SAXSdb — 2ypa

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-CELL ACUTE LYMPHOCYTIC LEUKEMIA PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 180–253	片段：BHLH, RESIDUES 180-253	TRANSCRIPTION FACTOR E2-ALPHA × 1 （P15923） RHOMBOTIN-2 × 1 （P25791） LIM DOMAIN-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q86U70） EBOX FORWARD × 1 EBOX REVERSE × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；5 % (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 40 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 AND 2MM GLUTATHIONE	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YPA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2YPB Structure of the SCL:E47 complex bound to DNA 提交 2012-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 180–253（74 aa）片段：BHLH, RESIDUES 5-78	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；5 % (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 40 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 AND 2MM GLUTATHIONE	分辨率 2.87 Å R-free 0.288

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–91； UniProt 180–253

TRANSCRIPTION FACTOR E2-ALPHA

HOMO SAPIENS

UniProt P15923

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 535–613	片段：RESIDUES 535-613	T-CELL ACUTE LYMPHOCYTIC LEUKEMIA PROTEIN 1 × 1 （P17542） RHOMBOTIN-2 × 1 （P25791） LIM DOMAIN-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q86U70） EBOX FORWARD × 1 EBOX REVERSE × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；5 % (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 40 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 AND 2MM GLUTATHIONE	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YPA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MH0 Solution NMR structure of the p300 Taz2:ETAD1 complex 提交 2013-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–37（37 aa）片段：Activation domain 1 (ETAD1), E2A residues 1-37	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ETAD1, 2 mM Taz2, 20 mM MES, 1 mM sodium azide, 5 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3078 uM ETAD1, 1038 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Taz2, 20 mM MES, 1 mM sodium azide, 5 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YPB Structure of the SCL:E47 complex bound to DNA 提交 2012-10-30	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 535–613（79 aa）片段：RESIDUES 535-613	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；5 % (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 40 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 AND 2MM GLUTATHIONE	分辨率 2.87 Å R-free 0.288
3U5V Crystal structure of Max-E47 提交 2011-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 560–610（51 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	NO3 NITRATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；5% glycerol, 3.2-3.5 M sodium nitrate, 0.1 M sodium acetate anhydrous, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.235
6MGN mouse Id1 (51-104) - human hE47 (348-399) complex 提交 2018-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 558–609（52 aa）片段：unp residues 558-609	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M potassium phosphate (pH 6.0), 0.25 M NaCl, 22.5% PEG8000.	分辨率 1.90 Å R-free 0.217

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFE2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–82； UniProt 535–613

RHOMBOTIN-2

HOMO SAPIENS

UniProt P25791

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 25–156	片段：LIM, RESIDUES 25-156	T-CELL ACUTE LYMPHOCYTIC LEUKEMIA PROTEIN 1 × 1 （P17542） TRANSCRIPTION FACTOR E2-ALPHA × 1 （P15923） LIM DOMAIN-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q86U70） EBOX FORWARD × 1 EBOX REVERSE × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；5 % (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 40 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 AND 2MM GLUTATHIONE	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YPA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2XJY Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, P21 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；25% PEG 1500 AND 100 MM SPG, BUFFER PH 4.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
4KFZ Crystal structure of LMO2 and anti-LMO2 VH complex 提交 2013-04-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–158（150 aa）片段：UNP residues 9-158	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100mM MES monohydrate pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate, and additive 1, 6 hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
4KFZ Crystal structure of LMO2 and anti-LMO2 VH complex 提交 2013-04-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 9–158（150 aa）片段：UNP residues 9-158	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100mM MES monohydrate pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate, and additive 1, 6 hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
4KFZ Crystal structure of LMO2 and anti-LMO2 VH complex 提交 2013-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 9–158（150 aa）片段：UNP residues 9-158	未记录	ZN ZINC ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100mM MES monohydrate pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate, and additive 1, 6 hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
4KFZ Crystal structure of LMO2 and anti-LMO2 VH complex 提交 2013-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 9–158（150 aa）片段：UNP residues 9-158	未记录	ZN ZINC ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100mM MES monohydrate pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate, and additive 1, 6 hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.258

共 3 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBTN2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 14–145； UniProt 25–156

LIM DOMAIN-BINDING PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

UniProt Q86U70

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 336–375	片段：LID, RESIDUES 336-375	T-CELL ACUTE LYMPHOCYTIC LEUKEMIA PROTEIN 1 × 1 （P17542） TRANSCRIPTION FACTOR E2-ALPHA × 1 （P15923） RHOMBOTIN-2 × 1 （P25791） EBOX FORWARD × 1 EBOX REVERSE × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；5 % (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 40 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 AND 2MM GLUTATHIONE	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YPA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2XJY Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, P21 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 334–368（35 aa）片段：RESIDUES 334-368	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；25% PEG 1500 AND 100 MM SPG, BUFFER PH 4.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 334–368（35 aa）片段：RESIDUES 334-368	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 334–368（35 aa）片段：RESIDUES 334-368	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 334–368（35 aa）片段：RESIDUES 334-368	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 334–368（35 aa）片段：RESIDUES 334-368	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 334–368（35 aa）片段：RESIDUES 334-368	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
6TYD Structure of human LDB1 in complex with SSBP2 提交 2019-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 20–249（230 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；100 mM lithium sulfate monohydrate, 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1% v/v PEG400, 10mM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.281
7OB5 Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with LDB1 phosphopeptide 提交 2021-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 401–411（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.095 M Hepes pH 7.1, 28% PEG 400, 0.19 M CaCl2 and 5 % Glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.171
7OB8 Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with LDB1 phosphopeptide and stabilizer Fusicoccin-A 提交 2021-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 401–411（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FSC FUSICOCCIN × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.095 M Hepes pH 7.1, 28%PEG 400, 0.19 M CaCl2 and 5 % Glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.199
8HIB The crystal structure of Pygo2-LDB1-SSBP2 triple complex 提交 2022-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 V 20–249（230 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100 mM Li2SO4, 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1% v/v PEG400, and 10 mM DTT	分辨率 2.45 Å R-free 0.246
8SSU ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 19mer DNA 提交 2023-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 195–258（64 aa）片段：Zinc finger domains 3-11 of CTCF, Residues 195-258 of LDB1	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane/pH 6.4, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
9F5B Identification of zinc ions in LMO4. 提交 2024-04-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 336–375（40 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.25 M Sodium Malonate pH 7, 20 % v/w PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.234

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LDB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 12–51； UniProt 336–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ypa
沉积日期 deposition_date	2012-10-30
结构标题 title	Structure of the SCL:E47:LMO2:LDB1 complex bound to DNA
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM, HEMATOPOIESIS, LEUKEMIA; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.40 Å
零角强度 I(0) i0	38666900.00
分子量 molecular_weight	41971.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49968 Å³
包络体积 envelope_volume	70025 Å³
水化壳体积 shell_volume	23155 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.23 Å
包络 Rg envelope_rg	26.68 Å
形状 Rg shape_rg	26.40 Å
总 Rg total_rg	26.99 Å
总原子数 total_atoms	2894
残基数 n_residues	318
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8909
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.154
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.719
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4005000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-CELL ACUTE LYMPHOCYTIC LEUKEMIA PROTEIN 1
分子量 formula_weight	10721.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2894

MGSSHHHHHHSQDPEISDGPHTKVVRRIFTNSRERWRQQNVNGAFAELRKLIPTHPPDKKLSKNEILRLAMKYINFLAKLLNDQEEEGTQR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION FACTOR E2-ALPHA
分子量 formula_weight	9674.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MADLSLEEKDLRDRERRMANNARERVRVRDINEAFRELGRMCQMHLKSDKAQTKLLILQQAVQVILGLEQQVRERNLNPKAA

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RHOMBOTIN-2
分子量 formula_weight	17007.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSQDPSLLTCGGCQQNIGDRYFLKAIDQYWHEDCLSCDLCGCRLGEVGRRLYYKLGRKLCRRDYLRLFGQDGLCASCDKRIRAYEMTMRVKDKVYHLECFKCAACQKHFCVGDRYLLINSDIVCEQDIYEWTKING

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	LIM DOMAIN-BINDING PROTEIN 1
分子量 formula_weight	5244.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GGSGGHMGSGGDVMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQFDAANGIDDE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	EBOX FORWARD
分子量 formula_weight	3284.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

ACCATCTGTTC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	EBOX REVERSE
分子量 formula_weight	3422.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GAACAGATGGT

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2ypaA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2ypaB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2ypaC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

结构域编号 domain_id	2ypaC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.966 Å
晶胞边长 b length_b	141.044 Å
晶胞边长 c length_c	148.793 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	F 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	22
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.150 Å
R 因子 r_factor	0.2261
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2695

fit	/app/data/saxs_computation/yp/2ypa/2ypa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yp/2ypa/2ypa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yp/2ypa/2ypa.dat

Structure of the SCL:E47:LMO2:LDB1 complex bound to DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-CELL ACUTE LYMPHOCYTIC LEUKEMIA PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TRANSCRIPTION FACTOR E2-ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RHOMBOTIN-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LIM DOMAIN-BINDING PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)