SAXSdb — 2ydl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 270–328	片段：SH3 C, RESIDUES 270-328	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1M CITRATE PH 5.5, 2.0 M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.05 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YDL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BZ8 N-terminal Sh3 domain of CIN85 bound to Cbl-b peptide 提交 2005-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–58（58 aa）片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN RESIDUES 1-58 链 B 1–58（58 aa）片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN RESIDUES 1-58	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.8 M NA CITRATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.5, 0.2 M NACL	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2K6D CIN85 Sh3-C domain in complex with ubiquitin 提交 2008-07-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 267–328（62 aa）片段：CIN85 SH3-C domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.150；压力 ambient NMR样品组成 0.1 mM CIN85, 0.1 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.1 mM [U-100% 15N] CIN85, 0.1 mM ubiquitiny, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CIN85, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K9G Solution structure of the third SH3 domain of the Cin85 adapter protein 提交 2008-10-10	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 262–333（72 aa）片段：SH3 domain C, UNP residues 262-333	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）140；压力 ambient NMR样品组成 1mM Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1mM [U-99% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N64 NMR Structure of the C-terminal Coiled-Coil Domain of CIN85 提交 2015-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 594–665（72 aa）片段：Coiled coil domain residues 594-665 链 B 594–665（72 aa）片段：Coiled coil domain residues 594-665 链 C 594–665（72 aa）片段：Coiled coil domain residues 594-665	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；305 K；压力 ambient NMR样品组成 1-3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIN85 CC-domain, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1-3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIN85 CC-domain, 1-3 mM [U-2H] CIN85 CC-domain, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2O2O Solution structure of domain B from human CIN85 PROTEIN 提交 2006-11-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–168（77 aa）片段：CIN85_B	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM PO4, 100mM NACL, 1mM EDTA, 2mM DTT, 0.01% NAN3；压力 AMBIENT NMR样品组成 1MM CIN85_B U-15N PHOSPHATE BUFFER; 1MM CIN85_B U-15N,13C; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 1MM CIN85_B U-15N,13C; 20MM PHOSPHATE BUFFER	分辨率未提供
5ABS CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL COILED-COIL DOMAIN OF CIN85 IN SPACE GROUP P321 提交 2015-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 599–662（64 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN, RESIDUES 599-662	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.05M ZN ACETATE, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7	分辨率 1.74 Å R-free 0.283

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SH3K1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–61； UniProt 270–328

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ydl
沉积日期 deposition_date	2011-03-22
结构标题 title	Crystal structure of SH3C from CIN85
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.27 Å
零角强度 I(0) i0	1372960.00
分子量 molecular_weight	7725.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9629 Å³
包络体积 envelope_volume	11607 Å³
水化壳体积 shell_volume	8575 Å³
包络直径 envelope_diameter	46.5 Å
壳层 Rg shell_rg	17.27 Å
包络 Rg envelope_rg	12.98 Å
形状 Rg shape_rg	12.31 Å
总 Rg total_rg	13.51 Å
总原子数 total_atoms	547
残基数 n_residues	67
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.6 Å
Rg (实空间) rg_real	13.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3730e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5380e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1373000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8307
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	0.141
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	303500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.626; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2ydla1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ydla2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ydla3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ydlA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.828 Å
晶胞边长 b length_b	47.828 Å
晶胞边长 c length_c	70.235 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	41.420 Å
R 因子 r_factor	0.2074
R_work r_work	0.2051
R_free r_free	0.2522

描述 description	SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1
分子量 formula_weight	8035.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	603

Crystal structure of SH3C from CIN85

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

fit	/app/data/saxs_computation/yd/2ydl/2ydl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yd/2ydl/2ydl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yd/2ydl/2ydl.dat