2yl2

Crystal structure of human acetyl-CoA carboxylase 1, biotin carboxylase (BC) domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYL-COA CARBOXYLASE 1

HOMO SAPIENS

UniProt Q13085

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 78–617 片段:BIOTIN CARBOXYLASE (BC) DOMAIN, RESIDUES 78-617 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:20% PEG 3350, 200 MM NA(MALONATE) PH 7.0 分辨率 2.30 Å R-free 0.241
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 78–617 片段:BIOTIN CARBOXYLASE (BC) DOMAIN, RESIDUES 78-617 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:20% PEG 3350, 200 MM NA(MALONATE) PH 7.0 分辨率 2.30 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACACA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–540; UniProt 78–617 作者链 B; PDB构建体 1–540; UniProt 78–617

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2yl2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2yl2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2yl2
沉积日期 deposition_date2011-05-31
结构标题 titleCrystal structure of human acetyl-CoA carboxylase 1, biotin carboxylase (BC) domain
关键词 keywordsLIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.40
零角强度 I(0) i0169922000.00
分子量 molecular_weight104830.0 kDa
排除体积 excluded_volume131410 ų
包络体积 envelope_volume168080 ų
水化壳体积 shell_volume43199 ų
包络直径 envelope_diameter106.7
壳层 Rg shell_rg39.49
包络 Rg envelope_rg31.59
形状 Rg shape_rg32.40
总 Rg total_rg33.00
总原子数 total_atoms7384
残基数 n_residues968
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.7
Rg (实空间) rg_real33.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real1.6990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal169900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8959
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary37.4
偏度 Skewness skewness0.295
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35430000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.888

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2yl2A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id2yl2A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1770 — PreATP-grasp fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PreATP-grasp domain
结构域编号 domain_id2yl2A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id2yl2A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id2yl2B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id2yl2B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1770 — PreATP-grasp fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PreATP-grasp domain
结构域编号 domain_id2yl2B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id2yl2B04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)