SAXSdb — 9nly

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nly
沉积日期 deposition_date	2025-03-03
最后修订 last_revision	2025-10-01
结构标题 title	Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 7
关键词 keywords	SNARE, NSF, Sec18, AAA+, TRANSLOCASE; TRANSLOCASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.00 Å
零角强度 I(0) i0	4205710000.00
分子量 molecular_weight	540440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	674550 Å³
包络体积 envelope_volume	1086500 Å³
水化壳体积 shell_volume	140510 Å³
包络直径 envelope_diameter	224.5 Å
壳层 Rg shell_rg	66.98 Å
包络 Rg envelope_rg	62.46 Å
形状 Rg shape_rg	64.99 Å
总 Rg total_rg	65.05 Å
总原子数 total_atoms	75965
残基数 n_residues	4806
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	255.2 Å
Rg (实空间) rg_real	69.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9080e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4204000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8582
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.691
峰度 Kurtosis kurtosis	0.377
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8448
最高正则化参数 α highest_alpha	314100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.622; Stabil: 0.830; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.850

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Vesicular-fusion protein SEC18
分子量 formula_weight	84423.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	75990

GAHMFKIPGFGKAAANHTPPDMTNMDTRTRHLKVSNCPNNSYALANVAAVSPNDFPNNIYIIIDNLFVFTTRHSNDIPPGTIGFNGNQRTWGGWSLNQDVQAKAFDLFKYSGKQSYLGSIDIDISFRARGKAVSTVFDQDELAKQFVRCYESQIFSPTQYLIMEFQGHFFDLKIRNVQAIDLGDIEPTSAVATGIETKGILTKQTQINFFKGRDGLVNLKSSNSLRPRSNAVIRPDFKFEDLGVGGLDKEFTKIFRRAFASRIFPPSVIEKLGISHVKGLLLYGPPGTGKTLIARKIGTMLNAKEPKIVNGPEILSKYVGSSEENIRNLFKDAEAEYRAKGEESSLHIIIFDELDSVFKQRGSRGDGTGVGDNVVNQLLAKMDGVDQLNNILVIGMTNRKDLIDSALLRPGRFEVQVEIHLPDEKGRLQIFDIQTKKMRENNMMSDDVNLAELAALTKNFSGAEIEGLVKSASSFAINKTVNIGKGATKLNTKDIAKLKVTREDFLNALNDVTPAFGISEEDLKTCVEGGMMLYSERVNSILKNGARYVRQVRESDKSRLVSLLIHGPAGSGKTALAAEIALKSGFPFIRLISPNELSGMSESAKIAYIDNTFRDAYKSPLNILVIDSLETLVDWVPIGPRFSNNILQMLKVALKRKPPQDRRLLIMTTTSAYSVLQQMDILSCFDNEIAVPNMTNLDELNNVMIESNFLDDAGRVKVINELSRSCPNFNVGIKKTLTNIETARHDEDPVNELVELMTQSA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Alpha-soluble NSF attachment protein
分子量 formula_weight	32899.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

GMSDPVELLKRAEKKGVPSSGFMKLFSGSDSYKFEEAADLCVQAATIYRLRKELNLAGDSFLKAADYQKKAGNEDEAGNTYVEAYKCFKSGGNSVNAVDSLENAIQIFTHRGQFRRGANFKFELGEILENDLHDYAKAIDCYELAGEWYAQDQSVALSNKCFIKCADLKALDGQYIEASDIYSKLIKSSMGNRLSQWSLKDYFLKKGLCQLAATDAVAAARTLQEGQSEDPNFADSRESNFLKSLIDAVNEGDSEQLSEHCKEFDNFMRLDKWKITILNKIKESIQQQEDDLL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Synaptobrevin homolog 1
分子量 formula_weight	10943.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

GASHMSSSTPFDPYALSEHDEERPQNVQSKSRTAELQAEIDDTVGIMRDNINKVAERGERLTSIEDKADNLAVSAQGFKRGANRVRKAMWYKDLKMK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Protein SSO1
分子量 formula_weight	30798.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GASHMSYNNPYQLETPFEESYELDEGSSAIGAEGHDFVGFMNKISQINRDLDKYDHTINQVDSLHKRLLTEVNEEQASHLRHSLDNFVAQATDLQFKLKNEIKSAQRDGIHDTNKQAQAENSRQRFLKLIQDYRIVDSNYKEENKEQAKRQYMIIQPEATEDEVEAAISDVGGQQIFSQALLNANRRGEAKTALAEVQARHQELLKLEKSMAELTQLFNDMEELVIEQQENVDVIDKNVEDAQLDVEQGVGHTDKAVKSARKARKNKIR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC9
分子量 formula_weight	25777.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

GASHIKFTKQSSVASTRNTLKMAQDAERAGMNTLGMLGHQSEQLNNVEGNLDLMKVQNKVADEKVAELKKLNRSILAVHVSNPFNSKRRRREREEQLKNRKIEEKLMREQTSQQLSQSTQRIEGAMNANNNISEVRERYQRKNVLEKAKRYQFENDEEDDEMELEIDRNLDQIQQVSNRLKKMALTTGKELDSQQKRLNNIEESTDDLDINLHMNTNRLAGI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	69608

fit	/app/data/saxs_computation/nl/9nly/9nly.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nl/9nly/9nly.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nl/9nly/9nly.dat

Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 7

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)