2wnc

Crystal structure of Aplysia ACHBP in complex with tropisetron

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble acetylcholine receptor

Aplysia californica

UniProt Q8WSF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–236 链 B; UniProt 18–236 链 C; UniProt 18–236 链 D; UniProt 18–236 链 E; UniProt 18–236 片段:RESIDUES 18-236 TKT (3-ENDO)-8-METHYL-8-AZABICYCLO[3.2.1]OCT-3-YL 1H-INDOLE-3-CARBOXYLATE × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:22% PEG4000, 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.2 M LI2SO4 分辨率 2.20 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 85 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8WSF8_APLCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 9–227; UniProt 18–236 作者链 B; PDB构建体 9–227; UniProt 18–236 作者链 C; PDB构建体 9–227; UniProt 18–236 作者链 D; PDB构建体 9–227; UniProt 18–236 作者链 E; PDB构建体 9–227; UniProt 18–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wnc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wnc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wnc
沉积日期 deposition_date2009-07-08
结构标题 titleCrystal structure of Aplysia ACHBP in complex with tropisetron
关键词 keywordsCHOLINE-BINDING PROTEIN, RECEPTOR, ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN; RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.40
零角强度 I(0) i0241591000.00
分子量 molecular_weight122070.0 kDa
排除体积 excluded_volume151930 ų
包络体积 envelope_volume196960 ų
水化壳体积 shell_volume51049 ų
包络直径 envelope_diameter94.0
壳层 Rg shell_rg39.89
包络 Rg envelope_rg29.73
形状 Rg shape_rg30.39
总 Rg total_rg31.27
总原子数 total_atoms8596
残基数 n_residues1066
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.3
Rg (实空间) rg_real31.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real2.4160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal241600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9081
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.2
偏度 Skewness skewness-0.107
峰度 Kurtosis kurtosis-0.593
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha63020000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.966

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd2wnca1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wnca2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wncb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wncb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wncc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wncc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wncd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wncd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wnce1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wnce2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id2wncA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wncB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wncC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wncD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wncE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)