdce3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

结构域编号 domain_id	d2vdcf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.4 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain
家族 Family family	b.80.4.1 — Alpha subunit of glutamate synthase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2vdcf2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vdcf3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	9.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	;RANDOM CONICAL TILT SERIES (CRYOEM) AND REFINEMENT BY PROJECTION MATCHING AND CTF CORRECTION USING WIENER FILTERING OF VOLUMES FROM FOCAL SERIES ;
颗粒数 num_particles	12800

THE 9.5 A RESOLUTION STRUCTURE OF GLUTAMATE SYNTHASE FROM CRYO-ELECTRON MICROSCOPY AND ITS OLIGOMERIZATION BEHAVIOR IN SOLUTION: FUNCTIONAL IMPLICATIONS.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] SMALL CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vdc__assembly_1__model_1

2vdc__assembly_1__model_1 | I(q)

2vdc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

THE 9.5 A RESOLUTION STRUCTURE OF GLUTAMATE SYNTHASE FROM CRYO-ELECTRON MICROSCOPY AND ITS OLIGOMERIZATION BEHAVIOR IN SOLUTION: FUNCTIONAL IMPLICATIONS.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] SMALL CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vdc__assembly_1__model_1

2vdc__assembly_1__model_1 | I(q)

2vdc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

7. 引用文献 (1)