3b78

Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 197.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor 2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–842	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Exotoxin A × 1 （P11439） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–842	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Exotoxin A × 1 （P11439） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–842	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Exotoxin A × 1 （P11439） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3B78	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N0U Crystal structure of yeast elongation factor 2 in complex with sordarin 提交 2002-10-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–842（842 aa）	未记录	SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；293 K；PEG8K, ethylene glycol, Hepes, KCl, magnesium chloride, edta, dtt, gdp, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 20K	分辨率 2.12 Å R-free 0.254
1N0V Crystal structure of elongation factor 2 提交 2002-10-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；PEG8K, Hepes, ethylene glycol; magnesium chloride, GDP, EDTA, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 100K	分辨率 2.85 Å R-free 0.273
1N0V Crystal structure of elongation factor 2 提交 2002-10-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；PEG8K, Hepes, ethylene glycol; magnesium chloride, GDP, EDTA, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 100K	分辨率 2.85 Å R-free 0.273
1U2R Crystal Structure of ADP-ribosylated Ribosomal Translocase from Saccharomyces cerevisiae 提交 2004-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；PEG-8000, Ethylene Glycol, HEPES-NaOH, Magnesium Chloride, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
1ZM2 Structure of ADP-ribosylated eEF2 in complex with catalytic fragment of ETA 提交 2005-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）片段：eEF2	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.265
1ZM2 Structure of ADP-ribosylated eEF2 in complex with catalytic fragment of ETA 提交 2005-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）片段：eEF2	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.265
1ZM2 Structure of ADP-ribosylated eEF2 in complex with catalytic fragment of ETA 提交 2005-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）片段：eEF2	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.265
1ZM3 Structure of the apo eEF2-ETA complex 提交 2005-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.282
1ZM3 Structure of the apo eEF2-ETA complex 提交 2005-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.282
1ZM3 Structure of the apo eEF2-ETA complex 提交 2005-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.282
1ZM4 Structure of the eEF2-ETA-bTAD complex 提交 2005-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TAD BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
1ZM4 Structure of the eEF2-ETA-bTAD complex 提交 2005-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TAD BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
1ZM4 Structure of the eEF2-ETA-bTAD complex 提交 2005-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TAD BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
1ZM9 Structure of eEF2-ETA in complex with PJ34 提交 2005-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
1ZM9 Structure of eEF2-ETA in complex with PJ34 提交 2005-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
1ZM9 Structure of eEF2-ETA in complex with PJ34 提交 2005-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
2E1R Structure of eEF2 in complex with a sordarin derivative 提交 2006-10-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–842（842 aa）	未记录	SOD (1S,4S,5S,6R,9S,11S)-6-CHLORO-9-FORMYL-13-ISOPROPYL-5-METHYL-2-({[(3AR,5R,7R ,7AS)-7-METHYL-3-METHYLENEHEXAHYDRO-2H-FURO[2,3-C]PYRAN-5-YL]OXY}METHYL)TETR ACYCLO[7.4.0.02,11.04,8]TRIDEC-12-ENE-1-CARBOXYLIC ACI × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；293 K；PEG8000, ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.270
2NPF Structure of eEF2 in complex with moriniafungin 提交 2006-10-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–842（842 aa）	未记录	MOU (1S,4R,5R,9S,11S)-2-({[(2S,5R,6R,7R,9S,10R)-2-(7-CARBOXYHEPTYL)-6-HYDROXY-10-METHOXY-9-METHYL-3-OXO-1,4,8-TRIOXASPIRO[4 .5]DEC-7-YL]OXY}METHYL)-9-FORMYL-13-ISOPROPYL-5-METHYLTETRACYCLO[7.4.0.02,11.04.8]TRIDEC-12-ENE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG, ethyleneglycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.271
2NPF Structure of eEF2 in complex with moriniafungin 提交 2006-10-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–842（842 aa）	未记录	MOU (1S,4R,5R,9S,11S)-2-({[(2S,5R,6R,7R,9S,10R)-2-(7-CARBOXYHEPTYL)-6-HYDROXY-10-METHOXY-9-METHYL-3-OXO-1,4,8-TRIOXASPIRO[4 .5]DEC-7-YL]OXY}METHYL)-9-FORMYL-13-ISOPROPYL-5-METHYLTETRACYCLO[7.4.0.02,11.04.8]TRIDEC-12-ENE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG, ethyleneglycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.271
2P8W Fitted structure of eEF2 in the 80S:eEF2:GDPNP cryo-EM reconstruction 提交 2007-03-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 1–842（842 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 11.30 Å
2P8X Fitted structure of ADPR-eEF2 in the 80S:ADPR-eEF2:GDPNP cryo-EM reconstruction 提交 2007-03-23	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 9.70 Å
2P8Y Fitted structure of ADPR-eEF2 in the 80S:ADPR-eEF2:GDP:sordarin cryo-EM reconstruction 提交 2007-03-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 T 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 11.70 Å
2P8Z Fitted structure of ADPR-eEF2 in the 80S:ADPR-eEF2:GDPNP:sordarin cryo-EM reconstruction 提交 2007-03-23	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 8.90 Å
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3DNY Fitting of the eEF2 crystal structure into the cryo-EM density map of the eEF2.80S.AlF4-.GDP complex 提交 2008-07-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 T 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM Hepes-NH3, 100 mM KCl, 20 mM MgCl2；pH 7.2；20 mM Hepes-NH3, 100 mM KCl, 20 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.60 Å
4V4B Structure of the ribosomal 80S-eEF2-sordarin complex from yeast obtained by docking atomic models for RNA and protein components into a 11.7 A cryo-EM map. 提交 2004-01-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 AT 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 11.70 Å
5JUO Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure I (fully rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
5JUP Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure II (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
5JUS Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure III (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5	分辨率 4.20 Å
5JUT Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure IV (almost non-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
5JUU Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure V (least rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6GQ1 Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP/sordarin) 提交 2018-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric	链 AZ 3–842（840 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s	分辨率 4.40 Å
6GQB Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GDP+AlF4/sordarin) 提交 2018-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric	链 AZ 3–842（840 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s	分辨率 3.90 Å
6GQV Cryo-EM recosntruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP) 提交 2018-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric	链 AX 3–839（837 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s	分辨率 4.00 Å
8EUB Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2 and GDP, Structure I 提交 2022-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 255 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.52 Å
8EVQ Hypopseudouridylated Ribosome bound with TSV IRES, eEF2, GDP, and sordarin, Structure I 提交 2022-10-20	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 241 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.72 Å
8EVR Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure II 提交 2022-10-20	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 217 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 W9C (1S,3S,3aR,4S,4aR,7R,7aR,8aS)-8a-{[(6-deoxy-4-O-methyl-alpha-D-altropyranosyl)oxy]methyl}-4-formyl-7-methyl-3-(propan-2-yl)decahydro-1,4-methano-s-indacene-3a(1H)-carboxylate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
8EVS Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2 and GDP, Structure II 提交 2022-10-20	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 254 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
8EWB Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2 and GDP, Structure III 提交 2022-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 242 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
8K2D Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, eEF2, Stm1 and eIF5A 提交 2023-07-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric	链 CD 1–842（842 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 T1C TIGECYCLINE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8T3A Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, sordarin, and hibernating factor Los2 提交 2023-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
8T3B Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure I 提交 2023-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8T3C Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure II 提交 2023-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.86 Å
8T3D Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure III 提交 2023-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
8T3E Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure IV 提交 2023-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8T3F Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure V 提交 2023-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8XU8 State 2c(S2c) of yeast 80S ribosome bound to compact eEF2 and 2 tRNAs during peptidyl transferation 提交 2024-01-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric	链 x 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.5；YPD cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8YLD State 4a (S4a) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and open eEF3 and eEF2 during translocation 提交 2024-03-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric	链 x 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8YLR State 6 (S6) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and eEF2 and eEF3 during tranlocation 提交 2024-03-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric	链 x 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	EF2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–842； UniProt 1–842 作者链 C； PDB构建体 1–842； UniProt 1–842 作者链 E； PDB构建体 1–842； UniProt 1–842

Exotoxin A

Pseudomonas aeruginosa

UniProt P11439

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 425–630	片段：catalytic domain 突变：R551H	Elongation factor 2 × 1 （P32324） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 425–630	片段：catalytic domain 突变：R551H	Elongation factor 2 × 1 （P32324） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 425–630	片段：catalytic domain 突变：R551H	Elongation factor 2 × 1 （P32324） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3B78	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AER DOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH BETA-TAD 提交 1995-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 425–634（210 aa）片段：DOMAIN III OF PSEUDOMONAS TOXIN 链 B 425–634（210 aa）片段：DOMAIN III OF PSEUDOMONAS TOXIN	未记录	TAD BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 TIA 2-(1,5-DIDEOXYRIBOSE)-4-AMIDO-THIAZOLE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.285
1DMA DOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH NICOTINAMIDE AND AMP 提交 1995-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 425–638（214 aa）链 B 425–638（214 aa）	未记录	NCA NICOTINAMIDE × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.265
1IKP Pseudomonas Aeruginosa Exotoxin A, P201Q, W281A mutant 提交 2001-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–638（613 aa）	突变：W281A, P201Q	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；281 K；PEG 8000, sodium chloride, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281.0K	分辨率 1.45 Å R-free 0.228
1IKQ Pseudomonas Aeruginosa Exotoxin A, wild type 提交 2001-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–638（613 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；281 K；PEG 8000, sodium chloride, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 1.62 Å R-free 0.235
1XK9 Pseudomanas exotoxin A in complex with the PJ34 inhibitor 提交 2004-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 424–638（215 aa）片段：catalytic fragment, PE24H	未记录	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；sodium citrate, DTT, NaAzid, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
1XK9 Pseudomanas exotoxin A in complex with the PJ34 inhibitor 提交 2004-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 424–638（215 aa）片段：catalytic fragment, PE24H	未记录	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；sodium citrate, DTT, NaAzid, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546H	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546H	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546H	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546A	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546A	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546A	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOXA_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–207； UniProt 425–630 作者链 D； PDB构建体 2–207； UniProt 425–630 作者链 F； PDB构建体 2–207； UniProt 425–630

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3b78
沉积日期 deposition_date	2007-10-30
结构标题 title	Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex
关键词 keywords	;elongation factor, toxin, ADP-ribosylation, toxin-substrate complex, Cytoplasm, GTP-binding, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Protein biosynthesis, RNA-binding, rRNA-binding, Glycosyltransferase, NAD, Transferase, BIOSYNTHETIC PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.69 Å
零角强度 I(0) i0	1634730000.00
分子量 molecular_weight	342470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	430130 Å³
包络体积 envelope_volume	668800 Å³
水化壳体积 shell_volume	91695 Å³
包络直径 envelope_diameter	212.2 Å
壳层 Rg shell_rg	58.30 Å
包络 Rg envelope_rg	62.61 Å
形状 Rg shape_rg	64.71 Å
总 Rg total_rg	64.48 Å
总原子数 total_atoms	24118
残基数 n_residues	3087
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.0 Å
Rg (实空间) rg_real	64.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5370e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1633000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6057
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	73.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.366
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.016

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor 2
分子量 formula_weight	93549.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	24616

MVAFTVDQMRSLMDKVTNVRNMSVIAHVDHGKSTLTDSLVQRAGIISAAKAGEARFTDTRKDEQERGITIKSTAISLYSEMSDEDVKEIKQKTDGNSFLINLIDSPGHVDFSSEVTAALRVTDGALVVVDTIEGVCVQTETVLRQALGERIKPVVVINKVDRALLELQVSKEDLYQTFARTVESVNVIVSTYADEVLGDVQVYPARGTVAFGSGLHGWAFTIRQFATRYAKKFGVDKAKMMDRLWGDSFFNPKTKKWTNKDTDAEGKPLERAFNMFILDPIFRLFTAIMNFKKDEIPVLLEKLEIVLKGDEKDLEGKALLKVVMRKFLPAADALLEMIVLHLPSPVTAQAYRAEQLYEGPADDANCIAIKNCDPKADLMLYVSKMVPTSDKGRFYAFGRVFAGTVKSGQKVRIQGPNYVPGKKDDLFIKAIQRVVLMMGRFVEPIDDCPAGNIIGLVGIDQFLLKTGTLTTSETAHNMKVMKFSVSPVVQVAVEVKNANDLPKLVEGLKRLSKSDPCVLTYMSESGEHIVAGTGELHLEICLQDLEHDHAGVPLKISPPVVAYRETVESESSQTALSKSPNKHNRIYLKAEPIDEEVSLAIENGIINPRDDFKARARIMADDYGWDVTDARKIWCFGPDGNGPNLVIDQTKAVQYLHEIKDSVVAAFQWATKEGPIFGEEMRSVRVNILDVTLHADAIHRGGGQIIPTMRRATYAGFLLADPKIQEPVFLVEIQCPEQAVGGIYSVLNKKRGQVVSEEQRPGTPLFTVKAYLPVNESFGFTGELRQATGGQAFPQMVFDHWSTLGSDPLDPTSKAGEIVLAARKRHGMKEEVPGWQEYYDKL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Exotoxin A
分子量 formula_weight	22418.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.-
突变 mutation	R551H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

AFLGDGGDVSFSTRGTQNWTVERLLQAHRQLEERGYVFVGYHGTFLEAAQSIVFGGVRARSQDLDAIWRGFYIAGDPALAYGYAQDQEPDARGRIRNGALLRVYVPRSSLPGFYRTSLTLAAPEAAGEVERLIGHPLPLRLDAITGPEEEGGHLETILGWPLAERTVVIPSAIPTDPRNVGGDLDPSSIPDKEQAISALPDYASQPG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	498

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 42 domains

SCOP 2.08 (21 domains)

结构域编号 domain_id	d3b78a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3b78a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d3b78a3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

结构域编号 domain_id	d3b78a4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.1 — Translational machinery components

结构域编号 domain_id	d3b78a5
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

结构域编号 domain_id	d3b78b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d3b78b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b78c1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3b78c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d3b78c3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

结构域编号 domain_id	d3b78c4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.1 — Translational machinery components

结构域编号 domain_id	d3b78c5
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

结构域编号 domain_id	d3b78d1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d3b78d2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3b78e1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3b78e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d3b78e3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

结构域编号 domain_id	d3b78e4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.1 — Translational machinery components

结构域编号 domain_id	d3b78e5
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

结构域编号 domain_id	d3b78f1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d3b78f2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (21 domains)

结构域编号 domain_id	3b78A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3b78A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1430 — Yeast translation eEF2 (G' domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Yeast translation eEF2 (G' domain)

结构域编号 domain_id	3b78A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3b78A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	870 — Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3

结构域编号 domain_id	3b78A05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3b78A06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

结构域编号 domain_id	3b78B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	175 — Diphtheria Toxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Diphtheria Toxin, domain 1

结构域编号 domain_id	3b78C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3b78C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1430 — Yeast translation eEF2 (G' domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Yeast translation eEF2 (G' domain)

结构域编号 domain_id	3b78C03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3b78C04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	870 — Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3

结构域编号 domain_id	3b78C05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3b78C06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

结构域编号 domain_id	3b78D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	175 — Diphtheria Toxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Diphtheria Toxin, domain 1

结构域编号 domain_id	3b78E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3b78E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1430 — Yeast translation eEF2 (G' domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Yeast translation eEF2 (G' domain)

结构域编号 domain_id	3b78E03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3b78E04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	870 — Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3

结构域编号 domain_id	3b78E05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3b78E06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

结构域编号 domain_id	3b78F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	175 — Diphtheria Toxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Diphtheria Toxin, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	327.136 Å
晶胞边长 b length_b	68.128 Å
晶胞边长 c length_c	190.577 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	46.550 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2420

Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exotoxin A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 42 domains

SCOP 2.08 (21 domains)

CATH v4.4 (21 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/b7/3b78/3b78.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b7/3b78/3b78.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b7/3b78/3b78.dat