SAXSdb — 3aak

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–191	片段：residues 2-191 突变：deletions of residues 3-20, F122A	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% 2-methyl-2,4-pentanediol, 100mM Cacodylate, 50mM Zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3AAK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ZN8 Crystal structure of Zn2+-bound form of ALG-2 提交 2008-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–191（190 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% 2-methyl-2,4-pentanediol, 100mM Cacodylate, 75mM Zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
2ZN9 Crystal structure of Ca2+-bound form of des3-20ALG-2 提交 2008-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–191（172 aa）片段：residues 20-191 链 B 20–191（172 aa）片段：residues 20-191	未记录	CA CALCIUM ION × 7 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 12P DODECAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；18% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate, 0.2M Calcium Acetate hydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.298
2ZN9 Crystal structure of Ca2+-bound form of des3-20ALG-2 提交 2008-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–191（172 aa）片段：residues 20-191 链 B 20–191（172 aa）片段：residues 20-191	未记录	CA CALCIUM ION × 7 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 12P DODECAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；18% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate, 0.2M Calcium Acetate hydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.298
2ZND Crystal structure of Ca2+-free form of des3-20ALG-2 提交 2008-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–191（172 aa）片段：residues 20-191	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 10 PO4 PHOSPHATE ION × 4 NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；40% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Na2HPO4-KH2PO4, 2mM EDTA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.222
2ZNE Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 complexed with Alix ABS peptide 提交 2008-04-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–191（190 aa）片段：residues 2-191	未记录	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% 2-propanol, 0.1M Cacodylate, 0.2M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
2ZNE Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 complexed with Alix ABS peptide 提交 2008-04-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–191（190 aa）片段：residues 2-191	未记录	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% 2-propanol, 0.1M Cacodylate, 0.2M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
2ZNE Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 complexed with Alix ABS peptide 提交 2008-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–191（190 aa）片段：residues 2-191 链 B 2–191（190 aa）片段：residues 2-191	未记录	ZN ZINC ION × 8 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% 2-propanol, 0.1M Cacodylate, 0.2M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
2ZRS Crystal structure of Ca2+-bound form of des3-23ALG-2 提交 2008-09-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191 链 B 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50mM MES, 12.5% 2-propanol, 150mM calcium acetate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
2ZRS Crystal structure of Ca2+-bound form of des3-23ALG-2 提交 2008-09-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191 链 D 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50mM MES, 12.5% 2-propanol, 150mM calcium acetate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
2ZRS Crystal structure of Ca2+-bound form of des3-23ALG-2 提交 2008-09-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191 链 F 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50mM MES, 12.5% 2-propanol, 150mM calcium acetate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
2ZRS Crystal structure of Ca2+-bound form of des3-23ALG-2 提交 2008-09-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191 链 H 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191	未记录	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50mM MES, 12.5% 2-propanol, 150mM calcium acetate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
2ZRT Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 提交 2008-09-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191 链 B 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191	未记录	ZN ZINC ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100mM MES, 15% ethanol, 200mM zinc acetate, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.221
2ZRT Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 提交 2008-09-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191 链 D 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191	未记录	ZN ZINC ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100mM MES, 15% ethanol, 200mM zinc acetate, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.221
2ZRT Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 提交 2008-09-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191 链 F 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191	未记录	ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100mM MES, 15% ethanol, 200mM zinc acetate, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.221
2ZRT Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 提交 2008-09-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191 链 H 24–191（168 aa）片段：UNP residues 24-191	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100mM MES, 15% ethanol, 200mM zinc acetate, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.221
3AAJ Crystal structure of Ca2+-bound form of des3-23ALG-2deltaGF122 提交 2009-11-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–191（190 aa）片段：residues 2-191 链 B 2–191（190 aa）片段：residues 2-191	突变：deletions of residues 3-23, G121, F122 突变：deletions of residues 3-23, G121, F122	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.05M Cacodylate, 2.5% PEG 4000, 0.3M Ammonium acetate, 0.01M CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.266
3WXA X-ray crystal structural analysis of the complex between ALG-2 and Sec31A peptide 提交 2014-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–191（172 aa）片段：UNP residues 20-191	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M Cacodylate, 20% MPD, 0.05M Zinc Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.36 Å R-free 0.263
3WXA X-ray crystal structural analysis of the complex between ALG-2 and Sec31A peptide 提交 2014-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–191（172 aa）片段：UNP residues 20-191	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M Cacodylate, 20% MPD, 0.05M Zinc Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.36 Å R-free 0.263
5GQQ Structure of ALG-2/HEBP2 Complex 提交 2016-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–191（168 aa）片段：UNP RESIDUES 24-191 链 D 24–191（168 aa）片段：UNP RESIDUES 24-191	未记录	CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris, 2 M NaCl, pH 5.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.225

共 9 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDCD6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–172； UniProt 2–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3aak
沉积日期 deposition_date	2009-11-19
结构标题 title	Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-20ALG-2F122A
关键词 keywords	PENTA-EF-HAND PROTEIN, CALCIUM-BINDING PROTEIN, Apoptosis, Endoplasmic reticulum; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.43 Å
零角强度 I(0) i0	7631490.00
分子量 molecular_weight	19771.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24473 Å³
包络体积 envelope_volume	30587 Å³
水化壳体积 shell_volume	14659 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.2 Å
壳层 Rg shell_rg	23.52 Å
包络 Rg envelope_rg	18.64 Å
形状 Rg shape_rg	18.41 Å
总 Rg total_rg	19.33 Å
总原子数 total_atoms	1388
残基数 n_residues	167
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.5 Å
Rg (实空间) rg_real	19.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6310e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7632000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8190
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.447
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	663100.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Programmed cell death protein 6
分子量 formula_weight	20082.4 kDa
突变 mutation	deletions of residues 3-20, F122A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1404

AALPDQSFLWNVFQRVDKDRSGVISDTELQQALSNGTWTPFNPVTVRSIISMFDRENKAGVNFSEFTGVWKYITDWQNVFRTYDRDNSGMIDKNELKQALSGAGYRLSDQFHDILIRKFDRQGRGQIAFDDFIQGCIVLQRLTDIFRRYDTDQDGWIQVSYEQYLSMVFSIV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3aaka_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3aakA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.266 Å
晶胞边长 b length_b	170.209 Å
晶胞边长 c length_c	46.911 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	32.240 Å
R 因子 r_factor	0.2542
R_work r_work	0.2521
R_free r_free	0.2983

fit	/app/data/saxs_computation/aa/3aak/3aak.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aa/3aak/3aak.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aa/3aak/3aak.dat

Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-20ALG-2F122A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction