SAXSdb — 9mye

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mye
沉积日期 deposition_date	2025-01-21
结构标题 title	C28 Polymerase Incorporating RNA, n+1
关键词 keywords	Enzyme Engineering, B-Family Polymerase, RNA Polymerase, Polymerase, Binary Complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.26 Å
零角强度 I(0) i0	146015000.00
分子量 molecular_weight	93993.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116910 Å³
包络体积 envelope_volume	147000 Å³
水化壳体积 shell_volume	41098 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.37 Å
包络 Rg envelope_rg	28.93 Å
形状 Rg shape_rg	29.25 Å
总 Rg total_rg	30.02 Å
总原子数 total_atoms	6610
残基数 n_residues	771
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	146000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9075
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	89.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.127
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.930

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	89937.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6715

MILDADYITEDGKPIIRIFKKENGEFKVEYDRNFRPYIYALLKDDSAIEDVKKITAERHGTTVRVVRAEKVKKKFLGRPIEVWKLYFNHPQDQPAIRDRIRAHPAVVDIYEYDIPFAKRYLIDKGLIPMEGDEELTMLAFAIATLYHEGEEFGTGPILMISYADGSEARVITWKKIDLPYVDVVSTEKEMIKRFLRVVREKDPDVLITYNGDNFDFAYLKKRCEELGIKFTLGRDGSEPKIQRMGDRFAVEVKGRIHFDLYPVIRRTINLPTYTLEAVYEAIFGQPKEKVYAEEIAQAWETGEGLERVARYSMEDAKVTYELGKEFLPMEAQLSRLIGQSLWDVSRSSTGNLVEWFLLRKAYERNELAPNKPDEREYERRLRESYAGGYVKEPEKGLWEGLVSLDFRSLGPSIIITHNVSPDTLNREGCREYDVAPEVGHKFCKDFPGFIPSLLGDLLEERQKVKKKMKATIDPIEKKLLDYRQRLIKILANSFYGYYGYAKARWYCKECAESVTAWGRQYIETTIREIEEKFGFKVLYADTDGFFATIPGADAETVKKKAKEFLDYINAKLPGLLELEYEGFYKRGFFVTKKKYAVIDEEDKITTRGLEIVRRDWSEIAKETQARVLEAILKHGDVEEAVRIVKEVTEKLSKYEVPPEKLVIYKQITRDLKDYKATGPHVAVAKRLAARGVKIRPGTVISYIVLKGSGRIGDRAIPFDEFDPTKHKYDAEYYIENQVLPAVERILRASHYRKEDLRYQKTRQVGLSAWLKPKT

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus gorgonarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	71997
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Template
分子量 formula_weight	5525.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AAACGTACGCAGTTCGCG

Entity 3 polymer

描述 description	Primer
分子量 formula_weight	3665.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	P

CGCGAACTGCGU

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	105

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.970 Å
晶胞边长 b length_b	102.340 Å
晶胞边长 c length_c	112.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.220 Å
最低分辨率 resolution_low	64.030 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2412
R_free r_free	0.2722

fit	/app/data/saxs_computation/my/9mye/9mye.fit
pddf	/app/data/pr_computation/my/9mye/9mye.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/my/9mye/9mye.dat

C28 Polymerase Incorporating RNA, n+1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)