2y7q

THE HIGH-AFFINITY COMPLEX BETWEEN IGE AND ITS RECEPTOR FC EPSILON RI

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIGH AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON RECEPTOR SUBUNIT ALPHA

HOMO SAPIENS

UniProt P12319

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–201 片段:SOLUBLE EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 26-201 突变:YES IG EPSILON CHAIN C REGION × 2 (P01854) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 2.8M SODIUM ACETATE PH 7. 分辨率 3.40 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCERA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–179; UniProt 26–201

IG EPSILON CHAIN C REGION

HOMO SAPIENS

UniProt P01854

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 104–428 链 D; UniProt 104–428 片段:FC FRAGMENT COMPRISING DOMAINS CEPSILON2-4, RESIDUES 104-427 突变:YES HIGH AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON RECEPTOR SUBUNIT ALPHA × 1 (P12319) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 2.8M SODIUM ACETATE PH 7. 分辨率 3.40 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHE_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–327; UniProt 104–428 作者链 D; PDB构建体 3–327; UniProt 104–428

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2y7q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2y7q
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2y7q
沉积日期 deposition_date2011-02-01
结构标题 titleTHE HIGH-AFFINITY COMPLEX BETWEEN IGE AND ITS RECEPTOR FC EPSILON RI
关键词 keywordsALLERGY, ANTIBODY, IGE-BINDING PROTEIN, HIGH-AFFINITY RECEPTOR, IMMUNOGLOBULIN C REGION, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.25
零角强度 I(0) i096233800.00
分子量 molecular_weight75731.0 kDa
排除体积 excluded_volume93741 ų
包络体积 envelope_volume130730 ų
水化壳体积 shell_volume35711 ų
包络直径 envelope_diameter105.2
壳层 Rg shell_rg37.56
包络 Rg envelope_rg30.69
形状 Rg shape_rg31.27
总 Rg total_rg31.77
总原子数 total_atoms5355
残基数 n_residues733
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.2
Rg (实空间) rg_real31.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80
I(0) (实空间) i0_real9.6230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal96240000.0000
解质量估计 total_estimate0.8937
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.2
偏度 Skewness skewness0.224
峰度 Kurtosis kurtosis-0.391
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6509000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.890

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2y7qA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2y7qA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2y7qB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2y7qB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2y7qB03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2y7qD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2y7qD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2y7qD03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)