8gz3

Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the resting state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 161.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gz3
沉积日期 deposition_date	2022-09-24
结构标题 title	Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the resting state
关键词 keywords	NOX2, p22, CYBA, CYBB, TP1170, NOX, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.01 Å
零角强度 I(0) i0	217449000.00
分子量 molecular_weight	120690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150450 Å³
包络体积 envelope_volume	233110 Å³
水化壳体积 shell_volume	43274 Å³
包络直径 envelope_diameter	173.5 Å
壳层 Rg shell_rg	46.55 Å
包络 Rg envelope_rg	49.09 Å
形状 Rg shape_rg	49.08 Å
总 Rg total_rg	48.64 Å
总原子数 total_atoms	8541
残基数 n_residues	1214
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.7 Å
Rg (实空间) rg_real	49.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	217200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7017
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.542
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.603
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.552; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.427; Smooth: 0.035

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-245 light chain
分子量 formula_weight	21005.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8542

MGQIEWAMWANEQALASGLILITGGIVATAGRFTQWYFGAYSIVAGVFVCLLEYPRGKRKKGSTMERWGQKYMTAVVKLFGPFTRNYYVRAVLHLLLSVPAGFLLATILGTACLAIASGIYLLAAVRGEQWTPIEPKPRERPQIGGTIKQPPSNPPPRPPAEARKKPSEEEAAAAAGGPPGGPQVNPIPVTDEVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-245 heavy chain
分子量 formula_weight	65412.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGNWAVNEGLSIFVILVWLGLNVFLFVWYYRVYDIPPKFFYTRKLLGSALALARAPAACLNFNCMLILLPVCRNLLSFLRGSSACCSTRVRRQLDRNLTFHKMVAWMIALHSAIHTIAHLFNVEWCVNARVNNSDPYSVALSELGDRQNESYLNFARKRIKNPEGGLYLAVTLLAGITGVVITLCLILIITSSTKTIRRSYFEVFWYTHHLFVIFFIGLAIHGAERIVRGQTAESLAVHNITVCEQKISEWGKIKECPIPQFAGNPPMTWKWIVGPMFLYLCERLVRFWRSQQKVVITKVVTHPFKTIELQMKKKGFKMEVGQYIFVKCPKVSKLEWHPFTLTSAPEEDFFSIHIRIVGDWTEGLFNACGCDKQEFQDAWKLPKIAVDGPFGTASEDVFSYEVVMLVGAGIGVTPFASILKSVWYKYCNNATNLKLKKIYFYWLCRDTHAFEWFADLLQLLESQMQERNNAGFLSYNIYLTGWDESQANHFAVHHDEEKDVITGLKQKTLYGRPNWDNEFKTIASQHPNTRIGVFLCGPEALAETLSKQSISNSESGPRGVHFIFNKENF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	7D5 Fab light chain
分子量 formula_weight	17975.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Entity 4 polymer

描述 description	7D5 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	18315.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

Entity 5 polymer

描述 description	Green Fluorescent Protein, Anti-Fab (kappa) nanobody[TP1170] chimera
分子量 formula_weight	46217.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVRGEGEGDATIGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTISFKDDGKYKTRAVVKFEGDTLVNRIELKGTDFKEDGNILGHKLEYNFNSHNVYITADKQKNGIKANFTVRHNVEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQTKLSKDPNEKRDHMVLHEYVNAAGITHHHHHHHHSSGLVPRGSGWSHPQFEKGSGDYKDDDDKGSGWSHPQFEKLEVLFQGPEFQVQLVESGGGWVQPGGSLRLSCAASGFTFSDTAMMWVRQAPGKGREWVAAIDTGGGYTYYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTARYYCAKTYSGNYYSNYTVANYGTTGRGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8gz3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	8gz3B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	84035

fit	/app/data/saxs_computation/gz/8gz3/8gz3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gz/8gz3/8gz3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gz/8gz3/8gz3.dat

Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the resting state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)