3bum

Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Sprouty2

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein sprouty homolog 2

Homo sapiens

UniProt O43597

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 E3 ubiquitin-protein ligase CBL × 1 (P22681) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPY2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–13; UniProt 49–61

E3 ubiquitin-protein ligase CBL

Homo sapiens

UniProt P22681

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Protein sprouty homolog 2 × 1 (O43597) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBL_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–329; UniProt 25–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3bum
沉积日期 deposition_date2008-01-03
结构标题 titleCrystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Sprouty2
关键词 keywords;ligase, signal transduction, proto-oncogene, complex, Cytoplasm, Developmental protein, Membrane, Microtubule, Polymorphism, Calcium, Metal-binding, Phosphoprotein, SH2 domain, Ubl conjugation pathway, Zinc, Zinc-finger ;; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3bum__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3bum__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 104 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3bum__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)9.11 Å
Rg(电子密度)8.24 Å
总 Rg9.50 Å
原子数74
残基数8
排除体积1228 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3bum__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3bum__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3bum__assembly_3__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3bumb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.7 — EF-hand modules in multidomain proteins
结构域编号 domain_idd3bumb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamilya.48.1 — N-terminal domain of cbl (N-cbl)
家族 Family familya.48.1.1 — N-terminal domain of cbl (N-cbl)
结构域编号 domain_idd3bumb3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3bumB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Adaptor protein Cbl, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3bumB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3bumB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
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7. 引用文献 (1)