SAXSdb — 2xhb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE

THERMOCOCCUS GORGONARIUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	HYPOXANTHINE-CONTAINING DNA × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOL_THEGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–757； UniProt 1–773

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xhb
沉积日期 deposition_date	2010-06-14
结构标题 title	Crystal structure of DNA polymerase from Thermococcus gorgonarius in complex with hypoxanthine-containing DNA
关键词 keywords	TRANSFERASE-DNA COMPLEX, REPLICATION, EXONUCLEASE, DNA DAMAGE, EXO MINUS; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2xhb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2xhb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2xhb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.35 Å
Rg（电子密度）	28.72 Å
总 Rg	29.47 Å
原子数	6363
残基数	761
排除体积	112690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2xhb__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2xhb__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	89908.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6485

MILDTDYITEDGKPVIRIFKKENGEFKIDYDRNFEPYIYALLKDDSAIEDVKKITAERHGTTVRVVRAEKVKKKFLGRPIEVWKLYFTHPQDVPAIRDKIKEHPAVVDIYEYDIPFAKRYLIDKGLIPMEGDEELKMLAFDIETLYHEGEEFAEGPILMISYADEEGARVITWKNIDLPYVDVVSTEKEMIKRFLKVVKEKDPDVLITYNGDNFAFAYLKKRSEKLGVKFILGREGSEPKIQRMGDRFAVEVKGRIHFDLYPVIRRTINLPTYTLEAVYEAIFGQPKEKVYAEEIAQAWETGEGLERVARYSMEDAKVTYELGKEFFPMEAQLSRLVGQSLWDVSRSSTGNLVEWFLLRKAYERNELAPNKPDERELARRRESYAGGYVKEPERGLWENIVYLDFRSLYPSIIITHNVSPDTLNREGCEEYDVAPQVGHKFCKDFPGFIPSLLGDLLEERQKVKKKMKATIDPIEKKLLDYRQRAIKILANSFYGYYGYAKARWYCKECAESVTAWGRQYIETTIREIEEKFGFKVLYADTDGFFATIPGADAETVKKKAKEFLDYINAKLPGLLELEYEGFYKRGFFVTKKKYAVIDEEDKITTRGLEIVRRDWSEIAKETQARVLEAILKHGDVEEAVRIVKEVTEKLSKYEVPPEKLVIYEQITRDLKDYKATGPHVAVAKRLAARGIKIRPGTVISYIVLKGSGRIGDRAIPFDEFDPAKHKYDAEYYIENQVLPAVERILRAFGYRKEDLRYQKTRQVGLGAWLKPKT

来源 Source

来源生物 organism	THERMOCOCCUS GORGONARIUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	71997
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HYPOXANTHINE-CONTAINING DNA
分子量 formula_weight	8622.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AAIGGAGACACGGCTTTTGCCGTGTCTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(APAPAPAPAPAPAPAP*A)-3'
分子量 formula_weight	2773.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AAAAAAAAA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2xhba1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d2xhba2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2xhbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	342 — DNA Polymerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase, chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	2xhbA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	2xhbA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	2xhbA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

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晶胞边长 a length_a	79.450 Å
晶胞边长 b length_b	98.370 Å
晶胞边长 c length_c	116.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.720 Å
最低分辨率 resolution_low	47.010 Å
R 因子 r_factor	0.2368
R_work r_work	0.2336
R_free r_free	0.2945

Crystal structure of DNA polymerase from Thermococcus gorgonarius in complex with hypoxanthine-containing DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xhb__assembly_1__model_1

2xhb__assembly_1__model_1 | I(q)

2xhb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of DNA polymerase from Thermococcus gorgonarius in complex with hypoxanthine-containing DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xhb__assembly_1__model_1

2xhb__assembly_1__model_1 | I(q)

2xhb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)