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3a8n

Crystal structure of the Tiam1 PHCCEx domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1

Mus musculus

UniProt Q60610

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 429–702 片段：PHCCEx domain, residues 429-702 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；4% Jeffamine M-600, 10mM Ferric chloride, 1.5% Glycerol, 100mM Sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 4.50 Å R-free 0.396

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3A8N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FOE CRYSTAL STRUCTURE OF RAC1 IN COMPLEX WITH THE GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE REGION OF TIAM1 提交 2000-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；PEG 3350, Li2SO4, MES, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
1FOE CRYSTAL STRUCTURE OF RAC1 IN COMPLEX WITH THE GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE REGION OF TIAM1 提交 2000-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；PEG 3350, Li2SO4, MES, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
1FOE CRYSTAL STRUCTURE OF RAC1 IN COMPLEX WITH THE GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE REGION OF TIAM1 提交 2000-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；PEG 3350, Li2SO4, MES, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
1FOE CRYSTAL STRUCTURE OF RAC1 IN COMPLEX WITH THE GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE REGION OF TIAM1 提交 2000-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；PEG 3350, Li2SO4, MES, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
1FOE CRYSTAL STRUCTURE OF RAC1 IN COMPLEX WITH THE GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE REGION OF TIAM1 提交 2000-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
链 C 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
链 E 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
链 G 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；PEG 3350, Li2SO4, MES, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
1FOE CRYSTAL STRUCTURE OF RAC1 IN COMPLEX WITH THE GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE REGION OF TIAM1 提交 2000-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
链 G 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；PEG 3350, Li2SO4, MES, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
1FOE CRYSTAL STRUCTURE OF RAC1 IN COMPLEX WITH THE GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE REGION OF TIAM1 提交 2000-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
链 E 1030–1406（377 aa） 片段：RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；PEG 3350, Li2SO4, MES, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
7UIQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and Tiam1 提交 2022-03-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1541–1559（19 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 6000, 0.1% v/v Triton X-114
分辨率 3.11 Å R-free 0.309
7UIQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and Tiam1 提交 2022-03-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1541–1559（19 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 6000, 0.1% v/v Triton X-114
分辨率 3.11 Å R-free 0.309
7UIR Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and Tiam1 in complex with ATP 提交 2022-03-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1541–1559（19 aa）
未记录 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 6000, 0.1% v/v Triton X-114
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
7UIR Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and Tiam1 in complex with ATP 提交 2022-03-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1541–1559（19 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 6000, 0.1% v/v Triton X-114
分辨率 3.10 Å R-free 0.274

共 3 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIAM1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–279； UniProt 429–702

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3a8n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3a8n
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3a8n
沉积日期 deposition_date2009-10-07
结构标题 titleCrystal structure of the Tiam1 PHCCEx domain
关键词 keywordsguanine nucleotide exchange factor, Guanine-nucleotide releasing factor, Lipoprotein, Myristate, Phosphoprotein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.22 Å
零角强度 I(0) i07140750.00
分子量 molecular_weight15989.0 kDa
排除体积 excluded_volume18482 ų
包络体积 envelope_volume29005 ų
水化壳体积 shell_volume14157 ų
包络直径 envelope_diameter74.6 Å
壳层 Rg shell_rg23.28 Å
包络 Rg envelope_rg19.20 Å
形状 Rg shape_rg19.23 Å
总 Rg total_rg19.90 Å
总原子数 total_atoms1142
残基数 n_residues230
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.9 Å
Rg (实空间) rg_real19.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real7.1410e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2420e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7141000.0000
解质量估计 total_estimate0.7847
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.1 Å
偏度 Skewness skewness0.580
峰度 Kurtosis kurtosis0.249
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1207000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.502; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.698; Smooth: 0.995
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)