3cb2

Crystal structure of human gamma-tubulin bound to GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tubulin gamma-1 chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–451 链 B； UniProt 1–451	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；top solution: 83 mM HEPES pH 7.2, 1.2M KCl, 20% PEG6000, 1mM GDP; reservoir: 83mM HEPES pH 7.2, 0.6M KCl, 20% PEG6000, 1 mM GDP. Protein was mixed 1:1 or 1:2 with top solution, and equilibrated over the reservoir solution., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CB2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z5V Crystal structure of human gamma-tubulin bound to GTPgammaS 提交 2005-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–449（449 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；277 K；Tris, KCL, PEG6000, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.71 Å R-free 0.293
1Z5W Crystal Structure of gamma-tubulin bound to GTP 提交 2005-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–449（449 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；277 K；Tris, KCl, PEG6000, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.309
6V5V Structure of gamma-tubulin in the native human gamma-tubulin ring complex 提交 2019-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 g 1–451（451 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6V6S Structure of the native human gamma-tubulin ring complex 提交 2019-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：38-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 t 1–451（451 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7AS4 Recombinant human gTuRC 提交 2020-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 1 1–447（447 aa）链 2 1–447（447 aa）链 O 1–447（447 aa）链 P 1–447（447 aa）链 Q 1–447（447 aa）链 R 1–447（447 aa）链 S 1–447（447 aa）链 T 1–447（447 aa）链 U 1–447（447 aa）链 V 1–447（447 aa）链 W 1–447（447 aa）链 X 1–447（447 aa）链 Y 1–447（447 aa）链 Z 1–447（447 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å
7QJ0 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 6-spoked assembly intermediate (spokes 7-12) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.32 Å
7QJ1 Structure of the recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 6-spoked assembly intermediate (spokes 7-12, homogeneous dataset) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
7QJ2 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 8-spoked assembly intermediate (spokes 5-12) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.60 Å
7QJ3 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 8-spoked assembly intermediate (spokes 7-14) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 1 1–451（451 aa）链 2 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7QJ4 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 10-spoked assembly intermediate (spokes 5-14) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 1 1–451（451 aa）链 2 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
7QJ5 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex (spokes 1-14) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 1 1–451（451 aa）链 2 1–451（451 aa）链 O 1–451（451 aa）链 P 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
7QJ6 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 10-spoked assembly intermediate (spokes 3-12, substoichiometric spokes 13-14) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
7QJ7 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 12-spoked assembly intermediate (spokes 1-12 substoichiometric spokes 13-14) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：37-meric	链 O 1–451（451 aa）链 P 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
7QJ8 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 12-spoked assembly intermediate (spokes 3-14, substoichiometric spokes 1-2) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 1 1–451（451 aa）链 2 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
7QJ9 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 10-spoked assembly intermediate (spokes 3-12, homogeneous dataset) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.10 Å
7QJA Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 12-spoked assembly intermediate (spokes 1-12, homogeneous dataset) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：37-meric	链 O 1–451（451 aa）链 P 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.20 Å
7QJB Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 12-spoked assembly intermediate (spokes 3-14, homogeneous dataset) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 1 1–451（451 aa）链 2 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.20 Å
7QJC Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex (spokes 1-14, homogeneous dataset) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 1 1–451（451 aa）链 2 1–451（451 aa）链 O 1–451（451 aa）链 P 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 16.10 Å
7QJD Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex without actin 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 1 1–451（451 aa）链 2 1–451（451 aa）链 O 1–451（451 aa）链 P 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.10 Å
7QJE Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 4-spoked assembly intermediate (spokes 9-12) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
8Q62 Early closed conformation of the g-tubulin ring complex 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 n 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
8RX1 CryoEM structure of the gTuRC-CM1dim complex 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 1 1–451（451 aa）链 2 1–451（451 aa）链 O 1–451（451 aa）链 P 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.57 Å
8VRD Rigid body fitted model for free recombinant gamma tubulin ring complex. 提交 2024-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 n 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
8VRJ Rigid body fitted model for gamma tubulin ring complex capped microtubule 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 n 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
8VRK Rigid body fitted model for refined density map of gamma tubulin ring complex capped microtubule 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 n 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.50 Å
9H9P Spokes 12 and 13 of the human gamma-tubulin ring complex in complex with CDK5RAP2 and docked MZT2/GCP2-NHD module 提交 2024-10-31	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
9I8G Inwards conformation' of the human gamma-TuRC from purified centrosomes obtained by rigid body docking 提交 2025-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 t 1–451（451 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 22.40 Å
9I8H Outwards conformation' of the human gamma-TuRC from purified centrosomes obtained by rigid body docking 提交 2025-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 t 1–451（451 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 23.20 Å
9QVM Cryo-EM reconstruction of the NEDD1 anchor protein and CDK5RAP2 bound to the gamma-tubulin ring complex 提交 2025-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 n 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.80 Å
9QVN Cryo-EM reconstruction of the NEDD1 anchor protein bound to the gamma-tubulin ring complex 提交 2025-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 n 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
9SMX CM1-activated gTuRC in complex with nascent alpha-E254D mutant microtubules 提交 2025-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）链 c 1–451（451 aa）链 d 1–451（451 aa）链 e 1–451（451 aa）链 f 1–451（451 aa）链 g 1–451（451 aa）链 h 1–451（451 aa）链 i 1–451（451 aa）链 j 1–451（451 aa）链 k 1–451（451 aa）链 l 1–451（451 aa）链 m 1–451（451 aa）链 n 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å

共 31 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 B； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cb2
沉积日期 deposition_date	2008-02-21
结构标题 title	Crystal structure of human gamma-tubulin bound to GDP
关键词 keywords	tubulin, lattice, microtubule, nucleation, GTPase, lateral interaction, STRUCTURAL PROTEIN, HYDROLASE; STRUCTURAL PROTEIN, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.98 Å
零角强度 I(0) i0	142832000.00
分子量 molecular_weight	94193.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117350 Å³
包络体积 envelope_volume	142270 Å³
水化壳体积 shell_volume	39547 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.36 Å
包络 Rg envelope_rg	30.06 Å
形状 Rg shape_rg	30.02 Å
总 Rg total_rg	30.46 Å
总原子数 total_atoms	6634
残基数 n_residues	856
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	142800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.360
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.484
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.915

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	tubulin gamma-1 chain
分子量 formula_weight	54039.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7012

MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEAIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHYIPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASGFSQGEKIHEDIFDIIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPNQDEMSDVVVQPYNSLLTLKRLTQNADCLVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSASTTTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQPKNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVALSRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFERTCRQYDKLRKREAFLEQFRKEDMFKDNFDEMDTSREIVQQLIDEYHAATRPDYISWGTQEQVDVDGGQKLISEEDLLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	378

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3cb2a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3cb2a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3cb2b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3cb2b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3cb2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	3cb2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cb2A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	3cb2B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	3cb2B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cb2B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.744 Å
晶胞边长 b length_b	108.755 Å
晶胞边长 c length_c	83.347 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.303 Å
最低分辨率 resolution_low	82.760 Å
R 因子 r_factor	0.1891
R_work r_work	0.1865
R_free r_free	0.2379

fit	/app/data/saxs_computation/cb/3cb2/3cb2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cb/3cb2/3cb2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cb/3cb2/3cb2.dat