2wwb

CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 4	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA × 1 （P60058） PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA × 1 （P60467） 5.8S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S61A1_CANFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–476； UniProt 1–476

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA

物种未注明

UniProt P60058

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 4	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1 × 1 （P38377） PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA × 1 （P60467） 5.8S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC61G_CANFA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA

物种未注明

UniProt P60467

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 4	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1 × 1 （P38377） PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA × 1 （P60058） 5.8S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 25S RRNA × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 × 1 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC61B_CANFA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wwb
沉积日期 deposition_date	2009-10-22
结构标题 title	CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME
关键词 keywords	RIBOSOME, PROTEIN EXIT TUNNEL, COTRANSLATIONAL PROTEIN TRANSLOCATION, PROTEIN CONDUCTING CHANNEL, SIGNAL SEQUENCE; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wwb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wwb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wwb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.94 Å
Rg（电子密度）	46.58 Å
总 Rg	46.48 Å
原子数	14313
残基数	1591
排除体积	247010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wwb__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1
分子量 formula_weight	52279.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14313

MAIKFLEVIKPFCVILPEIQKPERKIQFKEKVLWTAITLFIFLVCCQIPLFGIMSSDSADPFYWMRVILASNRGTLMELGISPIVTSGLIMQLLAGAKIIEVGDTPKDRALFNGAQKLFGMIITIGQSIVYVMTGMYGDPSEMGAGICLLITIQLFVAGLIVLLLDELLQKGYGLGSGISLFIATNICETIVWKAFSPTTVNTGRGMEFEGAIIALFHLLATRTDKVRALREAFYRQNLPNLMNLIATIFVFAVVIYFQGFRVDLPIKSARYRGQYNTYPIKLFYTSNIPIILQSALVSNLYVISQMLSARFSGNLLVSLLGTWSDTSSGGPARAYPVGGLCHYLSPPESFGSVLEDPVHAVVYIVFMLGSCAFFSKTWIEVSGSSAKDVAKQLKEQQMVMRGHRETSMVHELNRYIPTAAAFGGLCIGALSVLADFLGAIGSGTGILLAVTIIYQYFEIFVKEQSEVGSMGALLF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA
分子量 formula_weight	7752.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDQVMQFVEPSRQFVKDSIRLVKRCTKPDRKEFQKIAMATAIGFAIMGFIGFFVKLIHIPINNIIVGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA
分子量 formula_weight	9987.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MPGPTPSGTNVGSSGRSPSKAVAARAAGSTVRQRKNASCGTRSAGRTTSAGTGGMWRFYTEDSPGLKVGPVPVLVMSLLFIASVFMLHIWGKYTRS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5.8S RRNA
分子量 formula_weight	20302.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	25S RRNA
分子量 formula_weight	11089.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

UGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUAC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	25S RRNA
分子量 formula_weight	8052.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	25S RRNA
分子量 formula_weight	4477.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

ACACGUCGCGCGGU

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B
分子量 formula_weight	39129.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSRPQVTVHSLTGEATANALPLPAVFSAPIRPDIVHTVFTSVNKNKRQAYAVSEKAGHQTSAESWGTGRAVARIPRVGGGGTGRSGQGAFGNMCRGGRMFAPTKTWRKWNVKVNHNEKRYATASAIAATAVASLVLARGHRVEKIPEIPLVVSTDLESIQKTKEAVAALKAVGAHSDLLKVLKSKKLRAGKGKYRNRRWTQRRGPLVVYAEDNGIVKALRNVPGVETANVASLNLLQLAPGAHLGRFVIWTEAAFTKLDQVWGSETVASSKVGYTLPSHIISTSDVTRIINSSEIQSAIRPAGQATQKRTHVLKKNPLKNKQVLLRLNPYAKVFAAEKLGSKKAEKTGTKPAAVFAETLKHD

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A
分子量 formula_weight	20589.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MARYGATSTNPAKSASARGSYLRVSFKNTRETAQAINGWELTKAQKYLEQVLDHQRAIPFRRFNSSIGRTAQGKEFGVTKARWPAKSVKFVQGLLQNAAANAEAKGLDATKLYVSHIQVNQAPKQRRRTYRAHGRINKYESSPSHIELVVTEKEEAVAKAAEKKVVRLTSRQRGRIAAQKRIAA

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L19
分子量 formula_weight	21762.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MANLRTQKRLAASVVGVGKRKVWLDPNETSEIAQANSRNAIRKLVKNGTIVKKAVTVHSKSRTRAHAQSKREGRHSGYGKRKGTREARLPSQVVWIRRLRVLRRLLAKYRDAGKIDKHLYHVLYKESKGNAFKHKRALVEHIIQAKADAQREKALNEEAEARRLKNRAARDRRAQRVAEKRDALLKEDA

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L25
分子量 formula_weight	15787.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAPSAKATAAKKAVVKGTNGKKALKVRTSATFRLPKTLKLARAPKYASKAVPHYNRLDSYKVIEQPITSETAMKKVEDGNILVFQVSMKANKYQIKKAVKELYEVDVLKVNTLVRPNGTKKAYVRLTADYDALDIANRIGYI

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A
分子量 formula_weight	14265.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAKQSLDVSSDRRKARKAYFTAPSSQRRVLLSAPLSKELRAQYGIKALPIRRDDEVLVVRGSKKGQEGKISSVYRLKFAVQVDKVTKEKVNGASVPINLHPSKLVITKLHLDKDRKALIQRKGGKLE

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A
分子量 formula_weight	12980.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAGLKDVVTREYTINLHKRLHGVSFKKRAPRAVKEIKKFAKLHMGTDDVRLAPELNQAIWKRGVKGVEYRLRLRISRKRNEEEDAKNPLFSYVEPVLVASAKGLQTVVVEEDA

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L35
分子量 formula_weight	13942.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MAGVKAYELRTKSKEQLASQLVDLKKELAELKVQKLSRPSLPKIKTVRKSIACVLTVINEQQREAVRQLYKGKKYQPKDLRAKKTRALRRALTKFEASQVTEKQRKKQIAFPQRKYAIKA

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L39
分子量 formula_weight	6358.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MAAQKSFRIKQKMAKAKKQNRPLPQWIRLRTNNTIRYNAKRRNWRRTKMNI

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.480 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	6.48 Å
分辨率测定方法 resolution_method	PROJECTION MATCHING
颗粒数 num_particles	221445

CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wwb__assembly_1__model_1

2wwb__assembly_1__model_1 | I(q)

2wwb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

实体 13 Entity 13 polymer

聚合物 Polymer

实体 14 Entity 14 polymer

聚合物 Polymer

实体 15 Entity 15 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)