2y03

TURKEY BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR WITH STABILISING MUTATIONS AND BOUND AGONIST ISOPRENALINE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR

MELEAGRIS GALLOPAVO

UniProt P07700

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 33–368 片段:RESIDUES 33-368 突变:YES Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 2CV HEGA-10 × 3 5FW ISOPRENALINE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION, PROTEIN (15MG/ML) IN 100MM NACL, 0.1MM EDTA, 1.0MM (R)-ISOPRENALINE, 0.45MG/ML CHS, 0.5% HEGA-10, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, 28% PEG600 AT 4 DEGREES C 分辨率 2.85 Å R-free 0.254
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 33–368 片段:RESIDUES 33-368 突变:YES Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 2CV HEGA-10 × 3 5FW ISOPRENALINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION, PROTEIN (15MG/ML) IN 100MM NACL, 0.1MM EDTA, 1.0MM (R)-ISOPRENALINE, 0.45MG/ML CHS, 0.5% HEGA-10, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, 28% PEG600 AT 4 DEGREES C 分辨率 2.85 Å R-free 0.254
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 33–368 链 B; UniProt 33–368 片段:RESIDUES 33-368 突变:YES Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 2CV HEGA-10 × 6 5FW ISOPRENALINE × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION, PROTEIN (15MG/ML) IN 100MM NACL, 0.1MM EDTA, 1.0MM (R)-ISOPRENALINE, 0.45MG/ML CHS, 0.5% HEGA-10, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, 28% PEG600 AT 4 DEGREES C 分辨率 2.85 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADRB1_MELGA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–310; UniProt 33–368 作者链 B; PDB构建体 3–310; UniProt 33–368

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2y03

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2y03
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2y03
沉积日期 deposition_date2010-11-30
结构标题 titleTURKEY BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR WITH STABILISING MUTATIONS AND BOUND AGONIST ISOPRENALINE
关键词 keywords;RECEPTOR, G PROTEIN COUPLED RECEPTOR, SEVEN-HELIX RECEPTOR, INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN, THERMOSTABILISING POINT MUTATIONS, GPCR, 7TM RECEPTOR ;; RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.81
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.33
零角强度 I(0) i062229400.00
分子量 molecular_weight69039.0 kDa
排除体积 excluded_volume89704 ų
包络体积 envelope_volume111190 ų
水化壳体积 shell_volume33564 ų
包络直径 envelope_diameter105.5
壳层 Rg shell_rg34.66
包络 Rg envelope_rg28.07
形状 Rg shape_rg27.29
总 Rg total_rg28.31
总原子数 total_atoms4852
残基数 n_residues586
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.3
Rg (实空间) rg_real28.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66
I(0) (实空间) i0_real6.2230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.77
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62230000.0000
解质量估计 total_estimate0.8953
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.4
偏度 Skewness skewness0.196
峰度 Kurtosis kurtosis-0.468
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10960000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2y03a_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamilyf.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family familyf.13.1.3 — Amine receptor-like
结构域编号 domain_idd2y03b_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamilyf.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family familyf.13.1.3 — Amine receptor-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2y03A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id2y03B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)