2yvj

Crystal structure of the ferredoxin-ferredoxin reductase (BPHA3-BPHA4)complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin reductase

Pseudomonas sp.

UniProt Q52437

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–408 链 P; UniProt 1–408 未记录 Biphenyl dioxygenase ferredoxin subunit × 1 (Q52440) FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;0.1M MES, 30%(W/V) PEG4000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.90 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q52437_PSES1
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–408; UniProt 1–408 作者链 P; PDB构建体 1–408; UniProt 1–408

Biphenyl dioxygenase ferredoxin subunit

Pseudomonas sp.

UniProt Q52440

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–109 未记录 Ferredoxin reductase × 2 (Q52437) FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;0.1M MES, 30%(W/V) PEG4000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.90 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPHA3_PSES1
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2yvj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2yvj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2yvj
沉积日期 deposition_date2007-04-12
结构标题 titleCrystal structure of the ferredoxin-ferredoxin reductase (BPHA3-BPHA4)complex
关键词 keywordselectron transfer, ferredoxin, ferredoxin reductase, OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX; OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.15
零角强度 I(0) i0163163000.00
分子量 molecular_weight99230.0 kDa
排除体积 excluded_volume123180 ų
包络体积 envelope_volume153790 ų
水化壳体积 shell_volume39966 ų
包络直径 envelope_diameter113.3
壳层 Rg shell_rg38.94
包络 Rg envelope_rg31.85
形状 Rg shape_rg32.15
总 Rg total_rg32.66
总原子数 total_atoms6967
残基数 n_residues909
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.1
Rg (实空间) rg_real32.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66
I(0) (实空间) i0_real1.6320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal163200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8876
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.7
偏度 Skewness skewness0.326
峰度 Kurtosis kurtosis-0.334
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha47280000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.879

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_idd2yvja1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd2yvja2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd2yvja3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.87 — CO dehydrogenase flavoprotein C-domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.87.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain
家族 Family familyd.87.1.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain
结构域编号 domain_idd2yvja4
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2yvjb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamilyb.33.1 — ISP domain
家族 Family familyb.33.1.1 — Rieske iron-sulfur protein (ISP)
结构域编号 domain_idd2yvjp1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd2yvjp2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd2yvjp3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.87 — CO dehydrogenase flavoprotein C-domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.87.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain
家族 Family familyd.87.1.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain
结构域编号 domain_idd2yvjp4
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id2yvjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id2yvjA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id2yvjA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain
结构域编号 domain_id2yvjB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain
结构域编号 domain_id2yvjP01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id2yvjP02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id2yvjP03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)