SAXSdb — 2vpg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PYGOPUS HOMOLOG 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN × 1 （O00512） HISTONE H3 TAIL × 1 GLYCEROL × 1 ZINC ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN × 1 （O00512） HISTONE H3 TAIL × 1 ZINC ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYGO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–63； UniProt 340–398 作者链 C； PDB构建体 5–63； UniProt 340–398

B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN

HOMO SAPIENS

UniProt O00512

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PYGOPUS HOMOLOG 1 × 1 （Q9Y3Y4） HISTONE H3 TAIL × 1 GLYCEROL × 1 ZINC ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PYGOPUS HOMOLOG 1 × 1 （Q9Y3Y4） HISTONE H3 TAIL × 1 ZINC ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BCL9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–32； UniProt 177–205 作者链 D； PDB构建体 4–32； UniProt 177–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vpg
沉积日期 deposition_date	2008-02-27
结构标题 title	Decoding of methylated histone H3 tail by the Pygo-BCL9 Wnt signaling complex
关键词 keywords	;GENE REGULATION, WNT SIGNALING PATHWAY, WNT SIGNALING COMPLEX, CHROMOSOMAL REARRANGEMENT, SIGNALING PROTEIN, BCL9 HD1 DOMAIN, HPYGO1 PHD DOMAIN, PROTO-ONCOGENE, PHOSPHOPROTEIN, HISTONE H3K4ME2, ZINC, NUCLEUS, ZINC-FINGER, METAL-BINDING ;; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vpg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vpg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.35 Å
Rg（电子密度）	13.41 Å
总 Rg	14.67 Å
原子数	742
残基数	96
排除体积	13248 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vpg__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vpg__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PYGOPUS HOMOLOG 1
分子量 formula_weight	6759.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	1759

GAMAVYPCGICTNEVNDDQDAILCEASCQKWFHRICTGMTETAYGLLTAEASAVWGCDTCMAD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
分子量 formula_weight	3445.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GAMVYVFSTEMANKAAEAVLKGQVETIVSFHI

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HISTONE H3 TAIL
分子量 formula_weight	2003.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,R

ARTKQTARKSTGGKAPRK

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	259

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2vpgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	2vpgC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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晶胞边长 a length_a	105.750 Å
晶胞边长 b length_b	105.750 Å
晶胞边长 c length_c	51.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	74.740 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2180

Decoding of methylated histone H3 tail by the Pygo-BCL9 Wnt signaling complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PYGOPUS HOMOLOG 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vpg__assembly_1__model_1

2vpg__assembly_1__model_1 | I(q)

2vpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Decoding of methylated histone H3 tail by the Pygo-BCL9 Wnt signaling complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PYGOPUS HOMOLOG 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vpg__assembly_1__model_1

2vpg__assembly_1__model_1 | I(q)

2vpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)