2zjc

TNFR1 selectve TNF mutant; R1-6

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 77–233 链 B； UniProt 77–233 链 C； UniProt 77–233	片段：R1-6, UNP residues 77-233 突变：K11M, K65S, L29K, R31A, R32G, K90P, K98R, K112N, K128P, E146S, S147T	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2ZJC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A8M TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA, R31D MUTANT 提交 1998-03-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	突变：R31D 突变：R31D 突变：R31D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CRYSTALLIZED FROM 88% MGSO4, 1-2% PEG 400, 0.2 M MES, PH 5.5.	分辨率 2.30 Å R-free 0.240
1TNF THE STRUCTURE OF TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION. IMPLICATIONS FOR RECEPTOR BINDING 提交 1989-08-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
21TV Cryo-EM structure of the TNF-alpha-Ozoralizumab (OZR)-HSA complex 提交 2025-12-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）链 D 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.19 Å
21TW Cryo-EM structure of TNF-alpha in complex with two anti-TNF-alpha nanobodies, TNF30, derived from the TNF-alpha inhibitor Ozoralizumab (OZR) 提交 2025-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）链 D 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.43 Å
2AZ5 Crystal Structure of TNF-alpha with a small molecule inhibitor 提交 2005-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 86–233（148 aa）链 B 86–233（148 aa）链 C 86–233（148 aa）链 D 86–233（148 aa）	未记录	307 6,7-DIMETHYL-3-[(METHYL{2-[METHYL({1-[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]-1H-INDOL-3-YL}METHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)METHYL]-4H-CHROMEN-4-ONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.5 M Sodium Formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.278
2E7A TNF Receptor Subtype One-selective TNF Mutant with Antagonistic Activity 提交 2007-01-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	突变：K11M, K65S, A84S, V85T, S86T, Y87H, Q88N, T89Q, K90P, K98R, K112N, K128P 突变：K11M, K65S, A84S, V85T, S86T, Y87H, Q88N, T89Q, K90P, K98R, K112N, K128P 突变：K11M, K65S, A84S, V85T, S86T, Y87H, Q88N, T89Q, K90P, K98R, K112N, K128P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.05M HEPES pH7.5, 1.5%(w/v) 1,2,3-Heptanetriol, 12.5% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
2TUN CONFORMATIONAL CHANGES IN THE (ALA-84-VAL) MUTANT OF TUMOR NECROSIS FACTOR 提交 1993-10-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	突变：A84V 突变：A84V 突变：A84V 突变：A84V 突变：A84V 突变：A84V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
2TUN CONFORMATIONAL CHANGES IN THE (ALA-84-VAL) MUTANT OF TUMOR NECROSIS FACTOR 提交 1993-10-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	突变：A84V 突变：A84V 突变：A84V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
2TUN CONFORMATIONAL CHANGES IN THE (ALA-84-VAL) MUTANT OF TUMOR NECROSIS FACTOR 提交 1993-10-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	突变：A84V 突变：A84V 突变：A84V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
2ZPX TNF Receptor Subtype One-selective TNF Mutant with Antagonistic Activity; R1antTNF-T8 提交 2008-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 B 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 C 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	突变：K11M, K65S, A84T, V85P, S86A, Y87I, Q88N, T89R, K90P, K98R, K112N, K128P 突变：K11M, K65S, A84T, V85P, S86A, Y87I, Q88N, T89R, K90P, K98R, K112N, K128P 突变：K11M, K65S, A84T, V85P, S86A, Y87I, Q88N, T89R, K90P, K98R, K112N, K128P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG1500, 0.2M Calcium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.83 Å R-free 0.309
3ALQ Crystal structure of TNF-TNFR2 complex 提交 2010-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 77–233（157 aa）片段：soluble form 链 B 77–233（157 aa）片段：soluble form 链 C 77–233（157 aa）片段：soluble form	突变：K11M, K65S, K90P, K98R, K112N, K128P 突变：K11M, K65S, K90P, K98R, K112N, K128P 突变：K11M, K65S, K90P, K98R, K112N, K128P	CO COBALT (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
3ALQ Crystal structure of TNF-TNFR2 complex 提交 2010-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 77–233（157 aa）片段：soluble form 链 E 77–233（157 aa）片段：soluble form 链 F 77–233（157 aa）片段：soluble form	突变：K11M, K65S, K90P, K98R, K112N, K128P 突变：K11M, K65S, K90P, K98R, K112N, K128P 突变：K11M, K65S, K90P, K98R, K112N, K128P	CO COBALT (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
3IT8 Crystal structure of TNF alpha complexed with a poxvirus MHC-related TNF binding protein 提交 2009-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 82–233（152 aa）片段：Tumor necrosis factor, soluble form, UNP residues 82-233 链 B 82–233（152 aa）片段：Tumor necrosis factor, soluble form, UNP residues 82-233 链 C 82–233（152 aa）片段：Tumor necrosis factor, soluble form, UNP residues 82-233	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 6000, sodium citrate, 0.2M NaBr, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
3IT8 Crystal structure of TNF alpha complexed with a poxvirus MHC-related TNF binding protein 提交 2009-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 82–233（152 aa）片段：Tumor necrosis factor, soluble form, UNP residues 82-233 链 H 82–233（152 aa）片段：Tumor necrosis factor, soluble form, UNP residues 82-233 链 I 82–233（152 aa）片段：Tumor necrosis factor, soluble form, UNP residues 82-233	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 6000, sodium citrate, 0.2M NaBr, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
3L9J Selection of a novel highly specific TNFalpha antagonist: Insight from the crystal structure of the antagonist-TNFalpha complex 提交 2010-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 85–233（149 aa）片段：UNP residues 85-233	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 0.35M MgAc, 20% 2-propanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.217
3WD5 Crystal structure of TNFalpha in complex with Adalimumab Fab fragment 提交 2013-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）片段：Tumor necrosis factor, soluble form	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；30% PEG400, 0.1M sodium acetate trihydrate, 0.1M cadmium chloride hydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.275
4G3Y Crystal structure of TNF-alpha in complex with Infliximab Fab fragment 提交 2012-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 77–233（157 aa）片段：Tumor necrosis factor, soluble form	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；1.0M Na/K phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.235
4G3Y Crystal structure of TNF-alpha in complex with Infliximab Fab fragment 提交 2012-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 77–233（157 aa）片段：Tumor necrosis factor, soluble form	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；1.0M Na/K phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.235
4TSV HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TNF-ALPHA MUTANT 提交 1997-10-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 84–233（150 aa）	突变：DELETION OF N-TERMINAL SEVEN RESIDUES, L29S, S52I, Y56F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；1.4 M SODIUM FORMATE, pH 6.8	分辨率 1.80 Å R-free 0.262
4TWT Human TNFa dimer in complex with the semi-synthetic bicyclic peptide M21 提交 2014-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：Trimeric	链 A 77–233（157 aa）片段：UNP Residues 77-233 链 B 77–233（157 aa）片段：UNP Residues 77-233	未记录	GOL GLYCEROL × 4 38A (2,4,6-trimethylbenzene-1,3,5-triyl)trimethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25.5% PEG 8000, 0.085 M Na Cacodylate pH 6.5, 0.17M Ammonium Sulfate, 15% Glycerol.	分辨率 2.85 Å R-free 0.286
4TWT Human TNFa dimer in complex with the semi-synthetic bicyclic peptide M21 提交 2014-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：Trimeric	链 C 77–233（157 aa）片段：UNP Residues 77-233 链 D 77–233（157 aa）片段：UNP Residues 77-233	未记录	GOL GLYCEROL × 2 38A (2,4,6-trimethylbenzene-1,3,5-triyl)trimethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25.5% PEG 8000, 0.085 M Na Cacodylate pH 6.5, 0.17M Ammonium Sulfate, 15% Glycerol.	分辨率 2.85 Å R-free 0.286
5M2I Structure of human Tumor Necrosis Factor (TNF) in complex with the Llama VHH1 提交 2016-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；mixed 100 nL of protein 8 mg per ml in HEPES 10 mM pH 7.0 with 100 nL of precipitant solution containing 20% PEG3000 and 0.2M NaCl and 0.1M HEPES at pH 7.5.	分辨率 2.15 Å R-free 0.238
5M2I Structure of human Tumor Necrosis Factor (TNF) in complex with the Llama VHH1 提交 2016-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；mixed 100 nL of protein 8 mg per ml in HEPES 10 mM pH 7.0 with 100 nL of precipitant solution containing 20% PEG3000 and 0.2M NaCl and 0.1M HEPES at pH 7.5.	分辨率 2.15 Å R-free 0.238
5M2J Complex between human TNF alpha and Llama VHH2 提交 2016-10-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 to 300 nL of protein at 11 mg per ml in HEPES 10 mM pH 7.0 with 100 nL of precipitant solution containing 12% 130 mM NaCl and 366 mM CaCl2 and 70 mM CAPS pH 9.0 and 30 mM MES pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.196
5M2M Complex between human TNF alpha and Llama VHH3 提交 2016-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；mixing 100 to 300 nL of protein (9 mg per ml in HEPES 10 mM pH 7.0) with 100 nL of precipitant solution containing: 9% PEG3350, 8% PEG-MME550, 130 mM NaSO4, 70 mM BTP, 30 mM Mes, and 3 mM ZnSO4, 8.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
5M2M Complex between human TNF alpha and Llama VHH3 提交 2016-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 77–233（157 aa）链 I 77–233（157 aa）链 M 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；mixing 100 to 300 nL of protein (9 mg per ml in HEPES 10 mM pH 7.0) with 100 nL of precipitant solution containing: 9% PEG3350, 8% PEG-MME550, 130 mM NaSO4, 70 mM BTP, 30 mM Mes, and 3 mM ZnSO4, 8.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 B 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 U 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 W 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 Y 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 a 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 b 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 c 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 d 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 e 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 f 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 g 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 17 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 h 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 i 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 18 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 j 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 k 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 19 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 l 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 m 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 D 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 20 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 n 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 o 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 21 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 p 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 q 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 22 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 r 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 s 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 23 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 t 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 u 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 24 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 v 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 w 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 G 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 I 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 K 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 M 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 O 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 Q 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5MU8 HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH JNJ525 提交 2017-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233 链 S 77–233（157 aa）片段：UNP residues 77-233	未记录	JNI ~{N}4-(phenylmethyl)-~{N}4-[2-[3-(2-piperazin-1-ylpyrimidin-5-yl)phenyl]phenyl]pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5TSW HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TNF-ALPHA MUTANT 提交 1999-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 84–233（150 aa）链 B 84–233（150 aa）链 C 84–233（150 aa）	突变：DELETION OF N-TERMINAL SEVEN RESIDUES, L29S, S52I, Y56F 突变：DELETION OF N-TERMINAL SEVEN RESIDUES, L29S, S52I, Y56F 突变：DELETION OF N-TERMINAL SEVEN RESIDUES, L29S, S52I, Y56F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；20% POLYETHYLENEGLYCOL 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, pH 6.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.299
5TSW HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TNF-ALPHA MUTANT 提交 1999-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 84–233（150 aa）链 E 84–233（150 aa）链 F 84–233（150 aa）	突变：DELETION OF N-TERMINAL SEVEN RESIDUES, L29S, S52I, Y56F 突变：DELETION OF N-TERMINAL SEVEN RESIDUES, L29S, S52I, Y56F 突变：DELETION OF N-TERMINAL SEVEN RESIDUES, L29S, S52I, Y56F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；20% POLYETHYLENEGLYCOL 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, pH 6.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.299
5UUI Crystal Structure of Spin-Labeled T77C TNFa 提交 2017-02-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）	未记录	MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；TNFa (VCID10616, B114005) at 10 mg/ml (in 10 mM HEPES, pH = 7.5, 150 mM NaCl) was mixed with an equal volume of protein solution and a solution containing 24% (w/v) PEG-4000, 0.24 M MgCl2, 0.05% DDM, and 0.1 M HEPES/NaOH, pH=8.5. Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion at 16 degrees Celsius. Crystals were then soaked with the same solution supplemented with 10% MTSL for one week and harvested with paraffin oil.	分辨率 1.40 Å R-free 0.170
5YOY Crystal structure of the human tumor necrosis factor in complex with golimumab Fv 提交 2017-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1.4M sodium chloride	分辨率 2.73 Å R-free 0.234
5YOY Crystal structure of the human tumor necrosis factor in complex with golimumab Fv 提交 2017-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 J 77–233（157 aa）链 K 77–233（157 aa）链 L 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1.4M sodium chloride	分辨率 2.73 Å R-free 0.234
6OOY Asymmetric hTNF-alpha 提交 2019-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 A7M {1-[(2,5-dimethylphenyl)methyl]-1H-benzimidazol-2-yl}methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；13% MPD, 13% PEG 1000, 13% PEG 3350, 0.1M HEPES, PH 8.0,VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
6OOZ Asymmetric hTNF-alpha 提交 2019-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 A6Y (S)-{1-[(2,5-dimethylphenyl)methyl]-1H-benzimidazol-2-yl}(pyridin-4-yl)methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；10% PEG 2000, 15% PEG 3350, 3% XYLITOL, 0.1 M HEPES, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
6OP0 Asymmetric hTNF-alpha 提交 2019-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	A7A (R)-{1-[(2,5-dimethylphenyl)methyl]-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl}(pyridin-4-yl)methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；23.2% PEG 3350, 5% MPD, 100 MM TRIS, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K	分辨率 2.55 Å R-free 0.244
6RMJ Crystal structure of human NGR-TNF 提交 2019-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	突变：N-terminal fusion with CNGRCG peptide 突变：N-terminal fusion with CNGRCG peptide 突变：N-terminal fusion with CNGRCG peptide	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；50 mM MES, 2.8 M magnesium sulfate, 1 M NaCL, 2% isopropanol	分辨率 2.65 Å R-free 0.253
6X81 Crystal Structure of TNFalpha with isoquinoline compound 2 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	UTJ [4-(isoquinolin-8-yl)phenyl]acetonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG8000, 0.2M Magnesium acetate, 0.05 M sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.231
6X81 Crystal Structure of TNFalpha with isoquinoline compound 2 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	未记录	UTJ [4-(isoquinolin-8-yl)phenyl]acetonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG8000, 0.2M Magnesium acetate, 0.05 M sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.231
6X82 Crystal Structure of TNFalpha with isoquinoline compound 4 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	UTM 8-[4-(2-{5-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-2-(1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-3-yl)phenoxy}ethyl)phenyl]isoquinoline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG8000, 0.2M Magnesium acetate, 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.230
6X82 Crystal Structure of TNFalpha with isoquinoline compound 4 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	未记录	UTM 8-[4-(2-{5-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-2-(1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-3-yl)phenoxy}ethyl)phenyl]isoquinoline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG8000, 0.2M Magnesium acetate, 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.230
6X83 Crystal Structure of TNFalpha with fragment compound 6 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	UTS 1-benzyl-1H-benzimidazole × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG8000, 0.2M magnesium acetate, 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 2.83 Å R-free 0.261
6X83 Crystal Structure of TNFalpha with fragment compound 6 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	未记录	UTS 1-benzyl-1H-benzimidazole × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG8000, 0.2M magnesium acetate, 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 2.83 Å R-free 0.261
6X85 Crystal Structure of TNFalpha with indolinone compound 9 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	UTV 1-{[2-(difluoromethoxy)phenyl]methyl}-2,2-dimethyl-1,2-dihydro-3H-indol-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG 8000, 0.2M magnesium acetate, 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.252
6X85 Crystal Structure of TNFalpha with indolinone compound 9 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG 8000, 0.2M magnesium acetate, 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.252
6X86 Crystal Structure of TNFalpha with indolinone compound 11 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	UTY 3-[(6-{2-[(3R)-4-(hydroxyacetyl)-3-methylpiperazin-1-yl]pyrimidin-5-yl}-2,2-dimethyl-3-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]pyridine-2-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG8000, 0.2M magnesium acetate, 0.05M sodium cacadylate, pH 6.5	分辨率 2.93 Å R-free 0.244
6X86 Crystal Structure of TNFalpha with indolinone compound 11 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	未记录	UTY 3-[(6-{2-[(3R)-4-(hydroxyacetyl)-3-methylpiperazin-1-yl]pyrimidin-5-yl}-2,2-dimethyl-3-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]pyridine-2-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15% PEG8000, 0.2M magnesium acetate, 0.05M sodium cacadylate, pH 6.5	分辨率 2.93 Å R-free 0.244
7ASY Transmembrane helix of tumor necrosis factor alpha in trifluorethanol 提交 2020-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–60（33 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM TNFA_WT_TM, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water	分辨率未提供
7AT7 Transmembrane helix of tumor necrosis factor alpha in trifluorethanol, S34P mutant 提交 2020-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–60（33 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM TNFa_TM_S34P, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water	分辨率未提供
7ATB Transmembrane helix of tumor necrosis factor alpha in trifluorethanol, AGALLL mutant 提交 2020-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–60（33 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM TNFA_TM_AGALLL, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water	分辨率未提供
7JRA HUMAN TNF-ALPHA IN COMPLEX WITH 2-[5-(3-chloro-4-{[(1R)-1-(2-fluorophenyl)ethyl]amino}quinolin-6-yl)pyrimidin-2-yl]propan-2-ol 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	突变：YES 突变：YES 突变：YES	VGY 2-[5-(3-chloro-4-{[(1R)-1-(2-fluorophenyl)ethyl]amino}quinolin-6-yl)pyrimidin-2-yl]propan-2-ol × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 13% (w/v) MePEG5000, 3% (v/v) dioxane	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
7KP9 asymmetric hTNF-alpha 提交 2020-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	A7G 1-{[2-(difluoromethoxy)phenyl]methyl}-2-methyl-6-[6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl]-1H-benzimidazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；298 K；21.44% PEG 3350, 100 mM Tris pH9.0, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.241
7KPA asymmetric hTNF-alpha 提交 2020-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	D84 5-(1-{[2-(difluoromethoxy)phenyl]methyl}-2-{[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenoxy]methyl}-1H-benzimidazol-6-yl)pyridin-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；24.4% PEG 3350, 100 mM HEPES, pH7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
7KPB Human TNF-alpha TNFR1 complex bound to conformationally selective antibody 提交 2020-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	突变：N25D, C153S 突变：N25D, C153S 突变：N25D, C153S	GOL GLYCEROL × 9 D84 5-(1-{[2-(difluoromethoxy)phenyl]methyl}-2-{[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenoxy]methyl}-1H-benzimidazol-6-yl)pyridin-2(1H)-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1M HEPES, pH7.0, 10% w/v PEG6,000 and cryo-protected in glycerol performed in 5-10-15% steps. Vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K	分辨率 3.00 Å R-free 0.256
7QLF Conformational ensemble of solnatide in solution 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 178–191（14 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 1 mM solnatide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7TA3 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by alpha-peptide-3 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；1.5M ammonium sulfate, 0.1 M tris HCL pH 8.5, 12% glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
7TA3 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by alpha-peptide-3 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；1.5M ammonium sulfate, 0.1 M tris HCL pH 8.5, 12% glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
7TA6 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by unnatural alpha/beta-peptide-1 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 77–233（157 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 4% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.273
7TA6 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by unnatural alpha/beta-peptide-1 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 77–233（157 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 4% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.273
7TA6 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by unnatural alpha/beta-peptide-1 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 77–233（157 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 4% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.273
7TA6 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by unnatural alpha/beta-peptide-1 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 77–233（157 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 4% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.273
7TA6 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by unnatural alpha/beta-peptide-1 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 77–233（157 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 4% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.273
7TA6 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by unnatural alpha/beta-peptide-1 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 77–233（157 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 4% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.273
7TA6 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by unnatural alpha/beta-peptide-1 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 77–233（157 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 4% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.273
7TA6 Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by unnatural alpha/beta-peptide-1 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 77–233（157 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 4% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.273
8Z8M Crystal structure of human TNF alpha in complex with TNF30(VHH) domain of ozoralizumab 提交 2024-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 77–233（157 aa）片段：UNP residues 76-232 链 C 77–233（157 aa）片段：UNP residues 76-232 链 E 77–233（157 aa）片段：UNP residues 76-232	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.03M Diethylene glycol; 0.03M Triethylene glycol; 0.03M Tetraethylene glycol; 0.03M Pentaethylene glycol 0.05M Sodium HEPES; 0.05M MOPS pH7.5 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350	分辨率 2.59 Å R-free 0.269
8Z8M Crystal structure of human TNF alpha in complex with TNF30(VHH) domain of ozoralizumab 提交 2024-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 77–233（157 aa）片段：UNP residues 76-232 链 I 77–233（157 aa）片段：UNP residues 76-232 链 K 77–233（157 aa）片段：UNP residues 76-232	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.03M Diethylene glycol; 0.03M Triethylene glycol; 0.03M Tetraethylene glycol; 0.03M Pentaethylene glycol 0.05M Sodium HEPES; 0.05M MOPS pH7.5 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350	分辨率 2.59 Å R-free 0.269
8ZUI Binary cluster of TNF-TNFR1 ectodomain complex 提交 2024-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）链 G 77–233（157 aa）链 H 77–233（157 aa）链 I 77–233（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.56 Å
9BN7 X-ray crystal structure of TNFa-VNAR C4 complex 提交 2024-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 6 NI NICKEL (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；RD22EH38, D5.1 0.1M MES, pH 6, 0.1M magnesium chloride, 8% w/v polyethylene glycol 6000	分辨率 1.92 Å R-free 0.245
9DJW X-ray crystal structure of TNFa-VNAR D1 complex 提交 2024-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 2 78–233（156 aa）链 3 78–233（156 aa）链 4 78–233（156 aa）链 A 78–233（156 aa）链 B 78–233（156 aa）链 C 78–233（156 aa）链 G 78–233（156 aa）链 H 78–233（156 aa）链 I 78–233（156 aa）链 M 78–233（156 aa）链 N 78–233（156 aa）链 O 78–233（156 aa）链 S 78–233（156 aa）链 T 78–233（156 aa）链 U 78–233（156 aa）链 Y 78–233（156 aa）链 Z 78–233（156 aa）链 a 78–233（156 aa）链 e 78–233（156 aa）链 f 78–233（156 aa）链 g 78–233（156 aa）链 k 78–233（156 aa）链 l 78–233（156 aa）链 m 78–233（156 aa）链 q 78–233（156 aa）链 r 78–233（156 aa）链 s 78–233（156 aa）链 w 78–233（156 aa）链 x 78–233（156 aa）链 y 78–233（156 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 17 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；19 % PEG 8000, 0.2 M ammonium sulphate and 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 3.43 Å R-free 0.288
9OJO Crystal structure of TNF alpha in complex with compound 1 提交 2025-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	A1CB1 2-{5-[(1S,10S)-1-phenyl-1,2,3,4-tetrahydropyrido[1,2-a][1,3]benzimidazol-8-yl]pyrimidin-2-yl}propan-2-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；296 K；30% (w/v) PEG 1000, 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.36 Å R-free 0.217
9OJS Crystal structure of TNF alpha in complex with compound 4 提交 2025-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	A1CB0 (6R,13R,14R)-10-fluoro-11-[2-(2-hydroxypropan-2-yl)pyrimidin-5-yl]-7H-6,14-methanopyrido[3',2':4,5]imidazo[1,2-b][2,5]benzodiazocin-5(14H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；30% (w/v) PEG 1000, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.245
9OJY Crystal structure of TNF alpha in complex with compound 3. 提交 2025-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	A1CBZ (6R,13R,14S)-1-(difluoromethoxy)-11-[2-(2-hydroxypropan-2-yl)pyrimidin-5-yl]-7H-6,14-methanopyrido[3',2':4,5]imidazo[1,2-b][2,5]benzodiazocin-5(14H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；296 K；20% (w/v) PEG 3000, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2M calcium acetate.	分辨率 2.16 Å R-free 0.253
9OJY Crystal structure of TNF alpha in complex with compound 3. 提交 2025-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	未记录	A1CBZ (6R,13R,14S)-1-(difluoromethoxy)-11-[2-(2-hydroxypropan-2-yl)pyrimidin-5-yl]-7H-6,14-methanopyrido[3',2':4,5]imidazo[1,2-b][2,5]benzodiazocin-5(14H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；296 K；20% (w/v) PEG 3000, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2M calcium acetate.	分辨率 2.16 Å R-free 0.253
9OK6 Crystal structure of TNF alpha in complex with compound 19 提交 2025-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–233（157 aa）链 B 77–233（157 aa）链 C 77–233（157 aa）	未记录	A1CCE (4S,8aR)-7-{5-[(6R,13R,14S)-5,14-dihydro-7H-6,14-methanopyrido[3',2':4,5]imidazo[1,2-b][2,5]benzodiazocin-11-yl]pyrimidin-2-yl}hexahydroimidazo[1,5-a]pyrazin-3(2H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；296 K；20% (w/v) PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M magnesium acetate.	分辨率 2.78 Å R-free 0.241
9OK6 Crystal structure of TNF alpha in complex with compound 19 提交 2025-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 77–233（157 aa）链 E 77–233（157 aa）链 F 77–233（157 aa）	未记录	A1CCE (4S,8aR)-7-{5-[(6R,13R,14S)-5,14-dihydro-7H-6,14-methanopyrido[3',2':4,5]imidazo[1,2-b][2,5]benzodiazocin-11-yl]pyrimidin-2-yl}hexahydroimidazo[1,5-a]pyrazin-3(2H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；296 K；20% (w/v) PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M magnesium acetate.	分辨率 2.78 Å R-free 0.241

共 49 个其他 PDB 条目、98 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNFA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–157； UniProt 77–233 作者链 B； PDB构建体 1–157； UniProt 77–233 作者链 C； PDB构建体 1–157； UniProt 77–233

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zjc
沉积日期 deposition_date	2008-03-05
结构标题 title	TNFR1 selectve TNF mutant; R1-6
关键词 keywords	;phage display system, TNFR1 selectivity, TNF, agonist, mutant, Cytokine, Lipoprotein, Membrane, Myristate, Phosphoprotein, Secreted, Signal-anchor, Transmembrane ;; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.51 Å
零角强度 I(0) i0	36659900.00
分子量 molecular_weight	47323.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59433 Å³
包络体积 envelope_volume	68471 Å³
水化壳体积 shell_volume	26533 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.39 Å
包络 Rg envelope_rg	20.97 Å
形状 Rg shape_rg	20.49 Å
总 Rg total_rg	21.56 Å
总原子数 total_atoms	3344
残基数 n_residues	435
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8959
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.071
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.497
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor
分子量 formula_weight	17081.1 kDa
突变 mutation	K11M, K65S, L29K, R31A, R32G, K90P, K98R, K112N, K128P, E146S, S147T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3403

VRSSSRTPSDMPVAHVVANPQAEGQLQWKNAGANALLANGVELRDNQLVVPSEGLYLIYSQVLFSGQGCPSTHVLLTHTISRIAVSYQTPVNLLSAIRSPCQRETPEGAEANPWYEPIYLGGVFQLEPGDRLSAEINRPDYLDFASTGQVYFGIIAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	59

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2zjca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d2zjcb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d2zjcc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2zjcA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2zjcB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2zjcC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	135.873 Å
晶胞边长 b length_b	135.873 Å
晶胞边长 c length_c	58.023 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	27

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	25.670 Å
R 因子 r_factor	0.2088
R_work r_work	0.2015
R_free r_free	0.2722

fit	/app/data/saxs_computation/zj/2zjc/2zjc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zj/2zjc/2zjc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zj/2zjc/2zjc.dat