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2yse

Solution structure of the second WW domain from the human membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1. MAGI-1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 50.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96QZ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 355–401 片段：WW domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.0mM sample U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2YSE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WBP SRPK1 bound to 9mer docking motif peptide 提交 2004-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1382–1390（9 aa） 片段：RESIDUES 1382-1390
未记录 ACT ACETATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；100MM SODIUM CITRATE PH5.6, 200MM AMMONIUM ACETATE, 15%PEG3350, 5MM PEPTIDE, 5MM ADP, 10MM MGCL2, pH 7.00
分辨率 2.40 Å R-free 0.247
2KPK MAGI-1 PDZ1 提交 2009-10-16 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 455–580（126 aa） 片段：UNP residues 455-580
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；295 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.2-0.6mM MAGI-1 PDZ1-1, 0.02-0.10mM sodium phosphate-2, 50mM sodium chloride-3, 2mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2-0.6mM [U-15N] MAGI-1 PDZ1-5, 0.02-0.10mM sodium phosphate-6, 50mM sodium chloride-7, 2mM DTT-8, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2-0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MAGI-1 PDZ1-9, 0.02-0.10mM sodium phosphate-10, 50mM sodium chloride-11, 2mM DTT-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KPL MAGI-1 PDZ1 / E6CT 提交 2009-10-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 455–580（126 aa） 片段：UNP residues 455-580
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；295 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.2-0.6mM MAGI-1 PDZ1-1, 0.02-0.10mM sodium phosphate-2, 50mM sodium chloride-3, 2mM DTT-4, 0.6-1.8mM E6CT-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2-0.6mM [U-15N] MAGI-1 PDZ1-6, 0.02-0.10mM sodium phosphate-7, 50mM sodium chloride-8, 2mM DTT-9, 0.6-1.8mM E6CT-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2-0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MAGI-1 PDZ1-11, 0.02-0.10mM sodium phosphate-12, 50mM sodium chloride-13, 2mM DTT-14, 0.6-1.8mM E6CT-15, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2Q9V Crystal structure of the C890S mutant of the 4th PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase 提交 2007-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 839–922（84 aa） 片段：4th PDZ Domain
突变：C890S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；1:2 Protein:Well solution ratio, 20% PEG 3350, 10% Ethylene glycol, 200 mM Sodium acetate, 100 mM BTP pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.233
2R4H Crystal structure of a C1190S mutant of the 6th PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase 提交 2007-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1149–1233（85 aa） 片段：6th PDZ domain: Residues 1149-1233
突变：C1190S HIS HISTIDINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.258
2R4H Crystal structure of a C1190S mutant of the 6th PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase 提交 2007-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1149–1233（85 aa） 片段：6th PDZ domain: Residues 1149-1233
突变：C1190S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.258
2R4H Crystal structure of a C1190S mutant of the 6th PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase 提交 2007-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1149–1233（85 aa） 片段：6th PDZ domain: Residues 1149-1233
突变：C1190S HIS HISTIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.258
2YSD Solution structure of the first WW domain from the human membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1. MAGI-1 提交 2007-04-03 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 295–338（44 aa） 片段：WW domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.2mM sample U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2ZAJ Solution structure of the short-isoform of the second WW domain from the human membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1 (MAGI-1) 提交 2007-10-05 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–390（36 aa） 片段：WW 2 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 0.7mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3BPU Crystal structure of the 3rd PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase, C677S and C709S double mutant 提交 2007-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 640–721（82 aa） 片段：3rd PDZ domain: Residues 640-721
突变：C677S, C709S ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；0.05M Zn acetate pH 6.2, 30% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.251
5N7D MAGI-1 complexed with a RSK1 peptide 提交 2017-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 455–558（104 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；296 K；8% PEG 400, 100 mM acetate buffer
分辨率 2.30 Å R-free 0.227
5N7D MAGI-1 complexed with a RSK1 peptide 提交 2017-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 455–558（104 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；296 K；8% PEG 400, 100 mM acetate buffer
分辨率 2.30 Å R-free 0.227
5N7F MAGI-1 complexed with a pRSK1 peptide 提交 2017-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 454–558（105 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；14% PEG 8000, 200 mM MgCl2, 100 mM TRIS
分辨率 2.30 Å R-free 0.240
5N7F MAGI-1 complexed with a pRSK1 peptide 提交 2017-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 454–558（105 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；14% PEG 8000, 200 mM MgCl2, 100 mM TRIS
分辨率 2.30 Å R-free 0.240
5N7G MAGI-1 complexed with a synthetic pRSK1 peptide 提交 2017-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 455–558（104 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；14% PEG 8000, 200 mM MgCl2, 100 mM TRIS
分辨率 2.95 Å R-free 0.264
5N7G MAGI-1 complexed with a synthetic pRSK1 peptide 提交 2017-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 455–558（104 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；14% PEG 8000, 200 mM MgCl2, 100 mM TRIS
分辨率 2.95 Å R-free 0.264
6TWU MAGI1_2 complexed with a phosphomimetic 16E6 peptide 提交 2020-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 458–558（101 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CIT CITRIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；22% PEG3000, 100mM Na-citrate (pH5.5), 100mM Na-citrate
分辨率 2.40 Å R-free 0.255
6TWU MAGI1_2 complexed with a phosphomimetic 16E6 peptide 提交 2020-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 458–558（101 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 CIT CITRIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；22% PEG3000, 100mM Na-citrate (pH5.5), 100mM Na-citrate
分辨率 2.40 Å R-free 0.255
6TWX MAGI1_2 complexed with a phosphorylated 16E6 peptide 提交 2020-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 455–558（104 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 CIT CITRIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；22% PEG3000, 100mM Na-citrate (5.5), 100mM Na-citrate
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
6TWX MAGI1_2 complexed with a phosphorylated 16E6 peptide 提交 2020-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 455–558（104 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 CIT CITRIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；22% PEG3000, 100mM Na-citrate (5.5), 100mM Na-citrate
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
6TWY MAGI1_2 complexed with a phosphomimetic RSK1 peptide 提交 2020-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 458–558（101 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CIT CITRIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；22% PEG3000, 100mM Na-citrate (pH 5.5), 100mM Na-citrate
分辨率 2.30 Å R-free 0.250
6TWY MAGI1_2 complexed with a phosphomimetic RSK1 peptide 提交 2020-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 458–558（101 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 CIT CITRIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；22% PEG3000, 100mM Na-citrate (pH 5.5), 100mM Na-citrate
分辨率 2.30 Å R-free 0.250
7P71 The PDZ domain of MAGI1_2 complexed with the PDZ-binding motif of HPV35-E6 提交 2021-07-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 455–558（104 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% polyethylene glycol 3000, 100 mM sodium citrate buffered at pH 5.5 and 100 mM trisodium-citrate
分辨率 2.60 Å R-free 0.281
7P71 The PDZ domain of MAGI1_2 complexed with the PDZ-binding motif of HPV35-E6 提交 2021-07-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 455–558（104 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% polyethylene glycol 3000, 100 mM sodium citrate buffered at pH 5.5 and 100 mM trisodium-citrate
分辨率 2.60 Å R-free 0.281

共 15 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAGI1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–54； UniProt 355–401

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2yse

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2yse
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2yse
沉积日期 deposition_date2007-04-03
结构标题 titleSolution structure of the second WW domain from the human membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1. MAGI-1
关键词 keywords;MAGI-1, WW domain, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.78 Å
零角强度 I(0) i0258637000.00
分子量 molecular_weight131820.0 kDa
排除体积 excluded_volume163440 ų
包络体积 envelope_volume24985 ų
水化壳体积 shell_volume12659 ų
包络直径 envelope_diameter58.4 Å
壳层 Rg shell_rg22.73 Å
包络 Rg envelope_rg18.96 Å
形状 Rg shape_rg13.74 Å
总 Rg total_rg14.16 Å
总原子数 total_atoms18260
残基数 n_residues1200
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.8 Å
Rg (实空间) rg_real14.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal258600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8146
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.5 Å
偏度 Skewness skewness0.565
峰度 Kurtosis kurtosis-0.110
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha80340.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.663; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.612; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)