3al3

Crystal Structure of TopBP1 BRCT7/8-BACH1 peptide complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q92547

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1264–1493 片段:BRCT7 and BRCT8, UNP residues 1264-1493 Peptide of Fanconi anemia group J protein × 1 (Q9BX63) FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;Sodium formate, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOPB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–235; UniProt 1264–1493

Peptide of Fanconi anemia group J protein

物种未注明

UniProt Q9BX63

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1129–1138 片段:UNP residues 1129-1138 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) DNA topoisomerase 2-binding protein 1 × 1 (Q92547) FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;Sodium formate, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FANCJ_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–10; UniProt 1129–1138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3al3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3al3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3al3
沉积日期 deposition_date2010-07-22
结构标题 titleCrystal Structure of TopBP1 BRCT7/8-BACH1 peptide complex
关键词 keywordsBRCT domain-phosphopeptide complex, DNA BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex; DNA BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.48
零角强度 I(0) i012091100.00
分子量 molecular_weight25903.0 kDa
排除体积 excluded_volume32420 ų
包络体积 envelope_volume37377 ų
水化壳体积 shell_volume17411 ų
包络直径 envelope_diameter66.0
壳层 Rg shell_rg24.05
包络 Rg envelope_rg18.78
形状 Rg shape_rg18.47
总 Rg total_rg19.38
总原子数 total_atoms1826
残基数 n_residues227
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.8
Rg (实空间) rg_real19.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real1.2090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12090000.0000
解质量估计 total_estimate0.6150
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.8
偏度 Skewness skewness0.421
峰度 Kurtosis kurtosis-0.136
角度范围 angular_range— – 0.4100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3316000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.226; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3al3A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id3al3A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)