SAXSdb — 2w2d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BOTULINUM NEUROTOXIN A LIGHT CHAIN

CLOSTRIDIUM BOTULINUM

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–442 链 B； UniProt 447–877	片段：RESIDUES 1-442 片段：RESIDUES 447-877	SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；PROTEIN: 0.05 M HEPES PH 7.2 AND 0.2 M NACL MOTHER LIQUOR: 15% SUCROSE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE.	分辨率 2.59 Å R-free 0.253
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–442 链 D； UniProt 447–877	片段：RESIDUES 1-442 片段：RESIDUES 447-877	SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；PROTEIN: 0.05 M HEPES PH 7.2 AND 0.2 M NACL MOTHER LIQUOR: 15% SUCROSE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE.	分辨率 2.59 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2W2D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BWI Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with an acetate ion bound at the active site 提交 2008-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；15% PEG 3350, 0.3M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris , pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.240
3C88 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with inhibitory peptide RRGC 提交 2008-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.217
3C89 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with inhibitory peptide RRGM 提交 2008-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：RESIDUES 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；15% PEG 3350, 0.3M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.208
3C8A Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with inhibitory peptide RRGL 提交 2008-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：RESIDUES 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；18% PEG 3350, 0.3M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.52 Å R-free 0.207
3C8B Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with inhibitory peptide RRGI 提交 2008-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：RESIDUES 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；17% PEG 3350, 0.25M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.90, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.47 Å R-free 0.216
3DDA Crystal structure of the catalytic domain of Botulinum neurotoxin serotype a with a snap-25 peptide 提交 2008-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG8000, 0.2M Ammoium Sulfate, 0.1M Sodium Cacodylate, 5% Ethylene Glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
3DDB Crystal structure of the catalytic domain of Botulinum neurotoxin serotype a with a substrate analog peptide 提交 2008-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG8000, 0.2M Ammoium Sulfate, 0.1M Sodium Cacodylate, 5% Ethylene Glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.218
3DS9 A potent peptidomimetic inhibitor of botulinum neurotoxin serotype A has a very different conformation than SNAP-25 substrate 提交 2008-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–417（417 aa）片段：light chain	突变：residues 2-420	ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.1X PEG MME 2000, 5 mM NiCl2, and 100 mM HEPES pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.76 Å R-free 0.248
3DSE A potent peptidomimetic inhibitor of botulinum neurotoxin serotype A has a very different conformation than SNAP-25 substrate 提交 2008-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）片段：light chain	突变：residues 2-420	ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.1X PEG MME 2000, 5 mM NiCl2, and 100 mM HEPES pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.243
3K3Q Crystal Structure of a Llama Antibody complexed with the C. Botulinum Neurotoxin Serotype A Catalytic Domain 提交 2009-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 3–250（248 aa）片段：N-terminal fragment of BoNT catalytic domain (residues 3-250) 链 C 251–425（175 aa）片段：C-terminal fragment of BoNT catalytic domain (residues 251-425)	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；25% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.256
3K3Q Crystal Structure of a Llama Antibody complexed with the C. Botulinum Neurotoxin Serotype A Catalytic Domain 提交 2009-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 3–250（248 aa）片段：N-terminal fragment of BoNT catalytic domain (residues 3-250) 链 C 251–425（175 aa）片段：C-terminal fragment of BoNT catalytic domain (residues 251-425)	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；25% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.256
3QIX Crystal Structure of BoNT/A LC with Zinc bound 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG6000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
3QIX Crystal Structure of BoNT/A LC with Zinc bound 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG6000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
3QIY Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based Inhibitor PT-1 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 QI1 4-[bis(4-chlorobenzyl)amino]-N-hydroxybutanamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；13% PEG6000, 100 mM MES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
3QIZ Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based Inhibitor PT-2 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 QI2 (2S,4R)-2-(2-{[3-(4-fluoro-3-methylphenyl)propyl](methyl)amino}ethyl)-4-(4-fluorophenyl)-N-hydroxy-4-methoxybutanamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG6000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
3QJ0 Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based Inhibitor PT-3 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 QI3 (4R)-4-(4-chlorophenoxy)-1-[(4-chlorophenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-L-prolinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG6000, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
3QW5 Crystal structure of the protease domain of Botulinum Neurotoxin Serotype A with a peptide inhibitor RRGF 提交 2011-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：light chain (UNP residues 1-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；25% PEG3350, 0.3 M ammonium sulfate, pH 6.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
3QW6 Crystal structure of the protease domain of Botulinum Neurotoxin Serotype A with a peptide inhibitor RYGC 提交 2011-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：light chain (UNP residues 1-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；22% PEG3350, 0.3 M ammonium sulfate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
3QW7 Crystal structure of the protease domain of Botulinum Neurotoxin Serotype A with a peptide inhibitor RRFC 提交 2011-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：light chain (UNP residues 1-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；22% PEG3350, 0.3 M ammonium sulfate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.209
3QW8 Crystal structure of the protease domain of Botulinum Neurotoxin Serotype A with a peptide inhibitor CRGC 提交 2011-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：light chain (UNP residues 1-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；22% PEG3350, 0.3 M ammonium sulfate, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.217
4KS6 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134S mutant with covalent inhibitor that modifies Cys-165 causing disorder in 166-174 stretch 提交 2013-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）片段：Catalytic domain residues 1-425	突变：C134S	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；protein complex - 6 microL LCA C134S at 145 microM + 1.4 microL KG23 at 1.25 milli-M, Reservoir - 17.5% PEG 600, 0.065 M HEPES pH 7.5. Cryoprotectant - CryoProtX CM1, 10% PEG 20K, 100 milliM CHC (citric acid, HEPES, CHES - 40% pH 4 / 60% pH 10), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.93 Å R-free 0.252
4KTX Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134S mutant with covalent inhibitor that modifies Cys-165 causing disorder in 167-174 stretch 提交 2013-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）片段：Catalytic domain residues 1-425	突变：C134S	ZN ZINC ION × 1 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293 K；Protein - preformed complex LCA_C134S-KG13 at 10 mg/mL, Reservoir - 4% PEG 4000, 0.1 M imidazole malate, Cryoprotectant 40% CryoProtX CM3, 18% MPEG 2K, 0.1 M PCTP (Na propionate, Na cacodylate, Bis-Tris-propane) (50% pH 4 / 50% pH 9.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.59 Å R-free 0.298
4KUF Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134 mutant with MTSEA modified Cys-165 causing stretch disorder 提交 2013-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：Catalytic domain residues 1-425	突变：C134S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；LCA-C134S-MTSEA at 3 mg/ml in 0.010 M Tris-HCl, pH 7.9, 0.050 M Li2SO4, DROPS - 3+3 micro-l, RESERVOIR - 42% MPEG-550, 0.1 M Li2SO4, 0.2 M imidazole malate, pH 5.5, CRYOSOLUTION - 18% MPEG2K, 22% MPD, 10% DMSO, 0.050 M bicine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.231
5L21 Crystal structure of BoNT/A receptor binding domain in complex with VHH C2 提交 2016-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 872–1296（425 aa）	突变：T1158A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；18% polyethylene glycol 6,000; 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0	分辨率 1.68 Å R-free 0.205

共 22 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BXA1_CLOBH
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–446； UniProt 1–442 作者链 C； PDB构建体 5–446； UniProt 1–442 作者链 B； PDB构建体 1–431； UniProt 447–877 作者链 D； PDB构建体 1–431； UniProt 447–877

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2w2d
沉积日期 deposition_date	2008-10-29
结构标题 title	Crystal Structure of a Catalytically Active, Non-toxic Endopeptidase Derivative of Clostridium botulinum Toxin A
关键词 keywords	;METALLOPROTEASE, MEMBRANE DOMAIN, PROTEIN ENGINEERING, NEUROTOXIN, METAL-BINDING, TRANSMEMBRANE, PHARMACEUTICAL, HYDROLASE, ZINC PROTEASE, MIXED ALPHA AND BETA, BONT, MEMBRANE, SECRETED, PROTEASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.54 Å
零角强度 I(0) i0	549297000.00
分子量 molecular_weight	196370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	247690 Å³
包络体积 envelope_volume	316210 Å³
水化壳体积 shell_volume	68567 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.4 Å
壳层 Rg shell_rg	45.24 Å
包络 Rg envelope_rg	36.42 Å
形状 Rg shape_rg	36.52 Å
总 Rg total_rg	37.15 Å
总原子数 total_atoms	13852
残基数 n_residues	1705
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.5 Å
Rg (实空间) rg_real	37.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	549400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8905
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.113
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	109500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.852

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BOTULINUM NEUROTOXIN A LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	51510.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	14160

EFGSMEFVNKQFNYKDPVNGVDIAYIKIPNAGQMQPVKAFKIHNKIWVIPERDTFTNPEEGDLNPPPEAKQVPVSYYDSTYLSTDNEKDNYLKGVTKLFERIYSTDLGRMLLTSIVRGIPFWGGSTIDTELKVIDTNCINVIQPDGSYRSEELNLVIIGPSADIIQFECKSFGHEVLNLTRNGYGSTQYIRFSPDFTFGFEESLEVDTNPLLGAGKFATDPAVTLAHELIHAGHRLYGIAINPNRVFKVNTNAYYEMSGLEVSFEELRTFGGHDAKFIDSLQENEFRLYYYNKFKDIASTLNKAKSIVGTTASLQYMKNVFKEKYLLSEDTSGKFSVDKLKFDKLYKMLTEIYTEDNFVKFFKVLNRKTYLNFDKAVFKINIVPKVNYTIYDGFNLRNTNLAANFNGQNTEINNMNFTKLKNFTGLFEFYKLLCVDGIITSKTKSLIEGR

来源 Source

来源生物 organism	CLOSTRIDIUM BOTULINUM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1491
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BOTULINUM NEUROTOXIN A HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	49544.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

NKALNLQCIKVNNWDLFFSPSEDNFTNDLNKGEEITSDTNIEAAEENISLDLIQQYYLTFNFDNEPENISIENLSSDIIGQLELMPNIERFPNGKKYELDKYTMFHYLRAQEFEHGKSRIALTNSVNEALLNPSRVYTFFSSDYVKKVNKATEAAMFLGWVEQLVYDFTDETSEVSTTDKIADITIIIPYIGPALNIGNMLYKDDFVGALIFSGAVILLEFIPEIAIPVLGTFALVSYIANKVLTVQTIDNALSKRNEKWDEVYKYIVTNWLAKVNTQIDLIRKKMKEALENQAEATKAIINYQYNQYTEEEKNNINFNIDDLSSKLNESINKAMININKFLNQCSVSYLMNSMIPYGVKRLEDFDASLKDALLKYIYDNRGTLIGQVDRLKDKVNNTLSTDIPFQLSKYVDNQRLLSTFTEYIKNIINTS

来源 Source

来源生物 organism	CLOSTRIDIUM BOTULINUM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1491
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	308

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2w2db1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2w2db2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.2 — Clostridium neurotoxins, 'coiled-coil' domain
家族 Family family	h.4.2.1 — Clostridium neurotoxins, 'coiled-coil' domain

结构域编号 domain_id	d2w2db3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2w2dd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2w2dd2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.2 — Clostridium neurotoxins, 'coiled-coil' domain
家族 Family family	h.4.2.1 — Clostridium neurotoxins, 'coiled-coil' domain

结构域编号 domain_id	d2w2dd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2w2dA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like

结构域编号 domain_id	2w2dB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1120 — Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain

结构域编号 domain_id	2w2dC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like

结构域编号 domain_id	2w2dD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1120 — Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	78.365 Å
晶胞边长 b length_b	156.909 Å
晶胞边长 c length_c	211.651 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	49.110 Å
R 因子 r_factor	0.2120
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/w2/2w2d/2w2d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w2/2w2d/2w2d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w2/2w2d/2w2d.dat

Crystal Structure of a Catalytically Active, Non-toxic Endopeptidase Derivative of Clostridium botulinum Toxin A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BOTULINUM NEUROTOXIN A LIGHT CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)