3b5n

Structure of the yeast plasma membrane SNARE complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.2 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptobrevin homolog 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–86	片段：Residues 27-86	Protein SSO1 × 1 （P32867） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；298 K；100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.248
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 27–86	片段：Residues 27-86	Protein SSO1 × 1 （P32867） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；298 K；100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.248
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 27–86	片段：Residues 27-86	Protein SSO1 × 1 （P32867） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；298 K；100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3B5N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9CRU Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 1 提交 2024-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 J 1–93（93 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.89 Å
9CRX Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 3 提交 2024-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–93（93 aa）片段：cytoplasmic domain	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
9N22 Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 2 提交 2025-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–93（93 aa）片段：cytoplasmic domain	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å
9NG2 Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 4 提交 2025-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–93（93 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.61 Å
9NLU Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 5 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–93（93 aa）片段：cytoplasmic domain	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.29 Å
9NLW Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 6 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–93（93 aa）片段：cytoplasmic domain	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
9NLY Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 7 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–93（93 aa）片段：cytoplasmic domain	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
9NLZ Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 8 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–93（93 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–61； UniProt 27–86 作者链 E； PDB构建体 2–61； UniProt 27–86 作者链 I； PDB构建体 2–61； UniProt 27–86

Protein SSO1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32867

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 189–257	片段：Residues 189-257	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；298 K；100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.248
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 189–257	片段：Residues 189-257	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；298 K；100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.248
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 189–257	片段：Residues 189-257	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；298 K；100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3B5N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FIO CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST T-SNARE PROTEIN SSO1 提交 2000-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–225（195 aa）片段：CYTOPLASMIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Hepes, PEG 4000, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
9CRU Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 1 提交 2024-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 K 1–265（265 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.89 Å
9CRX Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 3 提交 2024-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–265（265 aa）片段：cytoplasmic domain	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
9N22 Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 2 提交 2025-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–265（265 aa）片段：cytoplasmic domain	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å
9NG2 Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 4 提交 2025-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–265（265 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.61 Å
9NLU Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 5 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–265（265 aa）片段：residues 1-265	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.29 Å
9NLW Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 6 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–265（265 aa）片段：residues 1-265	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
9NLY Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 7 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–265（265 aa）片段：residues 1-265	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
9NLZ Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 8 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–265（265 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å
9NM1 Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - All Merge (Class 9, focused on D1/D2) 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 1–265（265 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSO1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–69； UniProt 189–257 作者链 F； PDB构建体 1–69； UniProt 189–257 作者链 J； PDB构建体 1–69； UniProt 189–257

Protein transport protein SEC9

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40357

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 433–499 链 D； UniProt 589–650	片段：Residues 433-499 片段：Residues 589-650	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein SSO1 × 1 （P32867）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；298 K；100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.248
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 433–499 链 H； UniProt 589–650	片段：Residues 433-499 片段：Residues 589-650	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein SSO1 × 1 （P32867）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；298 K；100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.248
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 433–499 链 L； UniProt 589–650	片段：Residues 433-499 片段：Residues 589-650	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein SSO1 × 1 （P32867）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；298 K；100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3B5N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9CRU Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 1 提交 2024-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 L 433–650（218 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.89 Å
9CRX Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 3 提交 2024-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 433–650（218 aa）片段：t-SNARE coiled-coil homology domains	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
9N22 Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 2 提交 2025-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 433–650（218 aa）片段：t-SNARE coiled-coil homology domains	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å
9NG2 Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 4 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 433–650（218 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.61 Å
9NLU Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 5 提交 2025-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 433–650（218 aa）片段：t-SNARE coiled-coil homology domains	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.29 Å
9NLW Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 6 提交 2025-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 433–650（218 aa）片段：t-SNARE coiled-coil homology domains	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
9NLY Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 7 提交 2025-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 433–650（218 aa）片段：t-SNARE coiled-coil homology domains	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
9NLZ Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 8 提交 2025-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 433–650（218 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–69； UniProt 433–499 作者链 G； PDB构建体 3–69； UniProt 433–499 作者链 K； PDB构建体 3–69； UniProt 433–499 作者链 D； PDB构建体 3–64； UniProt 589–650 作者链 H； PDB构建体 3–64； UniProt 589–650 作者链 L； PDB构建体 3–64； UniProt 589–650

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3b5n
沉积日期 deposition_date	2007-10-26
结构标题 title	Structure of the yeast plasma membrane SNARE complex
关键词 keywords	;SNARE complex, syntaxin, synaptobrevin, snap-25, Sso1p, Snc1p, Sec9p, Sec9, Sso1, Snc1, Coiled coil, Lipoprotein, Membrane, Palmitate, Transmembrane, Ubl conjugation, Phosphorylation, Protein transport, Transport, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.03 Å
零角强度 I(0) i0	132116000.00
分子量 molecular_weight	86447.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106170 Å³
包络体积 envelope_volume	147450 Å³
水化壳体积 shell_volume	35302 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.96 Å
包络 Rg envelope_rg	37.06 Å
形状 Rg shape_rg	37.01 Å
总 Rg total_rg	37.30 Å
总原子数 total_atoms	6035
残基数 n_residues	771
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8702
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.355
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.335
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5697000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.832

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Synaptobrevin homolog 1
分子量 formula_weight	6771.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	6656

GSRTAELQAEIDDTVGIMRDNINKVAERGERLTSIEDKADNLAVSAQGFKRGANRVRKAMW

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein SSO1
分子量 formula_weight	7797.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

ALAEVQARHQELLKLEKSMAELTQLFNDMEELVIEQQENVDVIDKNVEDAQLDVEQGVGHTDKAVKSAR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC9
分子量 formula_weight	7685.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

GSIKFTKQSSVASTRNTLKMAQDAERAGMNTLGMLGHQSEQLNNVEGNLDLMKVQNKVADEKVAELKKLQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC9
分子量 formula_weight	7349.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

GSEMELEIDRNLDQIQQVSNRLKKMALTTGKELDSQQKRLNNIEESTDDLDINLHMNTNRLAGI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	592

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

结构域编号 domain_id	d3b5na2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5na3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b5nb_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nc2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b5nc4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b5ne_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nf_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5ng1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5ng2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b5ni_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nj_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nk_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3b5nA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.956 Å
晶胞边长 b length_b	48.113 Å
晶胞边长 c length_c	110.265 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	34.571 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/b5/3b5n/3b5n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b5/3b5n/3b5n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b5/3b5n/3b5n.dat

Structure of the yeast plasma membrane SNARE complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptobrevin homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein SSO1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein transport protein SEC9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)