SAXSdb — 3bam

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI)

Bacillus amyloliquefaciens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 3 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–213 链 B； UniProt 1–213	未记录	;DNA (5'-D(TPAPTPGPGPAPTPCPCPAPTPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPAPTPCPCPAPTPA)-3') ; × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.3；pH 5.3 CATALYSIS OCCURRED IN THE CRYSTAL AFTER SOAKING MANGANESE ION. THE ACTIVE SITE OF THE R SUBUNIT CLEAVED THE ORIGINAL D STRAND IN TWO (D AND E) RESULTING IN A POST-REACTIVE COMPLEX.	分辨率 1.80 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3BAM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BAM STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI PHASED AT 1.95 ANGSTROMS RESOLUTION BY MAD ANALYSIS 提交 1994-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–213（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å
1BHM RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA 提交 1995-07-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–213（213 aa）链 B 1–213（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å
1ESG RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI BOUND TO A NON-SPECIFIC DNA. 提交 2000-04-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–213（213 aa）链 B 1–213（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；30% MPD, 10 mM sodium acetate (pH 4.8), 5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
2BAM RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND CALCIUM IONS (PRE-REACTIVE COMPLEX). 提交 1998-08-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–213（213 aa）链 B 1–213（213 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.3；12-14% PEG8000, 0.1M MES (PH 5.3), 0.15M KCL, 5% GLYCEROL	分辨率 2.00 Å R-free 0.251

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T2BA_BACAM
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213 作者链 B； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bam
沉积日期 deposition_date	1998-08-19
结构标题 title	RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND MANGANESE IONS (POST-REACTIVE COMPLEX)
关键词 keywords	HYDROLASE, PHOSPHODIESTERASE, COMPLEX (ENDONUCLEASE-DNA), NUCLEASE, PROTEIN/DNA, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.34 Å
零角强度 I(0) i0	53653900.00
分子量 molecular_weight	54807.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67538 Å³
包络体积 envelope_volume	76826 Å³
水化壳体积 shell_volume	28008 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.11 Å
包络 Rg envelope_rg	22.72 Å
形状 Rg shape_rg	22.35 Å
总 Rg total_rg	23.12 Å
总原子数 total_atoms	3825
残基数 n_residues	438
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8076
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.305
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.267
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPTPGPGPAPTPCPCPAPTPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3661.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4177

TATGGATCCATA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	1205.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TATG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPAPTPCPCPAPTPA)-3') ;
分子量 formula_weight	2410.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GATCCATA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI)
分子量 formula_weight	24602.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MEVEKEFITDEAKELLSKDKLIQQAYNEVKTSICSPIWPATSKTFTINNTEKNCNGVVPIKELCYTLLEDTYNWYREKPLDILKLEKKKGGPIDVYKEFIENSELKRVGMEFETGNISSAHRSMNKLLLGLKHGEIDLAIILMPIKQLAYYLTDRVTNFEELEPYFELTEGQPFIFIGFNAEAYNSNVPLIPKGSDGMSKRSIKKWKDKVENK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	352

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3bama_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.3 — Restriction endonuclease BamHI

结构域编号 domain_id	d3bamb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.3 — Restriction endonuclease BamHI

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3bamA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3bamB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	106.400 Å
晶胞边长 b length_b	79.600 Å
晶胞边长 c length_c	67.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2680

fit	/app/data/saxs_computation/ba/3bam/3bam.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ba/3bam/3bam.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ba/3bam/3bam.dat

RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND MANGANESE IONS (POST-REACTIVE COMPLEX)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)