2z7f

Crystal structure of the complex of human neutrophil elastase with 1/2SLPI

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukocyte elastase

Homo sapiens

UniProt P08246

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 30–247 片段:Peptidase S1 domain Antileukoproteinase × 1 (P03973) alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.5;293 K;0.1M Na-Acetate, 2.0M Na-Formate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K 分辨率 1.70 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELNE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247

Antileukoproteinase

Homo sapiens

UniProt P03973

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 83–132 片段:WAP 2 domain Leukocyte elastase × 1 (P08246) alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.5;293 K;0.1M Na-Acetate, 2.0M Na-Formate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K 分辨率 1.70 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SLPI_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–50; UniProt 83–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2z7f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2z7f
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2z7f
沉积日期 deposition_date2007-08-20
结构标题 titleCrystal structure of the complex of human neutrophil elastase with 1/2SLPI
关键词 keywords;serine protease, serine protease inhibitor, Disease mutation, Glycoprotein, Hydrolase, Zymogen, Secreted, Hydrolase-Hydrolase inhibitor COMPLEX ;; Hydrolase/Hydrolase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.71
零角强度 I(0) i016371300.00
分子量 molecular_weight29529.0 kDa
排除体积 excluded_volume36680 ų
包络体积 envelope_volume43318 ų
水化壳体积 shell_volume19402 ų
包络直径 envelope_diameter65.3
壳层 Rg shell_rg25.30
包络 Rg envelope_rg19.34
形状 Rg shape_rg18.67
总 Rg total_rg19.76
总原子数 total_atoms2058
残基数 n_residues260
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.4
Rg (实空间) rg_real19.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40
I(0) (实空间) i0_real1.6370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.77
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16370000.0000
解质量估计 total_estimate0.8796
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.3
偏度 Skewness skewness0.284
峰度 Kurtosis kurtosis-0.300
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4279000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2z7fe_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd2z7fi_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.14 — Elafin-like
家族 Family familyg.3.14.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2z7fE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2z7fE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2z7fI00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Elafin-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)