3a0b

Crystal structure of Br-substituted Photosystem II complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem Q(B) protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	Photosystem II core light harvesting protein × 2 Photosystem II CP43 protein × 2 Photosystem II D2 protein × 2 Cytochrome b559 subunit alpha × 2 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 2 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 2 Photosystem II reaction center protein I × 2 Photosystem II reaction center protein J × 2 （Q7DGD4） Photosystem II reaction center protein K × 2 Photosystem II reaction center protein L × 2 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 2 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide × 2 Photosystem II reaction center protein T × 2 （P12313） Photosystem II 12 kDa extrinsic protein × 2 Cytochrome c-550 × 2 （P0A387） Photosystem II reaction center protein X × 2 Photosystem II reaction center protein ycf12 × 2 Photosystem II reaction center protein Y × 2 Photosystem II reaction center protein Z × 2 OXYGEN EVOLVING SYSTEM × 2 FE (II) ION × 2 CHLOROPHYLL A × 70 PHEOPHYTIN A × 4 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 4 BETA-CAROTENE × 22 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 BROMIDE ION × 4 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 8 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 8 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBA_THEVL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–344； UniProt 1–344 作者链 a； PDB构建体 1–344； UniProt 1–344

Cytochrome b559 subunit alpha

物种未注明

UniProt P12238

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	Photosystem Q(B) protein × 2 （P51765） Photosystem II core light harvesting protein × 2 Photosystem II CP43 protein × 2 Photosystem II D2 protein × 2 Cytochrome b559 subunit beta × 2 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 2 Photosystem II reaction center protein I × 2 Photosystem II reaction center protein J × 2 （Q7DGD4） Photosystem II reaction center protein K × 2 Photosystem II reaction center protein L × 2 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 2 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide × 2 Photosystem II reaction center protein T × 2 （P12313） Photosystem II 12 kDa extrinsic protein × 2 Cytochrome c-550 × 2 （P0A387） Photosystem II reaction center protein X × 2 Photosystem II reaction center protein ycf12 × 2 Photosystem II reaction center protein Y × 2 Photosystem II reaction center protein Z × 2 OXYGEN EVOLVING SYSTEM × 2 FE (II) ION × 2 CHLOROPHYLL A × 70 PHEOPHYTIN A × 4 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 4 BETA-CAROTENE × 22 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 BROMIDE ION × 4 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 8 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 8 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBE_THEVL
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–83； UniProt 2–84 作者链 e； PDB构建体 1–83； UniProt 2–84

Cytochrome b559 subunit beta

物种未注明

UniProt P12239

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	Photosystem Q(B) protein × 2 （P51765） Photosystem II core light harvesting protein × 2 Photosystem II CP43 protein × 2 Photosystem II D2 protein × 2 Cytochrome b559 subunit alpha × 2 （P12238） Photosystem II reaction center protein H × 2 Photosystem II reaction center protein I × 2 Photosystem II reaction center protein J × 2 （Q7DGD4） Photosystem II reaction center protein K × 2 Photosystem II reaction center protein L × 2 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 2 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide × 2 Photosystem II reaction center protein T × 2 （P12313） Photosystem II 12 kDa extrinsic protein × 2 Cytochrome c-550 × 2 （P0A387） Photosystem II reaction center protein X × 2 Photosystem II reaction center protein ycf12 × 2 Photosystem II reaction center protein Y × 2 Photosystem II reaction center protein Z × 2 OXYGEN EVOLVING SYSTEM × 2 FE (II) ION × 2 CHLOROPHYLL A × 70 PHEOPHYTIN A × 4 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 4 BETA-CAROTENE × 22 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 BROMIDE ION × 4 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 8 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 8 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBF_THEVL
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–44； UniProt 2–45 作者链 f； PDB构建体 1–44； UniProt 2–45

Photosystem II reaction center protein J

物种未注明

UniProt Q7DGD4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	Photosystem Q(B) protein × 2 （P51765） Photosystem II core light harvesting protein × 2 Photosystem II CP43 protein × 2 Photosystem II D2 protein × 2 Cytochrome b559 subunit alpha × 2 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 2 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 2 Photosystem II reaction center protein I × 2 Photosystem II reaction center protein K × 2 Photosystem II reaction center protein L × 2 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 2 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide × 2 Photosystem II reaction center protein T × 2 （P12313） Photosystem II 12 kDa extrinsic protein × 2 Cytochrome c-550 × 2 （P0A387） Photosystem II reaction center protein X × 2 Photosystem II reaction center protein ycf12 × 2 Photosystem II reaction center protein Y × 2 Photosystem II reaction center protein Z × 2 OXYGEN EVOLVING SYSTEM × 2 FE (II) ION × 2 CHLOROPHYLL A × 70 PHEOPHYTIN A × 4 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 4 BETA-CAROTENE × 22 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 BROMIDE ION × 4 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 8 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 8 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBJ_THEVL
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40 作者链 j； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

Photosystem II reaction center protein L

物种未注明

UniProt P12241

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	Photosystem Q(B) protein × 2 （P51765） Photosystem II core light harvesting protein × 2 Photosystem II CP43 protein × 2 Photosystem II D2 protein × 2 Cytochrome b559 subunit alpha × 2 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 2 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 2 Photosystem II reaction center protein I × 2 Photosystem II reaction center protein J × 2 （Q7DGD4） Photosystem II reaction center protein K × 2 Photosystem II reaction center protein M × 2 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide × 2 Photosystem II reaction center protein T × 2 （P12313） Photosystem II 12 kDa extrinsic protein × 2 Cytochrome c-550 × 2 （P0A387） Photosystem II reaction center protein X × 2 Photosystem II reaction center protein ycf12 × 2 Photosystem II reaction center protein Y × 2 Photosystem II reaction center protein Z × 2 OXYGEN EVOLVING SYSTEM × 2 FE (II) ION × 2 CHLOROPHYLL A × 70 PHEOPHYTIN A × 4 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 4 BETA-CAROTENE × 22 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 BROMIDE ION × 4 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 8 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 8 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	与蛋白数一致

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UniProt名称	PSBL_THEVL
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37 作者链 l； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37

Photosystem II reaction center protein T

物种未注明

UniProt P12313

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	Photosystem Q(B) protein × 2 （P51765） Photosystem II core light harvesting protein × 2 Photosystem II CP43 protein × 2 Photosystem II D2 protein × 2 Cytochrome b559 subunit alpha × 2 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 2 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 2 Photosystem II reaction center protein I × 2 Photosystem II reaction center protein J × 2 （Q7DGD4） Photosystem II reaction center protein K × 2 Photosystem II reaction center protein L × 2 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 2 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide × 2 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein × 2 Cytochrome c-550 × 2 （P0A387） Photosystem II reaction center protein X × 2 Photosystem II reaction center protein ycf12 × 2 Photosystem II reaction center protein Y × 2 Photosystem II reaction center protein Z × 2 OXYGEN EVOLVING SYSTEM × 2 FE (II) ION × 2 CHLOROPHYLL A × 70 PHEOPHYTIN A × 4 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 4 BETA-CAROTENE × 22 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 BROMIDE ION × 4 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 8 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 8 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBT_THEVL
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 t； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30

Cytochrome c-550

物种未注明

UniProt P0A387

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	Photosystem Q(B) protein × 2 （P51765） Photosystem II core light harvesting protein × 2 Photosystem II CP43 protein × 2 Photosystem II D2 protein × 2 Cytochrome b559 subunit alpha × 2 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 2 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 2 Photosystem II reaction center protein I × 2 Photosystem II reaction center protein J × 2 （Q7DGD4） Photosystem II reaction center protein K × 2 Photosystem II reaction center protein L × 2 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 2 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide × 2 Photosystem II reaction center protein T × 2 （P12313） Photosystem II 12 kDa extrinsic protein × 2 Photosystem II reaction center protein X × 2 Photosystem II reaction center protein ycf12 × 2 Photosystem II reaction center protein Y × 2 Photosystem II reaction center protein Z × 2 OXYGEN EVOLVING SYSTEM × 2 FE (II) ION × 2 CHLOROPHYLL A × 70 PHEOPHYTIN A × 4 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 4 BETA-CAROTENE × 22 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 BROMIDE ION × 4 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 8 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 8 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CY550_THEVL
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–137； UniProt 27–163 作者链 v； PDB构建体 1–137； UniProt 27–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3a0b
沉积日期 deposition_date	2009-03-16
结构标题 title	Crystal structure of Br-substituted Photosystem II complex
关键词 keywords	;MULTI-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX, Electron transport, Herbicide resistance, Iron, Membrane, Metal-binding, Photosynthesis, Photosystem II, Thylakoid, Transmembrane, Transport, Heme, Reaction center ;; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a0b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a0b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.08 Å
Rg（电子密度）	56.60 Å
总 Rg	56.86 Å
原子数	47988
残基数	5242
排除体积	887370 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3a0b__assembly_1__model_1`	40-meric （40）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (31)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem Q(B) protein
分子量 formula_weight	38295.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	47988

MTTTLQRRESANLWERFCNWVTSTDNRLYVGWFGVIMIPTLLAATICFVIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVVPSSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIIFHFLLGASCYMGRQWELSYRLGMRPWICVAYSAPLASAFAVFLIYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHQLGVAGVFGGALFCAMHGSLVTSSLIRETTETESANYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWRVVGVWFAALGISTMAFNLNGFNFNHSVIDAKGNVINTWADIINRANLGMEVMHERNAHNFPLDLA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II core light harvesting protein
分子量 formula_weight	54042.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

GLPWYRVHTVLINDPGRLIAAHLMHTALVAGWAGSMALYELATFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMARLGVTGSWSGWSITGETGIDPGFWSFEGVALAHIVLSGLLFLAACWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKMFGIHLFLAGLLCFGFGAFHLTGLFGPGMWVSDPYGLTGSVQPVAPEWGPDGFNPYNPGGVVAHHIAAGIVGIIAGLFHILVRPPQRLYKALRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDSSYFQQEINRRVQASLASGATLEEAWSAIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRTGPMNKGDGIAQAWKGHAVFRNKEGEELFVRRMPAFFESFPVILTDKNGVVKADIPFRRAESKYSFEQQGVTVSFYGGELNGQTFTDPPTVKSYARKAIFGEIFEFDTETLNSDGIFRTSPRGWFTFAHAVFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFSGIDPELSPE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 protein
分子量 formula_weight	48763.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

DQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRESEPVLSMPSLD

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	38118.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

GWFDILDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPCAYLALGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTVAVSTPANSMGHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWTFIALHGAFGLIGFMLRQFEIARLVGVRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSSWFFAPSFGVAAIFRFLLFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGGALLCAIHGATVENTLFQDGEGASTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRSYDFISQEIRAAEDPEFETFYTKNLLLNEGIRAWMAPQDQPHENFVFPEEVLPRGNAL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9477.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

VGTTGERPFSDIITSVRYWVIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPDSYYAQEQRSIPLVTDRFEAKQQVETFLEQLK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4936.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

TSNTPNQEPVSYPIFTVRWVAVHTLAVPTIFFLGAIAAMQFIQR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7170.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

ARRTWLGDILRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMAVFMGLFLVFLLIILEIYNSTLILDGVNVSWKAL

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4052.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

METLKITVYIVVTFFVLLFVFGFLSGDPARNPKRK

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	4105.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MMSEGGRIPLWIVATVAGMGVIVIVGLFFYGAYAGLGSSL

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	3891.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

KLPEAYAIFDPLVDVLPVIPVLFFALAFVVQAAVGF

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4299.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MEPNPNRQPVELNRTSLYLGLLLILVLALLFSSYFFN

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	4015.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

MEVNQLGFIATALFVLVPSVFLIILYVQTESQQKSS

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
分子量 formula_weight	26452.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,o

TLTYDDIVGTGLANKCPTLDDTARGAYPIDSSQTYRIARLCLQPTTFLVKEEPKNKRQEAEFVPTKLVTRETTSLDQIQGELKVNSDGSLTFVEEDGIDFQPVTVQMAGGERIPLLFTVKNLVASTQPNVTSITTSTDFKGEFNVPSYRTANFLDPKGRGLASGYDSAIALPQAKEEELARANVKRFSLTKGQISLNVAKVDGRTGEIAGTFESEQLSDDDMGAHEPHEVKIQGVFYASIEP

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3620.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

METITYVFIFACIIALFFFAIFFREPPRIT

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
分子量 formula_weight	11095.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,u

EELVNVVDEKLGTAYGEKIDLNNTNIAAFIQYRGLYPTLAKLIVKNAPYESVEDVLNIPGLTERQKQILRENLEHFTVTEVETALVEGGDRYNNGLYK

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	Cytochrome c-550
分子量 formula_weight	15148.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,v

AELTPEVLTVPLNSEGKTITLTEKQYLEGKRLFQYACASCHVGGITKTNPSLDLRTETLALATPPRDNIEGLVDYMKNPTTYDGEQEIAEVHPSLRSADIFPKMRNLTEKDLVAIAGHILVEPKILGDKWGGGKVYY

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein X
分子量 formula_weight	3477.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,x

TITPSLKGFFIGLLSGAVVLGLTFAVLIAISQID

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein ycf12
分子量 formula_weight	2999.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,y

IAQLTMIAMIGIAGPMIIFLLAVRRGNL

实体 19 Entity 19 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Y
分子量 formula_weight	2060.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,n

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 20 Entity 20 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6766.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,z

MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	OXYGEN EVOLVING SYSTEM
分子量 formula_weight	323.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	70

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE
分子量 formula_weight	613.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 26 Entity 26 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 27 Entity 27 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 28 Entity 28 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 29 Entity 29 non-polymer

描述 description	(1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE
分子量 formula_weight	689.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 30 Entity 30 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 31 Entity 31 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	3a0bB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	680 — Photosystem II CP47 reaction center protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II CP47 reaction center protein

结构域编号 domain_id	3a0bC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — photosystem ii from thermosynechococcus elongatus

结构域编号 domain_id	3a0bE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	860 — Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit

结构域编号 domain_id	3a0bH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Photosystem II reaction center protein H

结构域编号 domain_id	3a0bO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Photosystem II, cytochrome c-550 precursor

结构域编号 domain_id	3a0bO02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2050 — photosynthetic oxygen evolving center fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — photosynthetic oxygen evolving center domain

结构域编号 domain_id	3a0bU01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Photosystem II 12 kDa extrinsic protein

结构域编号 domain_id	3a0bV00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3a0bZ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 — Photosystem II PsbZ, reaction centre

结构域编号 domain_id	3a0bb02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	680 — Photosystem II CP47 reaction center protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II CP47 reaction center protein

结构域编号 domain_id	3a0bc02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — photosystem ii from thermosynechococcus elongatus

结构域编号 domain_id	3a0be00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	860 — Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit

结构域编号 domain_id	3a0bh01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Photosystem II reaction center protein H

结构域编号 domain_id	3a0bo01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Photosystem II, cytochrome c-550 precursor

结构域编号 domain_id	3a0bo02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2050 — photosynthetic oxygen evolving center fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — photosynthetic oxygen evolving center domain

结构域编号 domain_id	3a0bu01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Photosystem II 12 kDa extrinsic protein

结构域编号 domain_id	3a0bv00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3a0bz00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 — Photosystem II PsbZ, reaction centre

▶

晶胞边长 a length_a	130.589 Å
晶胞边长 b length_b	226.394 Å
晶胞边长 c length_c	307.514 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.700 Å
最低分辨率 resolution_low	34.700 Å
R 因子 r_factor	0.3020
R_work r_work	0.3020
R_free r_free	0.3580

Crystal structure of Br-substituted Photosystem II complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem Q(B) protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b559 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b559 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein J

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein T

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c-550

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a0b__assembly_1__model_1

3a0b__assembly_1__model_1 | I(q)

3a0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (31)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer