← 返回搜索
3a1f

The crystal structure of NADPH binding domain of gp91(phox)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 55.9 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-245 heavy chain

Homo sapiens

UniProt P04839

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 385–570 片段：UNP residues 385-570 NI NICKEL (II) ION × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；12% PEG 3350, 0.1M sodium acetate pH 5.6, 0.4M NiCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3A1F Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7U8G Cryo-EM structure of the core human NADPH oxidase NOX2 提交 2022-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–570（569 aa） 片段：N-terminal 2x streptag followed by EGFP and TEV + thrombin cleavage sites.
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；0.03% DDM, 150 mM NaCl, 20 mM Tris
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8GZ3 Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the resting state 提交 2022-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–570（570 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8KEI Cryo-EM structure of NADPH oxidase 2 in complex with p22phox and EROS 提交 2023-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 6–570（565 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
8WEJ Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state 提交 2023-09-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 1–570（570 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
8X2L Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the resting state in the presence of 2 mM NADPH 提交 2023-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–570（570 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CY24B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–186； UniProt 385–570

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3a1f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3a1f
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3a1f
沉积日期 deposition_date2009-04-01
结构标题 titleThe crystal structure of NADPH binding domain of gp91(phox)
关键词 keywordsgp91(phox), NADPH binding domain, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.34 Å
零角强度 I(0) i06507560.00
分子量 molecular_weight18423.0 kDa
排除体积 excluded_volume22908 ų
包络体积 envelope_volume25753 ų
水化壳体积 shell_volume14236 ų
包络直径 envelope_diameter55.4 Å
壳层 Rg shell_rg21.28 Å
包络 Rg envelope_rg15.65 Å
形状 Rg shape_rg15.21 Å
总 Rg total_rg16.80 Å
总原子数 total_atoms1284
残基数 n_residues163
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.9 Å
Rg (实空间) rg_real16.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real6.5080e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4090e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6508000.0000
解质量估计 total_estimate0.7164
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.3 Å
偏度 Skewness skewness0.087
峰度 Kurtosis kurtosis-0.376
角度范围 angular_range— – 0.4700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1086000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.322; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.992
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3a1fA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)