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2wvi

Crystal Structure of the N-terminal Domain of BubR1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MITOTIC CHECKPOINT SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE BUB1 BETA

HOMO SAPIENS

UniProt O60566

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 57–220 片段：N-TERMINAL TPR DOMAIN, RESIDUES 57-220 PR PRASEODYMIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；22.5% (W/V) PEG 8000, 0.17 M TRIS PH 8.0, 0.01 M PRASEODYMIUM(III) ACETATE 分辨率 1.80 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2WVI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3SI5 Kinetochore-BUBR1 kinase complex 提交 2011-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 67–230（164 aa） 片段：UNP residues 67-220
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；15% PEG 6000, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
3SI5 Kinetochore-BUBR1 kinase complex 提交 2011-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 67–230（164 aa） 片段：UNP residues 67-220
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；15% PEG 6000, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
4GGD Structural analysis of human Cdc20 supports multisite degron recognition by APC/C. 提交 2012-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 20–42（23 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 sitting-drop vapor diffusion；pH 9.3；293 K；50 mM CAPSO, 5% (w/v) PEG 6000, and 15.5 % MPD, pH 9.3, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.44 Å R-free 0.201
4GGD Structural analysis of human Cdc20 supports multisite degron recognition by APC/C. 提交 2012-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 20–42（23 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 sitting-drop vapor diffusion；pH 9.3；293 K；50 mM CAPSO, 5% (w/v) PEG 6000, and 15.5 % MPD, pH 9.3, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.44 Å R-free 0.201
5JJA Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex 提交 2016-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 661–734（74 aa）
突变：S670D, S676D, T680D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.204
5JJA Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex 提交 2016-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 661–734（74 aa）
突变：S670D, S676D, T680D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.204
5KHU Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC15 deletion mutant), in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-CDC20-MCC) based on cryo EM data at 4.8 Angstrom resolution 提交 2016-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 Q 1–1050（1050 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
5LCW Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 4.2 angstrom resolution 提交 2016-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 S 1–310（310 aa）
链 S 529–560（32 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6TLJ Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 3.8 angstrom resolution 提交 2019-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 S 1–1050（1050 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BUB1B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 57–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wvi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wvi
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wvi
沉积日期 deposition_date2009-10-16
结构标题 titleCrystal Structure of the N-terminal Domain of BubR1
关键词 keywords;TUMOR SUPPRESSOR, MITOTIC CHECKPOINT, TPR, KINASE, APOPTOSIS, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, CELL DIVISION, CELL CYCLE, KINETOCHORE, TRANSFERASE, CYTOSKELETON ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.03 Å
零角强度 I(0) i07653450.00
分子量 molecular_weight19644.0 kDa
排除体积 excluded_volume24143 ų
包络体积 envelope_volume30833 ų
水化壳体积 shell_volume13916 ų
包络直径 envelope_diameter87.2 Å
壳层 Rg shell_rg24.79 Å
包络 Rg envelope_rg22.01 Å
形状 Rg shape_rg20.77 Å
总 Rg total_rg22.32 Å
总原子数 total_atoms1372
残基数 n_residues160
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.6 Å
Rg (实空间) rg_real22.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real7.6530e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7653000.0000
解质量估计 total_estimate0.6803
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.9 Å
偏度 Skewness skewness0.704
峰度 Kurtosis kurtosis0.138
角度范围 angular_range— – 0.3650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1055000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.527; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.259; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2wviA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily430 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)