2wzy

Crystal structure of A-AChBP in complex with 13-desmethyl spirolide C

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 157.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

APLYSIA CALIFORNICA

UniProt Q8WSF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 18–236 链 G; UniProt 18–236 链 H; UniProt 18–236 链 I; UniProt 18–236 链 J; UniProt 18–236 片段:RESIDUES 18-236 SQX 13-DESMETHYL SPIROLIDE C × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;27-30% PEG-400, 0.1 M HEPES, PH 7.5-7.7, 0.2 M MGCL2 分辨率 2.51 Å R-free 0.237
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–236 链 B; UniProt 18–236 链 C; UniProt 18–236 链 D; UniProt 18–236 链 E; UniProt 18–236 片段:RESIDUES 18-236 SQX 13-DESMETHYL SPIROLIDE C × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;27-30% PEG-400, 0.1 M HEPES, PH 7.5-7.7, 0.2 M MGCL2 分辨率 2.51 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 85 个其他 PDB 条目、119 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8WSF8_APLCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236 作者链 B; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236 作者链 C; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236 作者链 D; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236 作者链 E; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236 作者链 F; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236 作者链 G; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236 作者链 H; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236 作者链 I; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236 作者链 J; PDB构建体 10–228; UniProt 18–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wzy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wzy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wzy
沉积日期 deposition_date2009-12-03
结构标题 titleCrystal structure of A-AChBP in complex with 13-desmethyl spirolide C
关键词 keywordsRECEPTOR, PHYCOTOXIN, SPIROIMINE, TOXIN, ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN; RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.83
零角强度 I(0) i0863473000.00
分子量 molecular_weight245660.0 kDa
排除体积 excluded_volume307680 ų
包络体积 envelope_volume427650 ų
水化壳体积 shell_volume75039 ų
包络直径 envelope_diameter158.5
壳层 Rg shell_rg50.97
包络 Rg envelope_rg47.05
形状 Rg shape_rg47.82
总 Rg total_rg47.97
总原子数 total_atoms17302
残基数 n_residues2111
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax157.7
Rg (实空间) rg_real48.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.69
I(0) (实空间) i0_real8.6350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8080e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal863200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8220
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.8
偏度 Skewness skewness0.443
峰度 Kurtosis kurtosis-0.502
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha195500000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.461

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_idd2wzya1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzya2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wzyb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzyb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wzyc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzyc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wzyd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzyd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wzye1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzye2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wzyf1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzyf2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wzyg1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzyg2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wzyh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzyh2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wzyi1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzyi2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2wzyj1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wzyj2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id2wzyA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wzyB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wzyC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wzyD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wzyE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wzyF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wzyG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wzyH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wzyI00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id2wzyJ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)