2wwb

CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 154.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 11 RNA 4 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–476	未记录	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA × 1 （P60058） PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA × 1 （P60467） 5.8S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN；pH 7.5；30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYERS OF FILTER PAPER	分辨率 6.48 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2WWB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JC2 The structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal sequence 提交 2015-11-15	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin；pH 7.5；50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin cryo-EM玻璃化条件 3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds；冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds, and then plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT).	分辨率 3.60 Å
4CG5 Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the 80S ribosome translating a secretory substrate 提交 2013-11-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–476（476 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.40 Å
4CG6 Cryo-em of the Sec61-complex bound to the 80s ribosome translating a membrane-inserting substrate 提交 2013-11-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–476（476 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.80 Å
4CG7 Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the idle 80S ribosome 提交 2013-11-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–476（476 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 6.90 Å
5A6U Native mammalian ribosome-bound Sec61 protein-conducting channel in the 'non-inserting' state 提交 2015-07-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–476（451 aa）片段：UNP RESIDUES 26-476	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2；pH 7.6；20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 70, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT 3 SECONDS BEFORE PLUNGING.,	分辨率 9.00 Å
6FTG Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from canine rough microsomal membranes 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 x 5–465（461 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot 3 seconds before plunging.	分辨率 9.10 Å
6FTI Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric	链 x 5–465（461 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FTJ Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Non-programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 x 5–465（461 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
6R7Q Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with Sec61. 提交 2019-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：88-meric	链 XX 5–465（461 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 299	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6Z3T Structure of canine Sec61 inhibited by mycolactone 提交 2020-05-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–476（476 aa）	未记录	Q6B [(6~{S},7~{S},9~{Z},12~{R})-12-[(~{Z},2~{S},6~{R},7~{R},9~{R})-4,6-dimethyl-7,9-bis(oxidanyl)dec-4-en-2-yl]-7,9-dimethyl-2-oxidanylidene-1-oxacyclododec-9-en-6-yl] (2~{E},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{S},13~{S},15~{S})-4,6,10-trimethyl-12,13,15-tris(oxidanyl)hexadeca-2,4,6,8,10-pentaenoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time 5 seconds Blot force -15 Incubation time 15 seconds	分辨率 2.69 Å
7TM3 Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon 提交 2022-01-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：54-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 200 mM KOAc, 5 mM Mg(OAc)2, 0.25% digitonin, 50 mM biotin cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 sec with Whatman filter papers at a blot force of -15 before plunging	分辨率 3.25 Å
7TUT Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 4-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon 提交 2022-02-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 200 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 0.25% digitonin, 50 mM biotin cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds with Whatman filter papers at a blot force of -15 before plunging.	分辨率 3.88 Å
8BTK Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosome 提交 2022-11-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 86 PDB 声明：92-meric	链 SX 1–476（476 aa）	未记录	SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 750 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3.5 uL of sample was incubated on the grid for 60 seconds at 4*C and 100% humidity before being blotted and plunged into liquid ethane/propane mix cooled to liquid nitrogen temperature	分辨率 3.50 Å
8OJ0 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 2 (native) 提交 2023-03-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8OJ8 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 1 (native) 提交 2023-03-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8RJB Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-RAMP4 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
8RJC Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 1 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8RJD Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 2 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S61A1_CANFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–476； UniProt 1–476

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA

物种未注明

UniProt P60058

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 11 RNA 4 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–68	未记录	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1 × 1 （P38377） PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA × 1 （P60467） 5.8S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN；pH 7.5；30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYERS OF FILTER PAPER	分辨率 6.48 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2WWB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JC2 The structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal sequence 提交 2015-11-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 2 7–68（62 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin；pH 7.5；50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin cryo-EM玻璃化条件 3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds；冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds, and then plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT).	分辨率 3.60 Å
4CG5 Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the 80S ribosome translating a secretory substrate 提交 2013-11-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.40 Å
4CG6 Cryo-em of the Sec61-complex bound to the 80s ribosome translating a membrane-inserting substrate 提交 2013-11-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.80 Å
4CG7 Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the idle 80S ribosome 提交 2013-11-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 6.90 Å
5A6U Native mammalian ribosome-bound Sec61 protein-conducting channel in the 'non-inserting' state 提交 2015-07-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 7–68（62 aa）片段：UNP RESIDUES 7-68	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2；pH 7.6；20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 70, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT 3 SECONDS BEFORE PLUNGING.,	分辨率 9.00 Å
6FTG Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from canine rough microsomal membranes 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 y 7–68（62 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot 3 seconds before plunging.	分辨率 9.10 Å
6FTI Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric	链 y 7–68（62 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FTJ Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Non-programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 y 7–68（62 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
6R7Q Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with Sec61. 提交 2019-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：88-meric	链 YY 7–68（62 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 299	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6Z3T Structure of canine Sec61 inhibited by mycolactone 提交 2020-05-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–68（68 aa）	未记录	Q6B [(6~{S},7~{S},9~{Z},12~{R})-12-[(~{Z},2~{S},6~{R},7~{R},9~{R})-4,6-dimethyl-7,9-bis(oxidanyl)dec-4-en-2-yl]-7,9-dimethyl-2-oxidanylidene-1-oxacyclododec-9-en-6-yl] (2~{E},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{S},13~{S},15~{S})-4,6,10-trimethyl-12,13,15-tris(oxidanyl)hexadeca-2,4,6,8,10-pentaenoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time 5 seconds Blot force -15 Incubation time 15 seconds	分辨率 2.69 Å
8BTK Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosome 提交 2022-11-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 86 PDB 声明：92-meric	链 SY 1–68（68 aa）	未记录	SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 750 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3.5 uL of sample was incubated on the grid for 60 seconds at 4*C and 100% humidity before being blotted and plunged into liquid ethane/propane mix cooled to liquid nitrogen temperature	分辨率 3.50 Å
8RJB Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-RAMP4 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric	链 3 1–68（68 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
8RJC Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 1 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 3 1–68（68 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8RJD Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 2 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 3 1–68（68 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC61G_CANFA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA

物种未注明

UniProt P60467

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 11 RNA 4 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–96	未记录	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1 × 1 （P38377） PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA × 1 （P60058） 5.8S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN；pH 7.5；30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYERS OF FILTER PAPER	分辨率 6.48 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2WWB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4CG5 Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the 80S ribosome translating a secretory substrate 提交 2013-11-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 61–96（36 aa）片段：RESIDUES 61-96	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.40 Å
4CG6 Cryo-em of the Sec61-complex bound to the 80s ribosome translating a membrane-inserting substrate 提交 2013-11-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.80 Å
5A6U Native mammalian ribosome-bound Sec61 protein-conducting channel in the 'non-inserting' state 提交 2015-07-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 61–96（36 aa）片段：UNP RESIDUES 61-96	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2；pH 7.6；20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 70, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT 3 SECONDS BEFORE PLUNGING.,	分辨率 9.00 Å
6FTG Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from canine rough microsomal membranes 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 z 68–96（29 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot 3 seconds before plunging.	分辨率 9.10 Å
6FTI Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric	链 z 68–96（29 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FTJ Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Non-programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 z 68–96（29 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
6R7Q Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with Sec61. 提交 2019-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：88-meric	链 ZZ 68–96（29 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 299	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7TM3 Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon 提交 2022-01-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：54-meric	链 2 1–96（96 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 200 mM KOAc, 5 mM Mg(OAc)2, 0.25% digitonin, 50 mM biotin cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 sec with Whatman filter papers at a blot force of -15 before plunging	分辨率 3.25 Å
7TUT Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 4-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon 提交 2022-02-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 2 1–96（96 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 200 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 0.25% digitonin, 50 mM biotin cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds with Whatman filter papers at a blot force of -15 before plunging.	分辨率 3.88 Å
8BTK Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosome 提交 2022-11-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 86 PDB 声明：92-meric	链 SZ 1–96（96 aa）	未记录	SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 750 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3.5 uL of sample was incubated on the grid for 60 seconds at 4*C and 100% humidity before being blotted and plunged into liquid ethane/propane mix cooled to liquid nitrogen temperature	分辨率 3.50 Å
8RJB Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-RAMP4 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric	链 2 1–96（96 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
8RJC Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 1 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 2 1–96（96 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8RJD Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 2 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 2 1–96（96 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC61B_CANFA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wwb
沉积日期 deposition_date	2009-10-22
结构标题 title	CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME
关键词 keywords	RIBOSOME, PROTEIN EXIT TUNNEL, COTRANSLATIONAL PROTEIN TRANSLOCATION, PROTEIN CONDUCTING CHANNEL, SIGNAL SEQUENCE; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.58 Å
零角强度 I(0) i0	804995000.00
分子量 molecular_weight	206110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	247010 Å³
包络体积 envelope_volume	407280 Å³
水化壳体积 shell_volume	74704 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.2 Å
壳层 Rg shell_rg	49.46 Å
包络 Rg envelope_rg	45.81 Å
形状 Rg shape_rg	46.66 Å
总 Rg total_rg	46.48 Å
总原子数 total_atoms	14313
残基数 n_residues	1591
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.9 Å
Rg (实空间) rg_real	44.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	804900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8555
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.428
峰度 Kurtosis kurtosis	0.013
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.773

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1
分子量 formula_weight	52279.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14313

MAIKFLEVIKPFCVILPEIQKPERKIQFKEKVLWTAITLFIFLVCCQIPLFGIMSSDSADPFYWMRVILASNRGTLMELGISPIVTSGLIMQLLAGAKIIEVGDTPKDRALFNGAQKLFGMIITIGQSIVYVMTGMYGDPSEMGAGICLLITIQLFVAGLIVLLLDELLQKGYGLGSGISLFIATNICETIVWKAFSPTTVNTGRGMEFEGAIIALFHLLATRTDKVRALREAFYRQNLPNLMNLIATIFVFAVVIYFQGFRVDLPIKSARYRGQYNTYPIKLFYTSNIPIILQSALVSNLYVISQMLSARFSGNLLVSLLGTWSDTSSGGPARAYPVGGLCHYLSPPESFGSVLEDPVHAVVYIVFMLGSCAFFSKTWIEVSGSSAKDVAKQLKEQQMVMRGHRETSMVHELNRYIPTAAAFGGLCIGALSVLADFLGAIGSGTGILLAVTIIYQYFEIFVKEQSEVGSMGALLF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA
分子量 formula_weight	7752.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDQVMQFVEPSRQFVKDSIRLVKRCTKPDRKEFQKIAMATAIGFAIMGFIGFFVKLIHIPINNIIVGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA
分子量 formula_weight	9987.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MPGPTPSGTNVGSSGRSPSKAVAARAAGSTVRQRKNASCGTRSAGRTTSAGTGGMWRFYTEDSPGLKVGPVPVLVMSLLFIASVFMLHIWGKYTRS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5.8S RRNA
分子量 formula_weight	20302.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	25S RRNA
分子量 formula_weight	11089.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

UGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUAC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	25S RRNA
分子量 formula_weight	8052.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	25S RRNA
分子量 formula_weight	4477.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

ACACGUCGCGCGGU

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B
分子量 formula_weight	39129.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSRPQVTVHSLTGEATANALPLPAVFSAPIRPDIVHTVFTSVNKNKRQAYAVSEKAGHQTSAESWGTGRAVARIPRVGGGGTGRSGQGAFGNMCRGGRMFAPTKTWRKWNVKVNHNEKRYATASAIAATAVASLVLARGHRVEKIPEIPLVVSTDLESIQKTKEAVAALKAVGAHSDLLKVLKSKKLRAGKGKYRNRRWTQRRGPLVVYAEDNGIVKALRNVPGVETANVASLNLLQLAPGAHLGRFVIWTEAAFTKLDQVWGSETVASSKVGYTLPSHIISTSDVTRIINSSEIQSAIRPAGQATQKRTHVLKKNPLKNKQVLLRLNPYAKVFAAEKLGSKKAEKTGTKPAAVFAETLKHD

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A
分子量 formula_weight	20589.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MARYGATSTNPAKSASARGSYLRVSFKNTRETAQAINGWELTKAQKYLEQVLDHQRAIPFRRFNSSIGRTAQGKEFGVTKARWPAKSVKFVQGLLQNAAANAEAKGLDATKLYVSHIQVNQAPKQRRRTYRAHGRINKYESSPSHIELVVTEKEEAVAKAAEKKVVRLTSRQRGRIAAQKRIAA

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L19
分子量 formula_weight	21762.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MANLRTQKRLAASVVGVGKRKVWLDPNETSEIAQANSRNAIRKLVKNGTIVKKAVTVHSKSRTRAHAQSKREGRHSGYGKRKGTREARLPSQVVWIRRLRVLRRLLAKYRDAGKIDKHLYHVLYKESKGNAFKHKRALVEHIIQAKADAQREKALNEEAEARRLKNRAARDRRAQRVAEKRDALLKEDA

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L25
分子量 formula_weight	15787.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAPSAKATAAKKAVVKGTNGKKALKVRTSATFRLPKTLKLARAPKYASKAVPHYNRLDSYKVIEQPITSETAMKKVEDGNILVFQVSMKANKYQIKKAVKELYEVDVLKVNTLVRPNGTKKAYVRLTADYDALDIANRIGYI

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A
分子量 formula_weight	14265.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAKQSLDVSSDRRKARKAYFTAPSSQRRVLLSAPLSKELRAQYGIKALPIRRDDEVLVVRGSKKGQEGKISSVYRLKFAVQVDKVTKEKVNGASVPINLHPSKLVITKLHLDKDRKALIQRKGGKLE

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A
分子量 formula_weight	12980.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAGLKDVVTREYTINLHKRLHGVSFKKRAPRAVKEIKKFAKLHMGTDDVRLAPELNQAIWKRGVKGVEYRLRLRISRKRNEEEDAKNPLFSYVEPVLVASAKGLQTVVVEEDA

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L35
分子量 formula_weight	13942.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MAGVKAYELRTKSKEQLASQLVDLKKELAELKVQKLSRPSLPKIKTVRKSIACVLTVINEQQREAVRQLYKGKKYQPKDLRAKKTRALRRALTKFEASQVTEKQRKKQIAFPQRKYAIKA

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L39
分子量 formula_weight	6358.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MAAQKSFRIKQKMAKAKKQNRPLPQWIRLRTNNTIRYNAKRRNWRRTKMNI

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.480 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	6.48 Å
分辨率测定方法 resolution_method	PROJECTION MATCHING
颗粒数 num_particles	221445

fit	/app/data/saxs_computation/ww/2wwb/2wwb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ww/2wwb/2wwb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ww/2wwb/2wwb.dat

CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

实体 13 Entity 13 polymer

聚合物 Polymer

实体 14 Entity 14 polymer

聚合物 Polymer

实体 15 Entity 15 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)