3b5n

Structure of the yeast plasma membrane SNARE complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptobrevin homolog 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein SSO1 × 1 （P32867） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein SSO1 × 1 （P32867） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein SSO1 × 1 （P32867） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–61； UniProt 27–86 作者链 E； PDB构建体 2–61； UniProt 27–86 作者链 I； PDB构建体 2–61； UniProt 27–86

Protein SSO1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32867

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） Protein transport protein SEC9 × 1 （P40357） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSO1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–69； UniProt 189–257 作者链 F； PDB构建体 1–69； UniProt 189–257 作者链 J； PDB构建体 1–69； UniProt 189–257

Protein transport protein SEC9

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40357

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein SSO1 × 1 （P32867） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein SSO1 × 1 （P32867） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Synaptobrevin homolog 1 × 1 （P31109） Protein SSO1 × 1 （P32867） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–69； UniProt 433–499 作者链 G； PDB构建体 3–69； UniProt 433–499 作者链 K； PDB构建体 3–69； UniProt 433–499 作者链 D； PDB构建体 3–64； UniProt 589–650 作者链 H； PDB构建体 3–64； UniProt 589–650 作者链 L； PDB构建体 3–64； UniProt 589–650

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3b5n
沉积日期 deposition_date	2007-10-26
结构标题 title	Structure of the yeast plasma membrane SNARE complex
关键词 keywords	;SNARE complex, syntaxin, synaptobrevin, snap-25, Sso1p, Snc1p, Sec9p, Sec9, Sso1, Snc1, Coiled coil, Lipoprotein, Membrane, Palmitate, Transmembrane, Ubl conjugation, Phosphorylation, Protein transport, Transport, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3b5n__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3b5n__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3b5n__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.25 Å
Rg（电子密度）	28.44 Å
总 Rg	28.56 Å
原子数	2015
残基数	258
排除体积	35498 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3b5n__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3b5n__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3b5n__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Synaptobrevin homolog 1
分子量 formula_weight	6771.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	6656

GSRTAELQAEIDDTVGIMRDNINKVAERGERLTSIEDKADNLAVSAQGFKRGANRVRKAMW

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein SSO1
分子量 formula_weight	7797.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

ALAEVQARHQELLKLEKSMAELTQLFNDMEELVIEQQENVDVIDKNVEDAQLDVEQGVGHTDKAVKSAR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC9
分子量 formula_weight	7685.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

GSIKFTKQSSVASTRNTLKMAQDAERAGMNTLGMLGHQSEQLNNVEGNLDLMKVQNKVADEKVAELKKLQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC9
分子量 formula_weight	7349.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

GSEMELEIDRNLDQIQQVSNRLKKMALTTGKELDSQQKRLNNIEESTDDLDINLHMNTNRLAGI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	592

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

结构域编号 domain_id	d3b5na2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5na3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b5nb_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nc2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b5nc4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b5ne_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nf_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5ng1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5ng2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b5ni_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nj_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d3b5nk_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3b5nA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3b5nL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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晶胞边长 a length_a	76.956 Å
晶胞边长 b length_b	48.113 Å
晶胞边长 c length_c	110.265 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	34.571 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2480

Structure of the yeast plasma membrane SNARE complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptobrevin homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein SSO1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein transport protein SEC9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b5n__assembly_2__model_1

3b5n__assembly_2__model_1 | I(q)

3b5n__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the yeast plasma membrane SNARE complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptobrevin homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein SSO1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein transport protein SEC9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b5n__assembly_2__model_1

3b5n__assembly_2__model_1 | I(q)

3b5n__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)