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2yro

Solution structure of the C-terminal Gal-bind lectin protein from Human Galectin-8

Method: SOLUTION NMR Dmax: 55.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galectin-8

Homo sapiens

UniProt O00214

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 175–316 片段：Gal-bind_lectin domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.28mM Gal-binding lectin U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 2YRO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3AP4 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose 提交 2010-10-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 12% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.33 Å R-free 0.251
3AP4 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose 提交 2010-10-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 12% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.33 Å R-free 0.251
3AP4 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose 提交 2010-10-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 12% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.33 Å R-free 0.251
3AP4 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose 提交 2010-10-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 12% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.33 Å R-free 0.251
3AP5 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain 提交 2010-10-11 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 125mM ammonium fluoride, 8% PEG 3350 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.92 Å R-free 0.237
3AP6 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose 3'-sulfate 提交 2010-10-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose 3'-sulfate, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 9% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.58 Å R-free 0.242
3AP6 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose 3'-sulfate 提交 2010-10-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose 3'-sulfate, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 9% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.58 Å R-free 0.242
3AP6 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose 3'-sulfate 提交 2010-10-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose 3'-sulfate, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 9% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.58 Å R-free 0.242
3AP6 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose 3'-sulfate 提交 2010-10-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose 3'-sulfate, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 9% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.58 Å R-free 0.242
3AP7 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose sialic acid 提交 2010-10-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose sialic acid, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 80mM ammonium fluoride, 7.5% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.53 Å R-free 0.188
3AP9 Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with Lacto-N-fucopentaose III 提交 2010-10-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM Lacto-N-fucopentaose III, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 12% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.33 Å R-free 0.178
3APB Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with iodide 提交 2010-10-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 IOD IODIDE ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.55mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 125mM ammonium fluoride, 8% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.95 Å R-free 0.242
3APB Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with iodide 提交 2010-10-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–154（154 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 IOD IODIDE ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.55mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 125mM ammonium fluoride, 8% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.95 Å R-free 0.242
3OJB Crystal structure of C-terminal domain of human galectin-8 提交 2010-08-21 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 186–315（130 aa） 片段：C-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；27.5% PEG 8000, 0.2M ammonium phosphate, 6.5% Ethylene Glycol, 0.1M Na Cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 3.01 Å R-free 0.292
3OJB Crystal structure of C-terminal domain of human galectin-8 提交 2010-08-21 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 186–315（130 aa） 片段：C-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；27.5% PEG 8000, 0.2M ammonium phosphate, 6.5% Ethylene Glycol, 0.1M Na Cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 3.01 Å R-free 0.292
3OJB Crystal structure of C-terminal domain of human galectin-8 提交 2010-08-21 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 186–315（130 aa） 片段：C-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；27.5% PEG 8000, 0.2M ammonium phosphate, 6.5% Ethylene Glycol, 0.1M Na Cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 3.01 Å R-free 0.292
3OJB Crystal structure of C-terminal domain of human galectin-8 提交 2010-08-21 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 186–315（130 aa） 片段：C-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；27.5% PEG 8000, 0.2M ammonium phosphate, 6.5% Ethylene Glycol, 0.1M Na Cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 3.01 Å R-free 0.292
3VKL Protease-resistant mutant form of human Galectin-8 in complex with two lactose molecules 提交 2011-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–155（155 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
链 A 184–317（134 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；2-3%(v/v) 1,4-dioxane, 9-10%(w/v) PEG20000, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.264
3VKL Protease-resistant mutant form of human Galectin-8 in complex with two lactose molecules 提交 2011-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–155（155 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
链 B 184–317（134 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；2-3%(v/v) 1,4-dioxane, 9-10%(w/v) PEG20000, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.264
3VKM Protease-resistant mutant form of Human Galectin-8 in complex with sialyllactose and lactose 提交 2011-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–155（155 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
链 A 184–317（134 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；2-3%(v/v) 1,4-dioxane, 9-10%(w/v) PEG20000, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.98 Å R-free 0.261
3VKM Protease-resistant mutant form of Human Galectin-8 in complex with sialyllactose and lactose 提交 2011-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–155（155 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
链 B 184–317（134 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；2-3%(v/v) 1,4-dioxane, 9-10%(w/v) PEG20000, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.98 Å R-free 0.261
3VKN Galectin-8 N-terminal domain in free form 提交 2011-11-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–153（153 aa） 片段：N-TERMINAL CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；30%(v/v) PEG 400, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.98 Å R-free 0.251
3VKN Galectin-8 N-terminal domain in free form 提交 2011-11-18 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–153（153 aa） 片段：N-TERMINAL CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；30%(v/v) PEG 400, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.98 Å R-free 0.251
3VKO Galectin-8 N-terminal domain in complex with sialyllactosamine 提交 2011-11-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–153（153 aa） 片段：N-TERMINAL CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；30%(v/v) PEG400, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.08 Å R-free 0.249
3VKO Galectin-8 N-terminal domain in complex with sialyllactosamine 提交 2011-11-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–153（153 aa） 片段：N-TERMINAL CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；30%(v/v) PEG400, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.08 Å R-free 0.249
4BMB Crystal structure of the N terminal domain of human Galectin 8 提交 2013-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–153（150 aa） 片段：N TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 4-153
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% W/V PEG 4000, 100 MM HEPES SODIUM SALT (PH 7.2) AND 10 MM ZINC CHLORIDE
分辨率 1.35 Å R-free 0.177
4BME Crystal structure of the N terminal domain of human Galectin 8, F19Y mutant 提交 2013-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–155（152 aa） 片段：N TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 4-155
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 30% W/V PEG 4000, 100 MM MES SODIUM SALT (PH 6.5)
分辨率 2.00 Å R-free 0.241
4BME Crystal structure of the N terminal domain of human Galectin 8, F19Y mutant 提交 2013-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 4–155（152 aa） 片段：N TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 4-155
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 30% W/V PEG 4000, 100 MM MES SODIUM SALT (PH 6.5)
分辨率 2.00 Å R-free 0.241
4FQZ Crystal structure of a protease-resistant mutant form of human galectin-8 提交 2012-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–155（155 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
链 A 184–317（134 aa） 片段：N-terminal carbohydrate recognition domain, C-terminal carbohydrate recognition domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；10% PEG 20000, 0.1M Bicine, 2% Dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.253
4GXL The crystal structure of Galectin-8 C-CRD in complex with NDP52 提交 2012-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 186–317（132 aa） 片段：UNP residues 186-317
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；2% PEG 400, 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.02 Å R-free 0.216
4HAN Crystal structure of Galectin 8 with NDP52 peptide 提交 2012-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–155（155 aa） 片段：UNP residues 1-155. 184-317
链 A 184–317（134 aa） 片段：UNP residues 1-155. 184-317
链 B 1–155（155 aa） 片段：UNP residues 1-155. 184-317
链 B 184–317（134 aa） 片段：UNP residues 1-155. 184-317
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M Tris-Hcl pH8.5, 30~34% (v/w) PEG400, 200mM LiSO4, and 10mM Nicotinamide adenine dinucleotide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.55 Å R-free 0.214
5GZC Crystal structure of Galectin-8 N-CRD with part of linker 提交 2016-09-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–158（152 aa） 片段：carbohydrate recognition domain (UNP RESIDUES 7-158)
未记录 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 2000MME
分辨率 1.08 Å R-free 0.163
5GZD Galectin-8 N-terminal domain carbohydrate recognition domain 提交 2016-09-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–154（148 aa） 片段：carbohydrate recognition domain (UNP RESIDUES 7-154)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 2000MME
分辨率 1.19 Å R-free 0.212
5GZE Galectin-8 N-terminal domain carbohydrate recognition domain 提交 2016-09-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–154（148 aa） 片段：carbohydrate recognition domain (UNP RESIDUES 7-154)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 2000MME
分辨率 1.32 Å R-free 0.278
5GZF Galectin-8 N-terminal domain carbohydrate recognition domain 提交 2016-09-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–186（186 aa） 片段：carbohydrate recognition domain (UNP RESIDUES 1-186)
未记录 NA SODIUM ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris pH 8.5, 0.01M NiCl2, 20% (W/V) PEG 2000 MME
分辨率 2.00 Å R-free 0.218
5GZG Galectin-8 N-terminal domain carbohydrate recognition domain 提交 2016-09-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–186（186 aa） 片段：carbohydrate recognition domain (UNP RESIDUES 1-186)
未记录 NA SODIUM ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M Tris pH 8.5, 0.01M NiCl2,20% (W/V) PEG2000 MME
分辨率 2.00 Å R-free 0.258
5T7I Crystal structure of galectin-8N in complex with LNnT 提交 2016-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–155（155 aa） 片段：N-terminal Domaine (UNP residues 1-155)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10 mM sodium phosphate, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 1.8 mM potassium phosphate
分辨率 2.00 Å R-free 0.217
5T7S Crystal structure of galectin-8N in complex with Lactose 提交 2016-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–155（155 aa） 片段：N-terminal Domaine (UNP residues 1-155)
突变：M56V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10 mM sodium phosphate, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 1.8 mM potassium phosphate
分辨率 1.90 Å R-free 0.180
5T7T Galectin-8 N terminal domain in complex with LNT 提交 2016-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–155（155 aa） 片段：N-terminal Domaine (UNP residues 1-155)
突变：M56V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10 mM sodium phosphate, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 1.8 mM potassium phosphate
分辨率 1.96 Å R-free 0.215
5T7U Crystal structure of galectin-8N in complex with Glycerol 提交 2016-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–155（155 aa） 片段：N-terminal Domaine (UNP residues 1-155)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10 mM sodium phosphate, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 1.8 mM potassium phosphate
分辨率 1.58 Å R-free 0.147
5VWG Galectin-8 N terminal domain in complex with Methyl 3-O-[1-carboxyethyl]-beta-D-galactopyranoside 提交 2017-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–155（155 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-155)
突变：M56V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 9QG methyl 3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-beta-D-galactopyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；10 mM sodium phosphate, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 1.8 mM potassium phosphate
分辨率 2.10 Å R-free 0.251
6W4Z Galectin-8N terminal domain in complex with Methyl 3-O-[3-O-benzyloxy]-malonyl-beta-D-galactopyranoside 提交 2020-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–154（153 aa）
突变：M54V SZS methyl 3-O-[3-(benzyloxy)-3-oxopropanoyl]-beta-D-galactopyranoside × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1M sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% PEG 4000, 10% IPA
分辨率 1.59 Å R-free 0.226
6W4Z Galectin-8N terminal domain in complex with Methyl 3-O-[3-O-benzyloxy]-malonyl-beta-D-galactopyranoside 提交 2020-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–154（153 aa）
突变：M54V SZS methyl 3-O-[3-(benzyloxy)-3-oxopropanoyl]-beta-D-galactopyranoside × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1M sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% PEG 4000, 10% IPA
分辨率 1.59 Å R-free 0.226
6Z6Y Galectin-8 N-terminal domain in complex with a sulfatide mimicking a sphingolipid 提交 2020-05-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 5–160（156 aa）
未记录 L4L [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(2~{S})-2-acetamido-3-oxidanylidene-pent-4-enoxy]-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-4-yl] hydrogen sulfate × 1 ACT ACETATE ION × 6 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；298 K；0.1 M Na-HEPES, pH 7.6, 10% PEG 4000 and 20% Isopropanol
分辨率 1.34 Å R-free 0.194
7AEN Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with methyl 3-O-((7-carboxy)quinolin-2-yl)-methoxy)-beta-D-galactopyranoside 提交 2020-09-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–156（150 aa）
未记录 R8B methyl 3-O-((7-carboxy) quinolin-2-yl)-methyl)-beta-D-galactopyranoside × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 8；293.5 K；buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 mM lactose, 25% (w/v) PEG 2000 MME, 20% ethylene glycol (EG) and 1 mM TCEP) and flash-frozen in liquid nitrogen. A co-crystal with lactose, grown from a seeded drop with 24% (w/v) PEG 2000 MME in the reservoir, was used to soak in compound 1 by transferring crystals in three steps to different soaking drops. First to a 2 ul drop with glycerol ( 20% (v/v) glycerol, 25% (w/v PEG 2000 MME, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP) and secondly to a 2 ul drop with 10 mM compound 1 (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM compound 1, 25% (w/v) PEG 2000 MME and 1 mM TCEP) and thirdly to a second drop with 5 mM compound 1 (same composition as before).
分辨率 1.60 Å R-free 0.212
7AEN Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with methyl 3-O-((7-carboxy)quinolin-2-yl)-methoxy)-beta-D-galactopyranoside 提交 2020-09-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 7–156（150 aa）
未记录 R8B methyl 3-O-((7-carboxy) quinolin-2-yl)-methyl)-beta-D-galactopyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 8；293.5 K；buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 mM lactose, 25% (w/v) PEG 2000 MME, 20% ethylene glycol (EG) and 1 mM TCEP) and flash-frozen in liquid nitrogen. A co-crystal with lactose, grown from a seeded drop with 24% (w/v) PEG 2000 MME in the reservoir, was used to soak in compound 1 by transferring crystals in three steps to different soaking drops. First to a 2 ul drop with glycerol ( 20% (v/v) glycerol, 25% (w/v PEG 2000 MME, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP) and secondly to a 2 ul drop with 10 mM compound 1 (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM compound 1, 25% (w/v) PEG 2000 MME and 1 mM TCEP) and thirdly to a second drop with 5 mM compound 1 (same composition as before).
分辨率 1.60 Å R-free 0.212
7ALS Alpha and beta Lactose isomer structure of Galectin 8, N-terminal domain 提交 2020-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–158（155 aa）
链 B 4–158（155 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.5 K；24% (w/v) PEG 2000 MME
分辨率 1.35 Å R-free 0.199
7P11 Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with quinoline D-galactal ligand 提交 2021-07-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–156（150 aa）
未记录 5KM 2-[[(2~{R},3~{R},4~{R})-2-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-3,4-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl]oxymethyl]quinoline-7-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 8；293.5 K；Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 mM lactose, 25% (w/v) PEG 2000 MME, 20% ethylene glycol (EG) and 1 mM TCEP) and flash-frozen in liquid nitrogen. A co-crystal with lactose, grown from a seeded drop with 24% (w/v) PEG 2000 MME in the reservoir, was used to soak in compound 1 by transferring crystals in three steps to different soaking drops. First to a 2 ul drop with glycerol ( 20% (v/v) glycerol, 25% (w/v PEG 2000 MME, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP) and secondly to a 2 ul drop with 10 mM compound 1 (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM compound 1, 25% (w/v) PEG 2000 MME and 1 mM TCEP) and thirdly to a second drop with 5 mM compound 1 (same composition as before).
分辨率 2.10 Å R-free 0.263
7P11 Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with quinoline D-galactal ligand 提交 2021-07-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 6–156（151 aa）
未记录 5KM 2-[[(2~{R},3~{R},4~{R})-2-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-3,4-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl]oxymethyl]quinoline-7-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 8；293.5 K；Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 mM lactose, 25% (w/v) PEG 2000 MME, 20% ethylene glycol (EG) and 1 mM TCEP) and flash-frozen in liquid nitrogen. A co-crystal with lactose, grown from a seeded drop with 24% (w/v) PEG 2000 MME in the reservoir, was used to soak in compound 1 by transferring crystals in three steps to different soaking drops. First to a 2 ul drop with glycerol ( 20% (v/v) glycerol, 25% (w/v PEG 2000 MME, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP) and secondly to a 2 ul drop with 10 mM compound 1 (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM compound 1, 25% (w/v) PEG 2000 MME and 1 mM TCEP) and thirdly to a second drop with 5 mM compound 1 (same composition as before).
分辨率 2.10 Å R-free 0.263
7P1M Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with benzimidazole D-galactal ligand 提交 2021-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 6–156（151 aa）
链 B 6–156（151 aa）
未记录 4IU 2-[[(2R,3R,4R)-2-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-3,4-dihydro-2H-pyran-4-yl]oxymethyl]-3-methyl-benzimidazole-5-carboxylic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 8；293.5 K；Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 mM lactose, 25% (w/v) PEG 2000 MME, 20% ethylene glycol (EG) and 1 mM TCEP) and flash-frozen in liquid nitrogen. A co-crystal with lactose, grown from a seeded drop with 24% (w/v) PEG 2000 MME in the reservoir, was used to soak in compound 1 by transferring crystals in three steps to different soaking drops. First to a 2 ul drop with glycerol ( 20% (v/v) glycerol, 25% (w/v PEG 2000 MME, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP) and secondly to a 2 ul drop with 10 mM compound 1 (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM compound 1, 25% (w/v) PEG 2000 MME and 1 mM TCEP) and thirdly to a second drop with 5 mM compound 1 (same composition as before).
分辨率 1.52 Å R-free 0.207
8HL9 Crystal structure of Galectin-8 C-CRD with part of linker 提交 2022-11-29 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 171–317（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M MgCl2, 30% (W/V) PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.251
9FXZ Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with 4-(bromophenyl)phthalazinone D-galactal ligand 提交 2024-07-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–317（317 aa）
未记录 V19 4-(4-bromophenyl)-2-[[(2~{R},3~{R},4~{R})-2-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-3,4-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl]oxymethyl]phthalazin-1-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.5 K；A co-crystal with lactose, grown from 12 mg/ml galectin-8N in 10 mM lactose, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 1 mM TCEP and 150 mM sodium chloride mixed with 25% (w/v) PEG 2000 MME) in a hanging drop, was used to soak the compound by transferring crystals in three steps to soaking drops. These were 2 uL drops with a soaking solution of 20% ethylene glycol, 25% PEG 2000 MME, 10 mM Tris pH 8, 1 mM TCEP, 50 mM NaCl, and 2 mM compound 10. The incubation times in the first two drops were about 10 min and in the third drop about 24 h. Then the crystals were transferred to a cryo solution with the same constituents and flash-frozen in liquid nitrogen.
分辨率 1.30 Å R-free 0.200
9FXZ Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with 4-(bromophenyl)phthalazinone D-galactal ligand 提交 2024-07-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–317（317 aa）
未记录 V19 4-(4-bromophenyl)-2-[[(2~{R},3~{R},4~{R})-2-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-3,4-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl]oxymethyl]phthalazin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.5 K；A co-crystal with lactose, grown from 12 mg/ml galectin-8N in 10 mM lactose, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 1 mM TCEP and 150 mM sodium chloride mixed with 25% (w/v) PEG 2000 MME) in a hanging drop, was used to soak the compound by transferring crystals in three steps to soaking drops. These were 2 uL drops with a soaking solution of 20% ethylene glycol, 25% PEG 2000 MME, 10 mM Tris pH 8, 1 mM TCEP, 50 mM NaCl, and 2 mM compound 10. The incubation times in the first two drops were about 10 min and in the third drop about 24 h. Then the crystals were transferred to a cryo solution with the same constituents and flash-frozen in liquid nitrogen.
分辨率 1.30 Å R-free 0.200
9FYJ N-terminal domain of human galectin-8 in complex with an alpha-galactoside ligand 提交 2024-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–156（153 aa）
链 B 4–156（153 aa）
未记录 A1IHE 2-[[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-(3,4-dichlorophenyl)sulfanyl-6-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-3-prop-2-ynoxy-oxan-4-yl]oxymethyl]-3-methyl-benzimidazole-5-carboxylic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Drops consisted of 2 ul galectin-8N at 13.1 mg/ml in PBS buffer, 1 mM ligand, 5% DMSO mixed with 2 ul of reservoir solution consisting of 35% (w/v) Morpheus precipitant mix 4, 0.16 M Morpheus alcohol mix, 61 mM MES, 39 mM imidazole, pH 7.5. Morpheus precipitant mix 4 is made up of 25% (w/v) each of methane pentane diol (MPD), polyethylene glycol (PEG) 1000 and PEG 3350. Morpheus alcohol mix contains 0.2 M each of 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol and 1,3-propanediol (1.2 M total).
分辨率 1.08 Å R-free 0.150
9KH4 Crystal structure of Galectin-8 N-CRD with N-acetyllactosamine 提交 2024-11-09 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–153（150 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 RNQ ~{N}-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2,4-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]ethanamide × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG
分辨率 1.75 Å R-free 0.212

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 LEG8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–149； UniProt 175–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2yro

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2yro
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2yro
沉积日期 deposition_date2007-04-02
结构标题 titleSolution structure of the C-terminal Gal-bind lectin protein from Human Galectin-8
关键词 keywords;Gal-bind lectin, galectin, sugar binding, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, SUGAR BINDING PROTEIN ;; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.29 Å
零角强度 I(0) i01605490000.00
分子量 molecular_weight340230.0 kDa
排除体积 excluded_volume425800 ų
包络体积 envelope_volume50669 ų
水化壳体积 shell_volume21653 ų
包络直径 envelope_diameter65.1 Å
壳层 Rg shell_rg26.15 Å
包络 Rg envelope_rg19.60 Å
形状 Rg shape_rg15.26 Å
总 Rg total_rg15.56 Å
总原子数 total_atoms47740
残基数 n_residues3100
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.4 Å
Rg (实空间) rg_real15.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1605000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7715
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary20.3 Å
偏度 Skewness skewness0.148
峰度 Kurtosis kurtosis-0.209
角度范围 angular_range— – 0.4950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha732400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.676; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2yroa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2yroa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2yroa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2yroA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)